自幼喜爱文学，在上海行知中学时，对电影戏剧产生兴趣。1960年高中毕业后考入上海电影专科学校导演系，1963年毕业分配在海燕电影制片厂任场记。

1964年参加天马电影制片厂《年轻的一代》的拍摄，后来一直在上海电影制片厂工作，1975年任导演，1976年与汤晓丹合作拍摄《难忘的战斗》，在汤导的指导帮助下，进步很快。

1979年于本正和汤因化合导《等到满山红叶时》，他精益求精，共同努力，追求影片一种诗情画意，清新淡雅的风格。1985年任上影厂第一创作集体主任，1987年任上影厂副厂长。1989年任厂长。

1985年根据曹禺同名话剧改编的《日出》，是于本正事业顶峰影片，遵从原作又很好地运用电影化手法，将旧上海中各色人等表现得淋漓尽致，很深刻地把原著精神在银幕上传达出来。