中国国内大学治理架构中，一般分为“学校—学院—系”三级管理。但这样的管理架构，也存在比较明显短板，同一个学科往往分布在多个学院和机构，同时学院制改革将院系越分越细，不利于学科之间的交叉融合，也增加了管理上的困难。2000年北京大学率先在国内展开学部制改革，由此拉开中国高校学部制改革的帷幕。此后20余年，武汉大学、中山大学、哈尔滨工业大学相继实行了学部制改革。截至2023年，越来越多高校加入学部制改革队伍，构建“学校—学部—院系”三级学术治理体系。

二级学院和系科有三个方面的区别。

大学中设置的系科，一般情况下级别低于学院，由一个或几个性质相近的专业组成，由两至三个系组成一个学院。大学内也有规模较大与学院平级的直属系。

大学中设置的二级学院，与系科一样是大学内设单位，包含多个相近的学科专业或学系，拥有相对独立的文化特征和管理权责。

在规模上，学院总体来说大于系科（从专业设置数量、学院师生人数，到设备设施和建筑占地面积上）。学系达到一定规模才可以从系科升级为二级学院。

上世纪80年代以来，一批规模较大、办学水平较高的教学科研型或研究型大学，纷纷由学系改组成为学院，升级的基本条件之一就是学院规模（如招生规模、教师数量和比例、实验室硬件设施、有硕士学科点、国家实验室、毕业生的论文水平和存档情况等），达到一定规模才可以从系科升级为二级学院。

大学的系科主要承担组织教学和人才培养，具体科研项目及实验室建设等任务。

当系升级为二级学院后，以学院为主体，其所具有的功能和承担的任务都有了更大的外延。扩展到高层次人才培养、学科建设、科学研究及科技开发等领域，并因涵盖领域的扩大，不断形成交叉学科、边缘学科、新兴学科，通过创新学科，促进社会和经济发展。

进一步的，学院的社会服务功能日益显著，实现社会化办学，加速高科技应用型人才的培养和科研成果向生产力转化。

通过以上比较可以看出，系科具有专业性、学科性等特点，以人才培养为主，小而精专的建设模式；学院则具有实体性、发展性、特色性和包容性等特点，有自身的学院文化，助力学科建设、科学研究及社会经济建设。

二级学院有两种不同类型。

一种是指普通高等学校的二级教学单位，其不具备独立招生资格和学历文凭颁发资格。

一种是指普通高等学校举办的本科层次的独立二级学院，即独立学院，其招收的学生的毕业文凭上要以独立学院的名称具印。

独立二级学院是指引进社会资金，由本科院校成立或帮助成立的独立核算、具有独立法人资格、独立校园校舍，进行独立教学管理并实施学历教育的学校，原则上为本科。通过普通招生，适当降低录取分数线，同时提高收费标准。

独立二级学院由公办大学设立，但以民办机制进行运作和管理，依附于公办大学，又不完全等同于大学里的院系部。在收费上，独立二级学院按照国家有关民办高校政策制定收取，一般比本部高校学生高。

独立二级学院属性不一，分为“国有民办”和“合资合作办学”。其中“国有民办”独立二级学院，依附公办普通高校，影响相对较大，开办之初，依托公办重点院校的学科专业、师资队伍、教学实验设施和教学环境。依附于公办大学但不等同于大学中其他下属成分，大学下设的院、系、部，是学校的有机单元，归大学统一管理。而独立二级学院虽由公办大学设立，但以民办机制进行运作和管理，其经营管理模式介于公立大学和民办大学之间，有别于大学下设的学院。

随着改革的深化和完善，教育部对独立二级学院属性和管理有了更具体的规定。2003年4月，国家教育部发布《关于规范并加强普通高校以新的机制和模式试办独立学院管理的若干意见》。规定独立二级学院，一要一律采用民办机制；二要按照新的模式办学，强调“独立学院”应具有独立的校园和基本办学设施，实施相对独立的教学组织和管理，独立进行招生，独立颁发学历证书，独立进行财务核算，具有独立法人资格；三要实行新的管理体制；随后教育部又出台了独立学院必须落实“独立颁发学历证书”的规定，明确2003年独立学院招收新生一律以独立学院名义颁发学历证书，同时要求独立二级学院积极采取措施，贯彻落实“独立校园”的要求。即与母体“不分彼此”的“独立二级院校”不被允许继续开办，2003年后，招收的学生，毕业文凭上要以独立学院的名称具印。

2020年5月18日，教育部办公厅发布了《关于加快推进独立学院转设工作的实施方案》。2020年12月31日，各独立学院全部制定转设工作方案，同时推动一批独立学院实现转设。原则上，中央部属高校、部省合作共建高校举办的独立学院要率先完成转设，其他独立学院要尽早完成转设。