1186年1月乌尔班三世登上教皇宗座不久，皇帝红胡子腓特烈一世的儿子德意志国王亨利六世和西西里国王罗杰二世的女儿康斯坦斯公主结婚，当时康斯坦斯是西西里王国的继承人，他们的结合造成的后果就是教皇领地在南北两方面被皇帝控制。乌尔班三世对为亨利六世与康斯坦斯主持结婚的阿奎丹主教大为不满，这个主教还为亨利六世加冕，称他为意大利国王。乌尔班认为这是对教皇权利的蔑视，立即宣布革除阿奎丹主教的教籍。

过去腓特烈一世已经任命鲁道夫为特里尔的总主教，乌尔班三世不予理会，1186年派遣福尔曼担任特里尔总主教。同年复活节，腓特烈一世命令儿子亨利六世进军教皇领地，对教皇进行讨伐。

1187年腓特烈一世召开格尔豪森会议，不许教皇代表出席，与会各主教都是腓特烈一世的拥护者。乌尔班三世发诏要腓特烈一世，要他前往维罗纳，想在这里宣布对他革除教籍的处罚。但计划泄露，遭到维罗纳居民的强烈反对，乌尔班三世转赴威尼斯，在途中听到萨拉丁攻克耶路撒冷的消息传来，心脏病发作死去。死后，格列高利八世即位。 他的侄子卡斯蒂格里奥尼，1241年被选为教皇切莱斯廷四世。