玉龙雪山土壤质地以壤土和壤粘土为主，海拔由低至高，土壤质地由粘土、壤质粘土逐步过渡到砂粘土、砂壤、壤土。在森林植被下发育的土壤，有机质积累较多，形成了明显的腐殖质层。按照中国土壤系统分类方案，将玉龙雪山土壤垂直带谱结构划分为：常湿雏形土（海拔3400～4200米）、湿润铁铝土（海拔 2700～3400米）、湿润雏形土（海拔2500～2700米、湿润铁铝土（海拔2500米以下）。

玉龙雪山是滇西北地区生物多样性的重要分布区域，同时也是联系滇西北地区与滇中地区植被分布的重要过渡地区之一。

玉龙雪山区内植物随海拔从低到高分布有暖温性河谷灌丛、山地湿性常绿阔叶林、山地落叶阔叶林、暖温性针叶林、山地硬叶栎类林、寒温性针叶林、寒温性灌丛、高山流石滩疏生草甸等植被类型。

玉龙雪山植被在中国植被区划上属于滇中西北部高中山高原云南松林、丽江云杉、长苞冷杉林。森林由下而上主要为云南松林、丽江云杉林、大果红杉林和冷杉林。

玉龙雪山森林植被可以分为4个群落类型，即：云南松林群落、丽江云杉林群落、大果红杉林群落和冷杉林群落。植物物种丰富度（含木本、灌木和草本）随着海拔的升高，先上升后下降。灌木层的物种丰富度随着海拔的上升呈明显下降格局。

玉龙雪山海拔2000～2900米为云南松林及山坡耕作带；海拔2900～3100米为高山松、栎针阔叶混交林带；海拔3100～3800米为亚高山针叶林带，由冷杉、红杉、云杉林组成（纯林或混交林）；海拔3800～4500米为高山灌丛草甸带，其中海拔4100米以下为高山灌丛草甸，主要由多种垫状或匍訇状杜鹃组成；海拔4100～4350米间仅见零散分布的高山流石滩植物。

根据《云南植被》分类系统和单位，可将玉龙雪山的主要植被划分为7个植被型，13个植被亚型，33个群系。

玉龙雪山已记录到的主要野生经济动物有59种，属于兽类的有8目21科42属57种，多分布在高海拔和人迹少至的地方，有种类多、数量少的特点。其中属国家重点保护的珍稀濒危动物25种。

玉龙雪山为滇西北横断山脉中高山植物区系最集中的地点。山地低海拔的森林植被和中国-日本植物区系相似；亚高山以上的植被以中国喜马拉雅成分为主；地处现代裸子植物及被子植物中杜鹃、报春、龙胆等高山植物的形成中心和分化中心，并富有特有属种。

根据《丽江高山植物园种子植物名录》和《玉龙雪山省级自然保护区生物多样性综合考察报告》显示，玉龙雪山地区共有超过2815种的种子植物，分属于149科781属。有珍稀濒危保护物种96种，隶属于20科50属。其中8种属于国家Ⅰ级保护植物，87种属于国家Ⅱ级保护植物。有中国特有种38种（分属18科29属），其中，伞形科最多，有13种，菊科有4种。油脂植物46科、89属、115种，其中蔷薇科、菊科、十字花科、唇形科等种类较多。有木材植物33科，56属，76种，绿化植物47科，86属，103种，其中蔷薇科11属17种，松科5属9种，蝶形花科6属7种，菊科5属5种，木兰科2属5种，百合科4属4种。食用植物48科，91属，108种，以蔷薇科、十字花科、蝶形花科、壳斗科、禾本科和虎耳草科居多。药用植物63科，197属，309种。其中菊科有27属49种，毛茛科有11属34种，蝶形花科有15属23种，伞形科有14属18种。饲料植物24科，53属，64种，其中禾本科有18属23种，蝶形花科有6属10种，蔷薇科有2属4种。纤维植物24科，41属，48种，其中禾本科有5属5种，松科有4属5种，荨麻科有4属4种。

玉龙雪山有藻类植物约31科72属196种；地衣植物约17科14属20多种；苔藓植物中有苔类45种、藓类130种，蕨类植物220多种；种子植物有171科804属2646种。

