与此同时，九条道家的另一子慈源，则在延历寺确立了支配地位。

天福元年（1233年）在承久之乱中失败的良快将青莲院交给年仅十四岁的慈源继承。此时的九条道家已经是以摄关家“大殿”的身份把持着国政。嘉祯四年（1238年），正在圆实担任兴福寺别当期间，二十岁的慈源成为了天台座主，爬上了中世最大寺社势力延历寺一山的顶峰，与堪称第二大寺社势力的兴福寺遥相呼应。

同年九条道家剃发出家（在俗出家），却依旧手握大权。次年，当年发动承久之乱的风云人物后鸟羽天皇在流放中死去。延应二年（1240年），慈源礼后鸟羽院之子道觉为师，二人成为了师徒关系。

仁和寺御室法助

嘉祯四年（1238年），九条道家送法助入仁和寺，历来仁和寺入室者均为皇子，九条道家之子能够入室，可以说史无前例。九条道家不顾当时的仁和寺御室道深的不满，以幕府为后援强行以准皇子的礼仪送法助入寺。入寺一年后法助就成为了“准三宫”（就是“享受太皇太后、皇太后、皇后待遇”），达到了一个非皇族僧侣所能触及的最高位置。四年之后，法助才正式受传法灌顶。

九条道家继任摄政关白后，源赖朝的后代绝嗣，于是幕府迎立了和源氏有血缘关系的九条三寅作大将军。三寅后来被称作九条赖经，他是道家的第三子。

道家的长子教实去世很早，家业按计划要传给长孙忠家，但道家的次子良实非常不满，拉着四弟实经闹独立，于是良实建立了二条氏，实经建立了一条氏。

镰仓时代中期，近卫氏在近卫家实主持时期，其四子兼平分裂出来个鹰司氏。从此，近卫氏、九条氏、鹰司氏、一条氏、二条氏这五家成为公卿中的第一等家族，唤作“五摄家”，五家轮流担任摄政关白。九条家经过这一次分裂，元气大伤，而且连续几代都没有出现有作为的当主。

九条道家在九条之地建立了菩提寺——东福寺，后来是京都五大寺院之一。嘉祯元年（1235年）由于石清水宫与兴福寺之间的斗争，在比睿山延历寺一胁爆发大规模的寺院之后的斗乱，第三代幕府执权北条泰时决定强行镇压。在九条道家的支持下，他的两个儿子兴福寺别当圆实与延历寺慈源起兵反抗，在此期间首次有僧兵跳涯自尽。进入院政期朝廷对寺院斗镇毫无对策，幕府对于僧兵不合理的要求决定以武力镇压。

正当九条道家如日中天之时，仁治三年（1242年），九条道家的外孙，四条天皇驾崩。九条道家、西园寺公经等京都公家众推举顺德天皇的皇子，忠成亲王成为新的天皇。而北条泰时对顺德天皇不满，认为顺德天皇参与了承久之乱，他的后代不配成为天皇。于是，与承久之乱无关的土御门天皇的儿子，邦仁亲王登基，是为后嵯峨天皇，与道家并无血缘关系。

宽元二年（1244年）九条赖经将将军之位让给了其子九条赖嗣，而九条道家作为将军家“大殿”仍旧保有极大势力。这一年，岳父西园寺公经离世，关东申次的职权被九条道家一人独占。这时，幕府执权北条经时病死，年轻的北条时赖继任，镰仓的政局也陷入不稳定之中。

宽元四年（1246年），后嵯峨天皇让位于子，道家不顾后嵯峨院等的反对强行解除了与他关系不睦的儿子二条良实的关白职位，让另一子一条实经做了摄政。同时，后嵯峨院政也随之开始。尽管与天皇家之间的外戚关系已经不在，道家仍动用了最大的能力，竭力维护着与后嵯峨天皇的关系，并试图干预镰仓的局势。

然而就在这年四月，在遥远的关东镰仓突然发生了一起动乱（宫骚动）。九条道家的三子前将军九条赖经、名越光时为首的反执权派在与新任执权北条时赖的斗争中失败。北条时赖先发制人，于七月将九条赖经送还京都。九条道家被解除关东申次一职，隐居西山。次年，一条实经的摄政之位也被罢免。九条道家面临政治生涯的重要考验。这时处在大乘院的圆实，慌忙将欲大乘院让予弟子。不过事态稳定之后，他仍然保持着大乘院的支配地位。而慈源则辞去天台座主之位以示抗议。

建长三年（1251年）十二月，晚年的九条道家颠覆幕府的阴谋被发觉，将军九条赖嗣被迫更迭，新的将军是后嵯峨院的皇子（宗尊亲王）。除了与九条道家关系疏远的二条良实之外，道家一门全部受到朝廷的处分，停止出仕。次年二月，九条道家在悲愤中离世。六月，慈源被解除了青莲院门主的职位。圆实也同时失势，老对手实信得以兼任大乘院与一乘院门主。康元元年（1256年）实信离世，圆实重新成为大乘院门主。在之后的文永元年（1264年），圆实因与兴福寺大众的矛盾，被逐出兴福寺，并被朝廷流放到丹波，然后死在了那里。而早在之前的建长七年（1255年），慈源就已经离开人世了。

九条道家的日记《玉蕊》，仿照九条氏一代家主九条兼实的日记《玉叶》这种形式记录历史，颇具文采，具有历史和文学双重价值。