于2002年进入潍坊市游泳学校接受游泳专业训练，后输送到省队继续训练。曾在2006年山东省第二十一届运动会上夺得100米仰泳比赛金牌。

2011年10月23日，在江西奥林匹克体育中心游泳跳水馆进行的第七届全国城市运动会游泳项目女子200米仰泳决赛中，代表济南队参赛的于亚萍以2分10秒32的成绩获得亚军。

2012年4月7日，在绍兴举行的全国游泳冠军赛暨奥运选拔赛女子200米仰泳决赛中，于亚萍以2分09秒71的成绩夺得冠军。