1997年，于根伟共打入6粒甲A联赛进球，但球队整体境况不佳，天津立飞三星降入甲B，天津万科（原天津二队）降入乙级联赛。

天津泰达

1998年2月16日，泰达集团整合天津足球资源，将天津三星与天津万科两队合并，成立了天津泰达足球俱乐部。当赛季于根伟在甲B联赛共进球8粒，帮助泰达以不败战绩夺得甲B冠军，重返甲A。在乌拉圭籍教练吉梅内斯（Osvaldo Gimenez）的介绍下，于根伟前往南美治疗腿部伤病，效果良好，还接到了乌拉圭民族队和佩纳罗尔队试训与签约邀请，但于根伟考虑到球队刚回到甲A，正是需要自己的时候，于是进行了谢绝，从而错失了成为中国登陆南美足坛第一人的机会。

1999年，金志扬出任天津泰达主教练，重拾技术足球的方针理念让于根伟等球员如鱼得水，由他和张效瑞组成的“双子星”表现尤为亮眼。在整个1999赛季，于根伟打入10粒甲A联赛进球，名列联赛射手榜第3位，帮助天津泰达取得甲A联赛第7名，这也是当时天津在甲A史上的最佳排名。

2000年，于根伟共打入6粒甲A联赛进球。

2001年，于根伟共打入8粒甲A联赛进球。

2002年4月，于根伟在迎来球队赛季首场胜利时膝盖受伤，后前往比利时进行治疗。在11月30日的甲A第30轮比赛中，天津泰达迎战四川大河，于根伟上演帽子戏法，以3粒进球帮助球队4-1大胜。整个赛季，于根伟共打入10粒甲A联赛进球。

2003年，于根伟迎来为天津效力的第10个年头。9月21日，在甲A联赛第16轮天津康师傅对阵八一湘潭的比赛中（康师傅为天津泰达当时的球队冠名商），于根伟梅开二度，帮助球队3-1取胜。10月12日，在第19轮天津康师傅对阵陕西国力的比赛中，于根伟再次梅开二度，帮助球队2-1获胜。整个赛季，于根伟共打入8粒甲A联赛进球。

2004年，中国足球协会超级联赛（中超）正式启动，于根伟在中超联赛开幕式上代表球员宣誓。11月28日的中超联赛倒数第2轮，天津康师傅客场5-1大胜辽宁，其中第3个进球由于根伟发起，也由于根伟终结，在积满冰雪的场地中完成了三次几乎不停顿的传切配合。2008年2月16日，在天津泰达足球俱乐部成立十周年的评选中，这一进球被评为“天津泰达队2004年赛季最佳进球”。整个2004赛季，于根伟共打入7粒中超联赛进球。

2005年，在4月9日天津康师傅2-2上海国际的中超第2轮比赛中，于根伟梅开二度，达成了为天津队进球数过百的成就。7月1日，在天津康师傅对阵青岛中能的中超第二阶段比赛中，于根伟再次梅开二度，帮助球队4-1大胜对手并迎来客场首胜。11月5日，在天津康师傅3-0四川队的中超最后一轮比赛中，于根伟打入赛季第12粒进球，创造个人联赛进球记录。在2005赛季结束后，天津康师傅最终排名中超联赛第4名，也创造了队史最佳成绩。

2006年1月27日，于根伟正式宣布退役。

国少队及国青队

于根伟于1991年入选中国少年足球队，1992年入选中国青年足球队。

1992年，于根伟随中国少年队队征战在沙特阿拉伯举办的第五届亚洲少年足球锦标赛U-16组比赛，在对阵沙特阿拉伯的半决赛中，于根伟梅开二度，帮助球队4-1取胜。在决赛中，中国队通过点球大战以8-7战胜卡塔尔，获得本届亚少赛冠军。

1993年，于根伟随中国少年队征战8月21日在日本召开的第五届世界少年足球锦标赛（又称U-17世青赛）。在对阵智利的比赛中，于根伟梅开二度，帮助球队2-2战平，被评为当日最佳球员。最终国少队以1平2负的成绩列小组第14，未能出线。

国奥队

1994年9月，在国奥队对阵朝鲜的友谊赛中，于根伟右膝严重受伤。

1995年7月29日，在国奥对阵新加坡的亚特兰大奥运会亚洲区预选赛小组赛中，于根伟梅开二度，并助攻队友吴承瑛一次，帮助国奥3-1获胜。1996年3月17日，在国奥对阵哈萨克斯坦的小组赛复赛中，于根伟打入1球，帮助国奥4-2获胜。最终由于国奥未能走出“恐韩”阴影，在小组赛复赛最后一战中0-3负于韩国，未能出线。