根据2005—2007年对玉龙雪山地区常见的经济植物进行调查，调查路线从海拔1800米的南麓虎跳峡，至海拔近4000米的高山流石滩，高差近3000米，常见的野生经济植物有81科177属387种。依据植物资源的类型划分及其经济用途，将区内野生经济植物分为8类，其中药用植物172种、花卉126种、芳香植物21种、油料植物19种、鞣料植物19种、纤维植物10种、淀粉和胶质淀粉植物10种、野果植物10种。

玉龙雪山常见药用植物资源共31科90属172种，其中金铁锁、云南重楼是云南白药的主要原料。当归、岩白菜等名贵、珍稀药材种类比较丰富。

玉龙雪山海拔高差悬殊，具有寒、温、热3带若干气候类型，且湿度较大、日照多、紫外线充足，因而植物花大色艳，是云南高山花卉的主要产地，素有“天然花园”的美称。常见的观赏植物资源共有8科32属126种，尤以杜鹃属45种、报春花属44种和龙胆属36种植物居多。区内芳香植物资源涉及樟科、芸香科等7科13属21种。区内常见纤维植物有8科8属10余种。

玉龙雪山常见的鞣料植物资源4科7属19种。如松脂含量高的有云南松、华山松、高山松；可生产生漆的漆属植物有5种，栲胶资源有板栗和青冈等，单宁含量在7%以上的树种有水冬瓜和野核桃等，区内常见淀粉植物有5科5属10种，如各种栎类的果实。常见的野果植物资源有4科6属10种。

2019年8月7日，中国科学院昆明植物研究所丽江高山植物园科研人员在玉龙雪山野外考察时，发现了中国特有濒危植物玉龙杓兰的野外居群。

玉龙雪山总面积为2.6万公顷，天然林面积7663公顷，占总面积的29.5%；疏林地面积1235公顷，占总面积的4.8%；灌木林地2288公顷，占总面积的8.8%；无林地面积1269公顷，占总面积4.9%；非林地面积10545公顷，占总面积52%。主要有云南松林、铁杉林、华山松林、高山松林、丽江云杉林、长苞冷杉林、大果红杉林、小果垂枝柏林、栎类林等森林类型，积量1857796立方米，森林覆盖率为55%。

玉龙雪山属南温带型高原季风气候区，具有独特的山体季风特色，由于河谷至山顶高差大，气候垂直差异，从河谷到山顶依次出现暖性、温暖性、温凉性北亚热带和寒温性等山地垂直气候带。

玉龙雪山地区位于青藏高原东南缘，处在西风环流、西南季风和东南季风的交替控制带，该区气候干、湿季分异明显，每年11月—翌年4月为干季，主要受西风环流南支和青藏高原冬季风的控制，干燥少雨；5—10月为湿季，主要受西南和东南季风控制，降水占到年降水量的90%以上。1月至次年3月主要受高空西风环流南支急流控制，降水稀少，冰川很少受到补给；4月南支急流减弱，湿热的西南季风北上进入该区，湿季开始。

据丽江气象站（距玉龙雪山17千米处）资料，该区域年降水量935毫米，6～10月为雨季，这5个月的降水量为年降雨量的90%以上，11月至翌年5月为干季，降雨量较少。年平均温度12.79℃，最热月7月，月均温17.9℃，最冷月是1月，月均温5.9℃。总体上，气温变化不剧，四季温和无夏 。

玉龙雪山受西南季风影响，以丽江盆地（海拔2415.9米）为代表的山体基准面属南温带型气候，气候除干湿季分明外，夏温不足，高温期短，冬、春季节光照充足，年日照时数平均为2530h，辐射量大。由于河谷至山顶高差悬殊，气候垂直差异很大，海拔每升高100米，平均气温递0.86℃，从河谷至山顶依次出现暖性、暖湿性、温凉性、北亚热带和寒温性等山地垂直气候带。

