他是歪思汗次子。1428年歪思汗死后，曾与兄长羽奴思汗争位。由于杜格拉特部帮助争位有功，地位比以前更加高，占有库车与拜城，不过喀什却被帖木儿朝占领，后来由杜格拉特部的赛义德·艾里·阿里普收复该地。他也曾与帖木儿王朝的卜撒因交战，多次掠夺帖木儿王朝的部分城市。另一方面，哈萨克人大举南下，也先不花二世与其和好。

年轻时的也先不花二世被朝中奸臣铁木尔·布卡别克带坏，曾一度沉迷于酒色，不理朝政，朝中大权被他宠幸的铁木尔·布卡别克完全掌握，任人唯亲，多数贤臣被撤职或贬职，朝中乌烟瘴气，蒙兀儿斯坦经济发展严重受阻，民不聊生。后由大都吐鲁番知府米尔克力木拜地等几位朝中大臣趁也先不花二世外出打猎，设计安排害死铁木尔·布卡别克。因害怕也先不花二世发怒并惩罚，米尔克力木拜地等几个人携带家眷出走大都吐鲁番，另一方面，收到朝中大臣叛乱害死铁木尔·布卡别克的消息的也先不花二世一时不敢回朝，后由当时的喀什知府，一代贤臣赛义德·艾里·阿里普请回吐鲁番，并在次年，公元1444年迁都至阿克苏。