历史上乌岩岭也曾遭到几次人为破坏，清朝康熙年间，曾有永安的逃难人在此种过小米、麦稻，尤其在大炼钢铁时，建炭窑200余座，几千人上山砍伐木材烧碳，砍伐木材3万余立方米。造成部分原生阔叶林的破坏，但由于山体高大，面积较广，交通不便，区内仍保存下来大量的原生阔叶林及各种动植物野生资源。1959年建立了乌岩岭国营林场，开展了林木资源保护和用材林建设，原有的天然阔叶林得以完好的保存下来，2002年林场解散。1975年省政府正式批准设立浙江省乌岩岭自然保护区，开展了以保护、科研为主的一些活动。1981年5月30日傍晚，杭大诸葛阳教授无意当中首次在保护内发现世界濒危物种，国家一级保护动物——黄腹角雉后，立即采取措施严加保护。1983年由温州市科委立题，组织和邀请了市林学、环保、杭州植物园、北师大、华东师大等17个单位专家、教授组成综合考察队，分成植物区系、植被、动物、昆虫、环保、土壤、地质、气象等十个考察小组，对乌岩岭进行全面系统的考察，取得了很大成果。特别是对国际濒危鸟类之一——黄腹角雉进行的野外动态观察、习性调查、无线电跟踪等研究，填补了国际空白，确立了国家物种基地的位置。1994年4月，国务院正式批准成立“浙江省乌岩岭国家级自然保护区”。