国家队

1994年入选戚务生执教的中国奥林匹克队，出任前卫，备战并参加1996年亚特兰大奥运会足球赛亚洲区预选赛小组预赛，在小组赛中表现出色，攻入两球，发挥了重要作用。

1996年，于根伟入选戚务生执教的国家队，因伤病未能随队集训和比赛。

1997年7月，于根伟再次入选戚务生执教的国家队，备战并参加第16届世界杯亚洲区十强赛。1997年9月13日，于根伟随中国队在大连金州体育场迎战伊朗队，中国队在一度2-0领先的情况下被伊朗队连进4球，最终以2-4告负，造成了中国足球史上著名的“金州惨案”。最终中国队在十强赛小组赛中积3胜2平3负被淘汰，第六次冲击世界杯失利。

1999年12月，于根伟入选金志扬负责的国家足球集训队，后因伤病退出国家队。

2000年，于根伟多次入选米卢蒂诺维奇（Bora Milutinovic）执教的国家队。

2001年7月再次入选米卢蒂诺维奇执教的中国国家队，参加2002年韩日世界杯足球赛亚洲区十强赛，攻入决定性的关键一球，使中国队提前两轮获得世界杯足球赛决赛阶段入场券，被国家体育总局授予国家体育运动一级奖章。

2002年韩日世界杯，米卢仅给于根伟安排了很少的上场时间，最终中国队小组赛3战皆负积0分遭到淘汰。

2004年11月5日，于根伟入选阿里·哈恩（Adrianus Haan）执教的国家队名单，征战中港之战。11月17日，在中国对阵香港的2006德国世界杯亚洲区预选赛小组赛最后一轮中，于根伟打入1球，全场中国队7-0胜香港。然而由于最终科威特6-1胜马来西亚，小组赛总进球数比中国队恰好多出一个，得以晋级八强赛，中国队遭到淘汰，又一次无缘世界杯。

2006年1月27日，于根伟正式宣布退役，同时出任天津泰达足球俱乐部副总经理，主管青少年训练工作。

2014年，于根伟通过了国际足联和亚足联举办的职业级教练考试。

2019年，于根伟出任天津天海足球俱乐部一线队负责人。2020年5月12日，天津天海正式宣告解散。

2021年1月20日，天津泰达官方宣布，俱乐部名称改为天津津门虎足球俱乐部。3月31日，津门虎俱乐部正式发布公告，宣布聘请于根伟为总经理兼球队主教练。2021赛季，津门虎在仓促重建、全方位“换血”的背景下，遭遇了各种困难，最终在于根伟的带领下成功保级，2022年1月，在第5届“中国金球奖评选”活动中入选“2021中国金帅奖候选名单”。

2022年1月7日，于根伟加入李霄鹏任主教练的中国男足教练组。

2024年2月26日，在2023中国金球奖颁奖典礼上，天津津门虎队主教练于根伟获得金帅奖。在2023赛季，于根伟率领天津津门虎在中超联赛取得11胜15平4负的战绩，排名第八。其中，津门虎主场保持不败。5月11日，中超联赛第11轮，天津津门虎主场0-0战平上海申花；该场比赛是于根伟执教津门虎的第100场正式比赛。9月14日，中超第25轮，天津津门虎1-0击败河南，于根伟成为队史首位执教获得顶级联赛40场胜利的主教练，执教战绩为40胜34平34负，胜率37.04%。

于根伟在家排行第三，上有两个哥哥，三兄弟都非常喜欢足球，二哥曾经入选河东区少年队练门将，但因身高没有长起来被迫放弃。

于根伟第一任妻子是模特邵倩，两人于2009年离婚，育有一个女儿；现任演员是内地演员张雅蓓，2014年5月21日下午，于根伟和他的爱妻张雅蓓举行盛大婚礼，婚后育有一对双胞胎儿子。

2015年，于根伟创办了天津于根伟青少年足球俱乐部，致力于青少年足球培训。2017年，天津泰达与于根伟青少年足球俱乐部达成合作，成立泰达根伟训练中心。2021年10月，津门虎俱乐部因失信被执行，法院判决津门虎需给付于根伟青少年足球俱乐部80万元。

2018年8月12日，于根伟当选天津市足协执委、技术委员会主任。

2020年11月25日，天津体育职业学院聘请于根伟担任客座教授。

于根伟是天津足球的旗帜性人物，1993年进入天津队，2006年初宣布退役，效力天津队的十余年时间里，他一直是球队的灵魂人物，多次在球队的危急时刻挽狂澜于既倒。（《新京报》评）

在天津足球存亡之际的关键时刻，于根伟敢于挺身而出，值得敬重，他带领球队最终完成保级，难能可贵。作为天津足球的旗帜性人物，于根伟给这支全新的俱乐部和球队带来了凝聚力。（《足球报》）