唐称南宫坊，有牌坊立于巷东口，五代吴越广陵王钱元璙南园在此。宋起即称南园巷，范成大《吴郡志》已有“南宫坊南园巷”的记载，宋理宗赐魏了翁宅于南园巷，并书赐“鹤山书院”四字，曾孙魏起于元代在此恢复鹤山书院，巷遂称今名。明永乐年间以书院旧址为巡抚大臣行馆，宣德五年（1430）至清宣统三年（1911）为巡抚衙门，巷又称抚署前或抚辕前。卢熊《苏州府志》等作南园巷，《吴县图》、《苏州图》均标作书院巷。