1936年底，于子元、傅秀元同王喜太按照在张家口的研究方案，在曹县一带拉起了武装。到1938年初，已发展成为一支有七八百人、数百支枪的队伍。但缺乏政治领导力量，思想工作薄弱，仍沿用绿林武装的方法，称兄道弟，江湖义气很浓。中共上级党组织为了改造这支队伍，决定派于子元去王部，加强思想政治工作，把这支武装引导到革命道路上来。同时要做好曹县另一支武装——魏公奇部的统战工作。于子元利用王喜太与魏公奇的关系，又经王喜太推荐，当了魏部的参谋长。为了协助于子元搞好统战工作，党组织又增派20余位党员到各部做中下层官兵的工作。至10月间，王喜太部已发展为一支千余人的队伍，有枪千余支，小炮2门，机枪数挺。

扎根群众中 战胜土伪顽

1938年10月，于子元被任命为考城县县长。他到任不久，中共中央根据统战工作的需要，电令撤销考城县政府，把考城县武装编入冀鲁豫支队第四大队，于子元任该大队队长。1939年7月，于子元任鲁西南地委民运部长兼菏泽县动委会主任。

驳斥安天国 打击会道门

1939年，湾杨村的杨嗣孝、杨敬言等人组织了“忠义社”。他们从考城县二区小宋庄请来了卖油的会道门头子安天国，建立了反动会道门组织“红枪会”。安天国自称“活神仙”，上知天文，下晓地理，中知人事。他表面高唱“与共产党合作抗日”，暗中却强迫群众加入由其操纵的红枪会，谁不愿加入，就组织道徒到谁家吃干拿净，迫使加入。在安的欺骗威迫下，红枪会组织逐渐蔓延到附近几个村庄，他们公开到各村设坛符场，大肆活动。

英雄本色 中流砥柱

1940年秋后，鲁西南根据地进入最危急时期。主力部队撤回黄河以北休整，周围的土顽杂军如考城的马逢乐、民权的张盛太、曹县的王子奎、定陶的王子杰、菏泽的张志刚等，见革命武装势力单薄，便开始蚕食根据地，一直将地、县委机关压缩到刘岗、曹楼、伊庄等几个自然村内。

统战分化瓦解 打击顽固势力

1944年11月，冀鲁豫军区成立第三办事处，于子元调任办事处主任。该办事处成立时仅有三四个干部，其主要任务是在不同性质的地方武装中进行统战工作。在鲁西南地区，国民党定陶县县长王子杰，号称有“几千支枪”，是一个不可低估的武装力量。为了分化、打击敌人，军区决定做王子杰的争取工作。为此于子元利用各种关系，对王子杰部施加影响，不久，与王子杰部建立了人员往来关系。对他方来员，有专人负责，予以热情接待，走时赠送些礼物，借机宣传党的方针政策，无论官兵均表示欢迎。从此王部人员往来频繁，一次比一次职务高，来时热情欢迎，走时派骑兵护送。后来，王子杰提出要谈判解决边界问题，订立互不侵犯的有关协议，按照王子杰指定的时间和地点，于子元率20余名骑兵与王通过谈判，划出了边界，制订了协议。与此同时，大造各种声势，故意宣传：王子杰大请客了，划分边界了……边沿村庄都写满了欢迎王子杰的大幅标语。临走时还送给王子杰一些猪肉、粉条、蔬菜等，敲锣打鼓放鞭炮。这样大肆张扬，让日军与汉奸都知道，王子杰部已与八路军建立了友好关系，对敌伪军起到了分化、打击作用，对根据地的安定起到了一定作用。

1945年12月，军区第三办事处与鲁西南办事处合并，仍沿用鲁西南办事处的名义，仍由于子元任主任。办事处合并后，增派了一批得力干部，加强了敌工工作。主要任务是在开封一带开展党的地下工作和国民党军队中从事军运工作。当时有个主要争取对象是兰封的张效雨，于子元有时派人去，有时亲自去，直接与张效雨谈话，进行宣传教育，后来建立了统战关系。张效雨给南北过往的党政干部、部队以方便，并给及时提供军事情报。这样使考城马逢乐的活动受到限制，为消灭马部提供了有利条件。

中共开封地下党组织关系比较多。三、四、五分区分别在开封建立了地下党组织。1948年4月，上级决定派于子元去开封，对其进行整顿，使其统一在中共开封工委领导下进行工作。开封是国民党的河南省府驻地，城内军警林立，戒备森严。特别是鲁西南被打垮的土顽头子，大部分都躲到城内，建起了“安乐窝”。于子元做了多年的敌军工作，大部分人都直接与他打过交道，到开封城是非常危险的。但他为了革命利益，不顾个人安危，愉快地接受了任务。

到开封后，他找到了东源酒店经理、工委副书记李冠卿，并以表兄弟身份，住在李家。他通过李冠卿在几天之内与其他地下党组织接上了关系，及时传达了上级党委关于统一整顿中共开封地下党组织的安排意见，逐步理清了上下纵横关系，统一在工委领导之下，形成了一股劲，提高了战斗力，为开封地下党组织的建设做出了贡献。

1948年1月，于子元调离了鲁西南，参加了中共河北整党工作，后赴华北局学习深造。1949年7月调到华北革命大学任教导处组织科、干部科科长。1950年调任中央党校任办公室主任等职。1969年调到山东行政干校任副校长。1972年因病逝世。