陈家洛得空回老家祭扫父母之坟，却意外遇见在这里偷偷扫墓的乾隆，乾隆再三请陈家洛放弃江湖生涯，入朝为官，陈断然拒绝，双方约定互不伤害。陈家洛赶回杭州，众人强攻提督府，在一蒙面人的指引下找到关押文泰来的暗室，但张召重设置种种机关，行动终告失败。镇远镖局总镖头威震河朔王维扬押送回部求和送来的玉瓶至杭州，被徐天宏设计获得，并以此和上次进攻提督府捉来的李可秀小妾作为条件，让陈家洛与文泰来相见，李可秀被迫答应。陈家洛与文泰来见，从文泰来处得知乾隆是自己的亲哥哥，物证在陈家洛的师父天池怪侠那里之时，张召重返回，二人出其不意，点中穴位，将其击倒，文泰来遂假扮张召重而出，被李可秀识破，陈家洛只好独身而返。

徐天宏设“卞庄刺虎”之计，让王维扬与张召重比武，张召重比武失手，败后用计重伤王维扬，欲将之活埋。陈家洛率众豪杰赶至，将其活捉，此时陆菲青与其师兄、武当派掌门人马真赶来，马真向众人求情，并保证不容张召重再为非作歹，将他带走。强敌一去，众人再攻提督府，李可秀及御前侍卫欲用炸药将众人一网打尽，藏身于李府中的“金笛秀才”余鱼同奋不顾身，以身体阻住火药线，救出文泰来及众人，自己却被烧伤，面目皆坏。陈家洛等一不做二不休，又借“花船点状元”之机，设计使名妓玉如意将乾隆引至家中捉住，囚在六和塔中，软硬兼施，情威并用，与乾隆一同订下驱清复明的大计。只有赶来刺杀乾隆的天山双鹰夫妻二人决不相信皇帝，不参加盟誓。

红花会众人来至天目山，看望养伤的文泰来、余鱼同，并为徐天宏、周绮举行婚礼。李沅芷几次与余鱼同交往，对他一往情深，岂料余鱼同暗恋骆冰，对她毫不理睬。李沅芷追至天目山，误至徐、周洞房，众人虚惊一场。为反清复明，众人四散联络人手。余鱼同为避李沅坐船独行，遇上关东三魔及仇人言伯干等，几次遇险，仗机警逃出，亏得李沅芷假扮他引开众人，才得脱险。他为情所苦，自觉对不住结义兄弟文泰来，又负李沅芷一片痴情，遂于宝相寺出家为僧。三魔与言伯干寻仇，认出余鱼同，正要出手，文泰来赶至，大显身手，击毙言伯干等数人，但余鱼同心意已决，不辞而别。

陈家洛为给回部送信，单骑匹马赶往西疆，途中遇见人称香香公主未知是霍青桐之妹，为其美丽所吸引，香香公主也爱上了陈家洛。二人赶至回部，适逢清廷征西大将军丁兆惠派使来下战书，陈家洛力折使者，为回人争光；香香公主自告奋勇，前往清军中下战书。陈家洛与香香公主在清军中遇见张召重，几乎被擒，困于沙漠之中，幸文泰来等人赶到，及时抵住张召重的进攻。霍青桐识破清军阴谋，欲以其人之道还治其人之身，却被父兄和部所疑，忍辱负重，调兵遗将，终于大败清军。胜后，霍青桐带病出走，途遇关东三魔，险遭污辱，幸得师父天山双鹰赶到救出。陈家洛此时方知李沅芷女扮男装，后悔自己辜负了霍青桐的一片芳心，与香香公主一同追赶，途中先后遇见狼群和张召重、关东三鹰、霍青桐，众人为抗恶狼暂时联手。陈家洛用霍青桐赠送他的短剑杀狼时，碰巧解开了其中的秘密，遂和霍青桐、香香公主逃出狼群，躲入迷城古洞，并得了一套奇高的武功。陈家洛师父袁士霄为消灭群狼，设置一土城，用牛、马等将狼群引入城中。陈家洛用新学武功打败张召重，将其投入狼群之中。其间余鱼同得知师父马真被张召重所害，脱下袈裟誓为师父报仇，李沅芷借其报仇心切，设计陆菲青从中撮合，二人终于订下终身。

陈家洛从师父处取得有关乾隆身世的秘证，南下福建少林寺，欲了解义父被逐出少林的原因。经过连场比试，他弄清了全部事实真相。周绮身孕在身，留在福建生产；陈家洛和英雄们赶往京城。此时回部全军覆没，香香公主被擒，乾隆欲据为已有，香香公主宁死不从。陈家洛与乾隆相见，以国家利益为重，答应帮助劝说香香公主；香香公主含泪答应了陈家洛，后发现乾隆并不真想反清复明，遂自杀示警。陈家洛伤心之余，抱着最后一线希望进入皇宫，险被毒死。众英雄大开杀戒，天山双鹰与红花会十当家章进身亡，最后捉住乾隆。霍青桐正欲杀之为父、兄、妹及族人报仇时，安徽巡抚方有德突然怀抱婴儿出现。原来他与侍卫火烧福建少林寺抢得周绮之子来京向乾隆报功。他以婴儿性命相威胁，众人不忍见婴儿死于非命，遂放弃杀乾隆之念，活捉乾隆之私生子福康安出宫，迫使乾隆不与红花会为难。

众人赶至香香公主之坟，打开后只见一滩碧血，香香公主的尸体已化作一缕香魂，陈家洛挥毫题上“香冢”二字，并作铭“浩浩愁，茫茫劫，短歌终，明月缺。郁郁佳城，中有碧血。碧亦有时尽，血亦有时灭，一缕香魂无断绝！是耶非耶？化为蝴蝶。”而后凄然而去，与红花会众英雄前往西疆栖身。

注：演职员表参考资料来源

主题曲：《书剑江山》

作 词：庄奴、申江

作 曲：黄仁清

演 唱：余天

录 制：丽歌唱片公司

歌 词：

朵朵红花艳 迎风展笑颜

不畏风和雨 千万人称赞

草莽出英雄 江湖有好汉

一心为报国 要唱男儿歌

治国须读万卷书 救民凭仗一把剑

忠肝义胆比日月 古今书剑定江山