1856年6月，姚州（今姚安）回民首先起事，7月即攻占州城。

1856年8月，杜文秀乘云南提督文祥率兵离大理赴楚雄的有利时机，在蒙化率众起事。

9月7日，杜万荣、蓝金喜在大理府城起事。杜文秀闻讯，立即率军前往大理，与当地回民会合，大败清军，毙迤西道林廷禧、太和（今大理）知县毛玉成等。

9月16日，大理知府唐惇培败逃宾川（今宾川南），回民军胜利占领大理城。夺据大理的胜利，使一部分起事军首领昏昏然，他们不去组织力量防御清军的进攻，却自恃有功，争权夺利。

10月23日，滇西回民军齐集大理校军场，筑坛拜帅。杜文秀以原提督署为大元帅府，组织大理伊斯兰政权。授蔡发春为扬威大都督，总各路军事，其他文武官员也各有职称。宣布“遥奉太平天国南京之召号，革命满清”，并通令“改正朔，蓄全发，易衣冠”。

1857年夏，马如龙、马德新、徐元吉等率领滇东、滇南回民军二万人，经晋宁（今昆明市晋城）、呈贡向昆明进发。

7月12日，回民军占据距城仅五里的江右馆为大营，分据大树营、王家桥、堡基、马街子、碧鸡关、红庙、西坝等村寨，随即发动对省城的围攻。城内粮源断绝，战守无兵，云贵总督恒春自缢而死；巡抚舒兴阿也“引疾乞假”，藏匿家中。

1857年夏，文祥指挥清军进攻下关东面的赵州。时值滇东、滇南回民军围攻昆明，滇西回民军便乘机袭击文祥部后路。清军腹背受敌，溃不成军，文祥退回镇南州（今南华），弥渡和云南县（今祥云）为回民军占领。

1858年春，滇东、滇南起事军的主要领导人马德新和马如龙与官方订约，承诺“永不滋事”，并将围攻省城的回民军撤离，散归各地，滇东、滇南回民军第一次围攻省城遂告结束。

1858年，滇东、滇南回民军从昆明撤围散归各地之后，当时任巡抚的张亮基即调集清军向回民进攻，回民自卫。马德新、马如龙乘机再次起兵，于是滇东、滇南回民起事军又得到了发展。

1859年2月，董家兰指挥“兴义营”团练军水陆两路对大理发动突然袭击。潜伏在大理城下的数百名练勇利用夜暗，用棺木装火药将城墙炸开，夺占了东门城楼，但从洱海进攻的团练主力因遇到大风浪，未能按期到达，以致对大理的袭击又遭失败。不久，董家兰因援邓川（今洱源东南）被起事军击毙，张正泰亦因内讧被部下杀死。张董二人既死，所部团练军一蹶不振，陆续被起事军消灭。

1860年春，马如龙受马德新之命，率部西援，4月底与李芳园部会合，共万余人，由南安州直逼楚雄。

5月3日，攻克广通。

5月5日，在回镫关（广通西南）大败楚雄援军，毙游击高天泽。

5月8日，又在小腰站歼灭楚雄清军千余人，毙千总苏镇东。“

5月21日，滇东、滇南回民军包围了楚雄府城。楚雄知府杨觐向褚克昌求救。褚克昌正在进攻弥渡、红岩，无兵可派，只得尽撤镇南大营清兵赴援楚雄。

6月4日，褚克昌亲抵楚雄府城。马如龙、李芳园指挥回民军昼夜围攻。

6月11日，用地雷轰塌城垣二十余丈，攻入城内。清军一部投降，大部被歼。知府杨觐、副将庆连等被打死，褚克昌逃往镇南。

1860年1月，新任云贵总督张亮基于奏请以总兵褚克昌署理云南提督，办理滇西军务。褚克昌率兵西上，经禄丰、楚雄，于3月间至镇南州，接任提督。他一面分兵进攻回民军占据的姚州、大姚，一面率主力继续西进。回民军为了收缩兵力，主动放弃沙桥（镇南西北）、云南驿（云南县东南）等据点，退守云南县城。褚克昌尾追至云南县城下，指挥所部清军进攻县城和弥渡、红岩（弥渡西北）等地。面对褚克昌部清军的大举进攻，杜文秀一面派人发动滇东、滇南回、汉、彝各族人民起事，以牵制清军，一面催调正在进攻缅宁（今临沧）的大都督蔡发春率军回援。同时，致书澂江马德新，请求派兵支援配合，以切断褚克昌部的后路，造成东西夹击的态势。

1860年4月底，回民军大都督蔡发春攻陷缅宁后，即率领云州、顺宁、蒙化、缅宁起义军二万余东下，杨德明等也率大理、蒙化回民军八千余人，在云南县与之会合，联合向弥渡、红岩等地进攻，红岩、弥渡先后失守。回民军随即进攻云南县清军大营，并分兵一路，由虎应龙、保文明、桂春亮率领，北攻宾川。滇东、滇南回民军也先后攻占了南安州、镇南州和定远（今牟定）县城，控制了楚雄府全部州县。

8月18日，回民军发起进攻。

9月9日攻破宾川清军大营，全歼守军，并杀死褚克昌。褚克昌全军覆灭。不久，马如龙等第二次围攻昆明，徐元吉战死，围城仅十日即被迫撤围。

在杜文秀的指挥下，滇西回民军迅速扫清了大姚、姚州等地的残余清军，各将领乘胜向滇西各地清军发起进攻。蔡德春到楚雄与已参加了滇西回民军的李芳园会合后，于11月率军攻占了禄丰县和安宁州城。与此同时，陈义、杨德明、马金保、张遇泰等率部攻占了鹤庆、剑川和丽江城；虎应龙、桂春亮率部进攻永北厅（治今永胜）；蔡发春则率部返回云州、顺宁，转攻永昌府（治今保山）。

