《主体教育理论的哲学思考》不同于教育中的主体理论。主体教育理论中的主体为哲学认识论意义上的主体，这种主体是从认识和实践的角度加以界定的，主体是认识者、实践者，与之相对应的客体是被认识和实践的对象。在主体教育理论中要将非人的因素和实体、主要构成部分、主语意义上的哲学主体涵义排除在外。认识论意义上的主体不等于认识的主体。人是认识主体、实践主体、价值主体、审美主体等等，不同意义上的主体有区别，不能混淆。但它们也有联系，它们都有与之对应的被认识、被实践、被评价、被审美的客体对象，它们的划分都以认识论意义上的主客体划分为基础。这个主体也是历史主体。

主体教育的根基在于主体的自主性，即人有自我选择、自我决定的自由。若人无自我选择的自由，只是处于决定论的网络之中，人的行为是由内在的心灵中的神秘力量（如弗洛伊德的无意识）或者外部的力量（如莱布尼茨的主宰世界一切秩序的上帝）所决定，那么，人就是没有选择自由的亚当，人不能自我负责，也无可塑性。在教育中谈发挥人的主体性就成了毫无意义的话题。这样，整个主体教育就失去了存在的根据。选择自由有两重规定：一是价值层面上的，二是终极意义上的。确立主体教育的根基，必须考察人的意识领域，对无意识教育、情感动力说和意志动力说等进行分析，将左右人的行为但又不被人的意识察觉到的“小上帝”驱逐出去。