九十九溪年径流量为2.01亿立方米，由于九十九溪集雨面积大，汇集支流多，河床浅窄，土质多为轻壤土，汛期排泄不及，往往造成洪涝灾害。

支流有崎溪、前埔溪、塘埔溪、倒桥溪、下灶溪和紫湖溪等。

九十九溪流域已建新垵、东山、紫湖、五道、后望坑、桂山、埔坑和紫溪等水库。

后桥水库，位于东田乡后桥村九十九溪北支流彭溪上，坝址建在后桥村蔗沟附近，上游集雨面积33.2平方公里，水库总库容4040万立方米，防洪库容1780万立方米，兴利库容3000万立方米，死库容260万立方米，灌区总干渠和南北干渠总长51.13公里。设计灌溉面积40200亩，灌溉溪美、丰州和官桥35个自然村的农田，1986年效益复核为34180亩。坝后电站发电装机容量800千瓦，年发电量211.6万千瓦时。　　工程于1959年10月开工，至1960年7月停建。1964年继续施工，续建水库枢纽工程和灌区工程，至1965年水库灌区基本完成，渠道通水灌溉。1965年坝后电站开工，至1967年6月竣工发电。1977年至1980年完成水库保坝加固工程。总共完成工程量175.23万立方米，投工315.94万工日，国家投资1022.55万元。

东山水库。位于磁灶镇东山村。拦截九十九溪干流下灶溪支流上的福埔山麓的官前溪。1958年12月动工兴建，翌年3月竣工。集雨面积9.48平方公里，总库容468万立方米，其中兴利库容269.7万立方米。　　1979年10月～1981年6月进行保坝，设计防洪标准为50年一遇，校核标准500年一遇，防洪库容166.8万立方米，死库容31.5万立方米。

东山水库灌溉渠道分左右干渠2条，左干渠经大宅、太昌、瑶琼、大埔，长度3.8公里；右干渠经五龙、张林、下灶、车厝，长度7.8公里。沿途分出支渠4条15公里，沿渠渡槽8座，节制闸13座，泄水闸46座，放水涵22座。核实灌溉面积0.9万亩。

紫溪水库。位于紫帽乡紫星行政村顶溪园自然村，拦截九十九溪前埔支流，是跨越晋江、南安两县的小(—)型蓄水工程。1957年12月动工兴建，1958年7月竣工。集雨面积2.5平方公里，总库容154.3万立方米，兴利库容121万立方米，防洪库容30.6万立方米，死库容2.7万立方米。1978年9月保坝设计防洪标准50年一遇，校核标准500年一遇。

灌溉渠道分左右干渠，左干渠长6公里，右干渠长9公里，支渠4条4公里，附属建筑物有渡槽33座，倒虹吸3座，节制闸3座，泄水闸5座，放水涵80处。配水比例晋江县991亩，占66.5%，南安县500亩，占33.5%。　

九十九溪溪堤：北支流即下洋溪。民国时期有溪堤9段，总长4.16公里。1957年后，对旧溪堤进行整修加固，至1970年，新建3段，长3.7公里。保护村庄8处，人口2000人，耕地2300亩；南支流即官桥溪，1949年前有13段，总长13.29公里。1957年后，普遍进行整修，至1970年，扩建、新建长度0.99公里，保护村庄18处，人口6000人，耕地4500亩。

九十九溪历史上是晋江、南安水上交通要道。史书记载：“船只往返于梅溪之上”，“白石九十九溪水，出清洋坡，历大桥，及沿江斗门经此通烟浦埭，抵溜石六里陂入海……”。

晋东河网，原为九十九溪下游蓄水灌田的河渠。九十九溪发源于南安县境，流经县境内磁灶，直下至六陡门。50年代引金鸡水充实水源，又经每年疏浚、清理和扩延，河道纵横密布于现县境东部，故改称为晋东河网。清末民初，九十九溪航道淤塞，磁灶至坝头段已几乎不通，可通航者仅泉州经溜石、陈埭、青阳至江头航线，称泉江线。全长14.5公里，水深2～3米，水面宽25～50米。可航小型舢舨。

新中国成立后，对河道进行全面疏浚、清理和扩延。至1959年，可航河道由原来的37公里增至101.2公里。运输航线计有主航线16条，支航线21条。此后航线有所变动，至1979年普查时，通航航线35条，通航里程114.1公里。主要航线有双沟至金浦(21.9公里)、双沟至下淡(14公里)、双沟至大小桥(5.3公里)、陈埭至江头(3.5公里)、南湖至后洋(3公里)、玉浦口至荆山(2.5公里)、玉浦公路至塘头(2.8公里)、玉浦公路至后圻(3.8公里)、玉浦公路至洪崛(4.3公里)、玉浦公路至水头(4.8公里)、陈埭斗门至下村(3公里)、陈埭斗门至大东(4公里)、加沙至树兜(10.9公里)等。

