明代初年，九龙桥时间，初为五拱石桥，因邻近通济门又称通济桥（今在其东侧建有新的通济门桥）。相传，朱元璋建九龙桥，是希望借助龙的神力镇住南京的风水。

明朝永乐元年（1403年），永乐皇帝朱棣命人进行了修缮。

清朝年间，康熙、乾隆下江南，便是从九龙桥进入南京城。

清朝光绪十年（1884年），九龙桥重修。

1937年抗日战争开始时，九龙桥被日军飞机炸毁一段，后架木衔接通行。

1966年，九龙桥按原结构恢复，改为沥青路面，水泥栏杆，基本保留原貌。

2000年，东水关遗址公园建成，九龙桥按历史原貌修复，桥两侧拱壁上分别装龙首，栏杆立柱上雕有莲花柱，成为公园内一景。