九龙乐善堂发源于18世纪中页的香港九龙寨城龙津渡码头公秤，时清廷九龙汛衙门在同治十二年（1872年）于寨城外设龙津石桥海关，后来满清官员将此一海关的责任与营运，转移予九龙各乡之殷商，肇成九龙乐善堂之雏型。在1880年，正式成立慈善机构“乐善堂”，乃联合九龙、西贡、荃湾等各乡乡亲筹备义诊、义学等，创堂址于九龙寨城打铁街23号，城寨中之“敬惜字纸亭”亦为乐善堂所兴建，并筹创九龙区第一所女义学。在第二次世界大战中，九龙乐善堂一名副总理因牵涉反日活动，而遭日本驻港军政府清算，使堂务及人力受到空前损失，后迁址于龙岗道，即现时九龙乐善堂总办事处。

在战前及香港重光之初，乐善堂堂务犹如九龙城区的乡事中心，但亦因此而未能成为港英政府认可的慈善团体，在1946年当局敕令东华三院协助九龙城中商人重组乐善堂，并由战前的总理谭杰生、陈祖泽、顾超文等人组成具法律效力的常务总理会主理善业。常务总理会由一名首总理及两名副首总理及不多于二十五名的常务总理所组成，后来在1965年首总理改称主席，副首总理改称副主席并增至四人，同时置总监督一人、副总监督二人监察堂务，由1946年至1960年的乐善堂首总理均兼任东华三院的副首总理。而按乐善堂规程，现时每届组织均由不多于一百五十人的“当年总理”所组成，当中并选出二十五人为常务总理，同时设置荃湾、打鼓岭、井栏树、蚝涌、坑口等地之乡村代表，代表在成立时乐善堂服务华界的传承。