玉龙雪山自然保护区当地和周边有4个乡12个村，有纳西、汉、藏、彝、傈僳、白、普米等7个民族10000余人。早期的森林采伐、过度放牧、环境污染等人为活动的影响造成了保护区动植物栖息地面积减少、质量下降和破碎化，对野生动植物资源的生存和发展造成了严重影响。自然保护区成立，由于生产生活的需要，一些优良用材和观赏树木如云南榧树、长苞冷杉、澜沧黄杉、丽江铁杉、棕背杜鹃等因过量采伐，林地生境恶化，植株数量极其有限，且多散生分布，天然更新困难，严重影响其正常生长。受市场高额利润的驱使，一些珍贵药材和花卉如虫草、松茸、短柄乌头、云南黄连、金荞麦、喜马拉雅红豆杉、红景天、黄牡丹、龙胆花、兰花、绿绒蒿等因长期滥采乱挖，资源破坏严重，分布范围日益减少，已濒临灭绝。

因传统习惯或利益驱动，周边社区村民非法进入保护区偷捕盗猎野生动物的现象也时有发生，在保护区偷捕盗猎的野生动物种类主要有野猪、岩羊、林麝、穿山甲、水獭等兽类和红腹角雉、白腹锦鸡、鹦鹉、画眉、山斑鸠、竹鸡等鸟类。

玉龙雪山自然保护区是中国少有的植物模式标本的集中产地，有800多种种子植物模式标本采集于此。国内外科研单位频繁涌入，年进入玉龙雪山进行科学考察的人员达2000多人次。

玉龙雪山上有3条索道，活动范围从海拔2400m的丽江古城扩大到了保护区核心的海拔4506m雪山冰川，每年接待的旅游客流量超出了玉龙雪山的接待能力。同时玉龙雪山旅游服务，活动范围深入到了海拔3800~4000m的雪线附近。高山植被和野生花卉被游客践踏、破坏；野生动物的数量急剧减少，滇金丝猴、野驴、黑熊等珍稀动物已难觅踪迹。

1984年，云南玉龙雪山省级自然保护区建立，总面积为26000公顷，主要保护对象为山地混合森林生态系统、珍稀动植物种、冰川及其遗迹。保护区处于中国三大特有物种分化中心之一，为中国17个生物多样性保护关键地区之一。保护区管理机构为玉龙雪山省级自然保护区管理局。管理局下设玉湖、龙蟠、三道湾三个保护所。

丽江玉龙雪山风景名胜区1988年被列为国家重点风景名胜区，经过初建和1996年范围调整，丽江玉龙雪山风景名胜区范围包括玉龙雪山、泸沽湖、老君山-黎明3个景区以及金沙江虎跳峡游览线。2007年5月，丽江市玉龙雪山景区被评为国家首批5A级旅游景区。

玉龙雪山已开发的旅游景区（点）主要有：冰川公园、甘海子、蓝月谷、云杉坪、牦牛坪等。

甘海子位于玉龙雪山东麓，原为高山冰蚀湖泊，后因雪线上升，积水减少以至干涸，人称“干海子”，是一个三面环山的高原草甸，整个大草甸长约4公里，宽约1.5公里。

玉龙雪山冰雪融化成河水从雪山东麓的一条山谷而过，因月亮在蓝天的映衬下倒影在蓝色的湖水中，又因英国作家希尔顿笔下的《消失的地平线》中的蓝月亮山谷近似于此。故名“蓝月谷”。

蓝月谷中的河水在流淌过程中因受山体阻挡，形成了4个较大的水面，人称玉液湖、镜潭湖、蓝月湖和听涛湖。湖岸四周植被繁茂，远处雪峰背衬。

从干海子到云杉坪之间，有一条山谷，谷内林木森森，清溪长流，谷底清泉长流的河，叫白水河。因河床、台地都由白色大理石、石炭石碎块组成，呈一片灰白色；清泉从石上流过，亦呈白色，因色得名“白水河”。白水河之水来源于四五千米高处的冰川雪原融水。

云杉坪海拔3240米，是玉龙雪山东面的一块林间草地，约0.5平方公里，海拔3000米左右。纳西语称为“吾鲁游翠阁”，意为殉情之地，在纳西东巴经典《鲁般鲁饶》中，曾把云杉坪描绘成白鹿当耕牛、赤虎当坐骑、雉鸟来报晓、白雪酿美酒、树上结金果、洁净无苍蝇的理想乐园，即纳西族传说中的“玉龙第三国”。

牦牛坪纳西语称为“阁展古”（阁是高山草甸，展为有如星朵罗列，古为一方或一隅），意思是一方有如星朵罗列的高山草甸。海拔为3700米，一年四季风景如画。

2024年9月，入围首批14座世界旅游名山名单。