《二林居集》收录作者所作论、书问、叙、跋、记、墓志、事状、传等文。书中推崇陆（陆九渊）王（王守仁）心学为“圣人之学”，认为“充古今、塞宇宙，良知而已矣”（《读王子书》）；以“离则（法则）无物”观点，指责戴震《孟子字义疏证》与《原善》“使人逐物而遗则”；对程（程颢、程颐兄弟）、朱（朱熹）“性即理”等持异议；又力言“道问学”与“尊德性”不可分，反对以二者区分朱、陆，极力泯灭儒、佛思想之差异。明朝高攀龙曾讲学无锡东林书院，死谥忠宪；南朝刘遗民曾从庐山东林寺僧慧远读书。作者仰慕此二人，故名其书斋为“二林居”。是以“二林居”名集。