80年代以来，陆上交通繁盛，河运衰微日甚，又忽视河道维护，以致大部分支航线已淤积难通，仅有少数主航线尚可通航。

九十九溪以支流众多而得名，是晋江市境内最长的河流。九十九溪发源于南安市大旗尾山，上游为彭溪和双溪两支流，流经晋江市内坑镇和紫帽镇，于晋江市磁灶镇下官路汇合后流经磁灶、池店于加沙桥上游纳入沿江、直溪、金鸡闸南渠，过加沙桥至双沟又分浦沟和乌边港两支流，分别由溜滨水闸汇入晋江和乌边港水闸入海。九十九溪流域面积354平方公里，其中晋江市境内137平方公里，河长47公里。在历史上，九十九溪曾是晋江、南安水上交通要道，“船只往返于梅溪之上”，著名的磁灶窑陶瓷由此载运入泉州港，出洋远销海外。 　 由于该溪支流多，集雨面积大，雨季多洪涝，旱季又缺水。晋江先民早在宋熙宁年间就在此筑陂修埭，安陡门、水闸，引溪水灌溉两岸田地。《晋江县志》记载：“所溉之田，曰潘湖洋、曰吟啸洋、曰池店洋、曰仙店洋、曰沟头洋、曰下埭洋、曰涵江洋、曰陈翁洋、曰孤坑洋。旧志云，溉田千八百顷。” 　 九十九溪成为晋东平原重要的灌溉河系。九十九溪下游流域主要包括磁灶、青阳、池店、陈埭四个镇，总人口32．78万人，其中非农业人口4．99万人；总耕地面积9万亩，其中水田5．9万亩，工农业总产值98．91亿元，占全市的41．6%，其中工业产值195．59亿元，占全市42．5%，农业产值3．32亿元，占全市18%。 　 流域内各镇是晋江市工农业基础较为雄厚的重镇，有服装、鞋帽、陶瓷、食品四大产业，间杂有塑料制品，汽车配件、印染、家具、纺织、机械、化工、轻工等。九十九溪流域的晋东平原，是晋江市主要水稻种植区，水田面积5．945万亩，占全市水田总面积的55%，全市92%的粮食定购任务要依托九十九溪流域四个镇。农业以水稻、豆类、花生、蔬菜、茶叶、水果为主。得溪水滋润，历来两岸田畴丰熟，鱼米充裕。晋江九十九溪田园风光欧阳詹公园名人景观体验区有着丰厚的历史文化积淀，是一处人杰地灵的圣地。历史上共出过5名状元、2名榜眼；3名宰相、4名尚书。五位状元有唐代仕村的福建历史上第一位状元徐晦；五代渎头村的状元陈逖、五代潘湖村的状元黄仁颖；宋代清蒙村的状元王曾；清代的钱头村状元吴鲁。两位榜眼即唐代潘湖的开闽甲第榜眼欧阳詹、明代榜眼潘湖欧祠山的榜眼黄凤翔。三位宰相即宋代清蒙的宰相王曾、宋代潘湖的丞相欧阳珣；清代潘湖湖口的大学士黄锡衮。四位尚书即唐代仕村的礼部尚书徐晦、唐代池店李厝工部尚书李稠、明代潘湖临漳的刑部尚书黄光升、明代潘湖欧祠山的南京礼部尚书黄凤翔。此外还有明代大善家李五，当代人民音乐家李焕之，国务部长黄自达印尼针记黄渭源可谓钟灵毓秀、名人辈出。明代大儒陈琛，苏浚，名士陈让、李五；清代大学士潘湖叟黄锡衮、台湾知府黄立本，还被称为“八闽文化先驱者”。——《闽政通考》云,“欧阳詹文起闽荒,为闽学鼻祖”清大学士潘湖叟黄锡衮撰曰：詹为闽文祖，后贤者皆其属孙；詹为闽文宗，后贤者皆其弟子。梅溪两岸的磁灶古窑址，欧阳詹踏歌于上的唐朝吟啸桥，宋代修的大桥、小桥，陈翁桥、结砖桥，涵江古建筑群、潘湖欧阳詹故居、文杰黄状元衙、仁颖书院、肇盛黄相府、葵峰尚书第；还有明代大儒陈琛，苏浚，陈让、慈善家李五，状元吴鲁，军火家丁拱辰，赤塘菲律宾副总统林丽妮、霞浯村金霞田洋小宗联登孙马来西亚内阁部长黄家泉、黄家定也是住在九十九溪两岸，吃着这溪水长大的。梅溪两岸的磁灶古窑址，欧阳詹踏歌于上的吟啸桥，宋代修的大桥、小桥，陈翁桥、结砖桥，涵江古建筑群、丁氏宗祠，吴鲁故居、明代的淞江斗门碑德等一系列文物古迹，如同一串珍珠般地点缀于九十九溪两岸。九十九溪下游属亚热带海洋性季风气候区，地势低洼平坦，河流沟渠纵横交错，河道狭窄，沿途阻水建筑物多，加上溜滨水闸和乌边港水闸出流分别受晋江洪水和潮水的顶托影响，排洪能力有限，内涝情况十分突出，经常出现大水大灾，小水小灾的局面。