又丁忧两次，家居达13年之久。

万历四十三年（1615），曾以太常寺少卿召，应甲不就。家居期间，协助地方调整田赋积弊，废除冗烦手续，民颇称便；又倡民疏浚涑水河道，据蓄水池曰“砚凹翠”，即防水患，又利农灌。

天启四年（1624），起任南京都察院副都御史协理院事。在道陈言几十疏，言赵南星之遂，李三才之横；力攻高攀龙、孙琮、曹于汴，并攻魏大中等，末言：“东林得淮抚则暗有所恃，淮抚得东林则两有所挟”。请将三才托汪文言贿谋起升，房可壮特疏举荐，乞取各官保疏，参疏，俱付史馆记载。应甲力剖门户党局之意由此可见。

天启五年（1625），改以御史大夫巡抚陕西，严搜括，清透支，儆官邪，绝贿赂，吏治为之一清。尝主持杖死鱼肉百姓的国舅曹应祥，民皆称快。应甲巡陕时，适逢陕北大祲，饥民流窜。延绥巡抚请兵剿除，应甲以饥民宜抚置之不问。其后李自成揭竿而起，封建卫道者以肇于应甲抚而不剿之罪，而闯军途经猗氏则称乔为清白吏，一字不褒，荣于华衮。 天启六年（1626），应甲被升为南京都察院都御史掌院，为谣言中伤而听候处置。应甲再上疏乞休，得以新衔致仕。 天启七年（1627），病卒于家，终年69岁。墓碑为兵部尚书袁可立所题，额曰：“乔阁老墓在县东五里，明天启甲子学士乔行健葬此，山东登莱巡抚袁可立题碑。”

崇祯年间，东林党得势，大捕天下阉党，时应甲已死，子孙曾受牵连被拘。

毛驴坐花轿

一天，乔应甲骑着毛驴在蒲州一带私访时，看到路边有一对母女在嚎啕痛哭，追问之下，才知道原来这位中年妇女的女儿被当地一家横行霸道的财主张虎看上，第二天就要强娶回家。

听到此，乔应甲一番思量，先劝母女俩安心回家，说自己定会还她们母女俩一个公道。

第二天，张府里张灯结彩，热闹非凡，花轿到门前，喜滋滋的张虎掀开轿帘一看，轿里居然是一头绑着蹄子的毛驴，顿时火冒三丈。

下人颤抖着递来一封信，张虎一把夺过，只见上面写着：“欺压百姓实可憎，抢占民女更难容。毛驴陪郎把堂拜，何去何回任尔行。——乔应甲”。

看到自己居然碰到了因秉公执法而闻名遐迩的乔应甲，张虎一时间吓得魂不附体，忙命家人随他送驴赎罪。

于是，蒲州的老百姓看到了可谓是今古奇观的一幕，只见一顶八抬大轿上抬着毛驴，张虎在轿后，一群人浩浩荡荡的送驴回家。

据说，乔应甲判张虎登门给母女俩谢罪，赔偿纹银三千两，并罚他出资修造水渠河坝，一时大快民心。

杖毙曹国舅

曹国舅本名曹应祥，是明朝曹太师的儿子，皇上爱妃的弟弟，官高爵显。可他自幼放浪形骸，不务正业，仗着皇亲国舅的身份，横行霸道，勾结官府，中饱私囊，奸淫掳掠，可以说是明朝一个无恶不作的猛虎恶霸。当时的民间都流传着一句话“曹家国舅跺一脚，四面八方都动弹。”

时逢乔应甲奉旨作为御史大人巡抚陕西，众多百姓知道后纷纷拦路喊冤，张张状纸告的都是同一个人——曹应祥。

乔应甲对着诉状逐一审视，越看越震惊越愤恨，直至怒不可竭。随后，他身着便装，深入百姓，挨家挨户私查暗访。在掌握大量的铁证后，乔应甲立即命捕快将曹应祥捉拿到案。

巡抚大人捉拿曹国舅一事，令陕西官员大为震惊，一来曹应祥是皇亲国舅，位显势大，怕这个初来乍到不知天高地厚的巡抚大人降不住他反被害；二来是怕万一扳倒曹国舅，牵涉自身，前程就毁于一旦，于是纷纷来说情。

面对此情此景，乔应甲正色道：“朝廷设官，原以为民，这‘为民’二字何重！吾看小民之冤屈，何忍做那不仁不义，贪赃枉法的父母官！”

为怕事情有变，乔应甲即刻下令，在长安城钟楼下，公开审判罪大恶极的曹应祥，并将其杖毙就地正法，为长安城除一大害。百姓们纷纷称快，齐呼他为“铁面御史”。

遗著有《便民实政》、《三实奏章》、《看山集》正续、《难焚草》（诗集）、《咫园诗集》等，均散佚，唯《半九亭集》（8卷）现存北京图书馆。

康熙32年，圣谕：乔应甲忧国廉官，刻石纪念。康熙县志有传。

应甲曾过平定州等处，见因饥荒致卖子鬻妻者，捐资以赈，救活稚子1400余众，“州人德之，为建——生祠”，匾额“奇德高义”。

应甲勇于任事，硬折不弯，有关他除暴安良，为民请命的故事在桑梓及晋南一带流传甚多，民间有“乔阁老”美誉。其为人处世，以三实为守，存实心，做实事，说实话。循其箴言“办事宜贵精神果断，存心总要正大光明”而行，终身不渝。