1861年3月，蔡发春、陈义率部由南北两路包围了永昌府城，经数月围攻，于7月底攻克。

8月，杨荣、张遇泰克云龙州城（今云龙），姚得胜、保文明、虎应龙克永北厅城。

9月，马成克龙陵厅城。

10月，蔡发春、马国玺克腾越厅城（今腾冲）。在此期间，滇西回民军还粉碎了署云南提督申有谋进攻大理，夺回了被清军一度占领的广通、禄丰等城。申有谋率残兵不足千人逃回省城。至此，西达龙陵、腾越、云龙、永昌，东至楚雄、广通、元谋、禄丰，南至缅宁、顺宁、云州，北抵剑川、鹤庆、丽江、永北，滇西二十余厅州县都在大理政权的控制之下。

1861年底，马如龙联合昆阳杨振鹏和新兴田庆余部回民军，再次向昆明进发，开始对省城的第三次围攻。

1862年（同治元年）初，云南府所属各州县大都被回民军占据，昆明成为一座孤城。当时，兼署云贵总督的云南巡抚徐之铭迫于形势，改变了一意主剿的态度，一面准备向回民军发动军事进攻，一面派署提督林自清和署澂江知府岑毓英到回民军中“议和”，用高官厚禄引诱他们投降。

1862年3月，马如龙、马德新、杨振鹏等人正式向政府投降。为了表示对清朝的“忠顺”，马如龙等亲自到各地说降，胁迫回民军将士解散或撤退，将回民军占据的昆明四周的昆阳、新兴、晋宁、呈贡、嵩明、罗次、易门、富民等城拱手献给清军。清廷授予马如龙“署理总兵”的官职，授予马德新以“二品伯克”之衔。

1862年夏，马如龙写信给杜文秀，并派杨振鹏前往大理，一面以高官厚禄诱劝杜文秀投降，一面以军事进攻相威胁。

1863年夏，马如龙又派他的亲信马负图到大理劝降。

1864年，马德新亲自出马，前往大理游说。

1863年6月，清廷调前两广总督劳崇光为云贵总督。劳崇光令署云南提督马如龙防守省城，筹集粮饷军火 ；令署理布政使岑毓英率军进攻滇西。

1863年8月，岑毓英率清军从昆明出发，于11月20日占领楚雄。此后，岑毓英以楚雄为基地，分兵向大理进犯。清军虽先后占领了大姚、永北、邓川、宾川、浪穹（今洱源）、赵州、云南、鹤庆、丽江等地，逼近大理的南北门户上下两关，但岑毓英所率主力却被回民军阻挡于镇南和姚州，无法前进。

1864年2月，回民军在上关大败清军，并收复邓川、浪穹、鹤庆、丽江；不久，又败敌于下关，收复云南、赵州、弥渡。杜文秀乘胜派马得才率领援军从弥渡、三街间道插到镇南清军侧后，突然向清军发起猛攻。清军大败，岑毓英逃回楚雄。杜文秀领导滇西回民军乘胜向外发展，南面达于镇沅，北面达于维西。

至1866年初，回民军控制了滇西二十三座城市。

1866年3月，劳崇光到达昆明，便积极部署对大理的进攻。

1867年2月，云南提督马如龙率领兵练八千九百余人由昆明出发，并指挥督标中军副将杨振鹏、楚雄协副将李维述、参将杨先芝、游击合国安、昭通镇总兵杨盛宗、腾越镇总兵田仲兴、普洱镇总兵李锦文等部清军和地方团练，分数路向滇西进攻。但李维述败于镇南，杨振鹏溃于宾川，杨先芝、合国安溃于姚州，楚雄、大姚两地的清军先后告急。杨盛宗、田仲兴等也因粮饷不继，分别从永北、蒙化、威远等地败退。回民军占领定远、大姚之后，进而包围了楚雄。

粉碎马如龙对滇西的进攻并进行必要准备后，杜文秀调集大理、楚雄、丽江、永昌、顺宁、永北、蒙化等地回民军十万余人（一说二十余万），由十八大司统率，分兵四路，向云南省城昆明发起大规模的进攻。其北路由大司衡杨荣、大司阃马旭、大司勋米映山率领，从定远出发，占领琅黑等盐井、罗次、武定、富民后，进攻昆明城北；西路由大司政刘诚、大司令马清、大司藩安长兴、大司隶刘纲率领，在占领禄丰、易门、安宁、碧鸡关后，进攻昆明城西；东路由杨威大都督蔡廷栋、大司平马兴堂、大司寇李芳园等率领，从大姚出发，攻占元谋、禄劝、柯渡、杨林等地后，攻昆明城东；南路由大司戎马国春等率领，在占领楚雄、南安、广通等地后，攻昆明城南。杜文秀坐镇大理，指挥各路大军。岑毓英驻军曲靖，派出一万一千余清军赴援昆明、楚雄等地，企图阻挡回民军向昆明的进军。

1867年9月，回民军占领黑、白、琅等盐井，控制了盐井的税收，断绝了云南反动当局至关重要的财源；随后，在两个多月的时间里，连陷广通、禄丰、南安、元谋、武定、禄劝，切断了楚雄与昆明的联系。楚雄清军孤立无援，军火 粮饷皆缺，12月18日，回民军一举攻占了该城。至此，回民军控制了滇西全境。

1868年2月19日，杨荣等部北路军攻陷富民，西路军占领安宁。

1868年2月20日，上述两路回民军进至昆明城郊：北路军由富民进占昆明西北的团山、大普吉、梨烟村、夏家窑一带；西路军由安宁攻占昆明西面的碧鸡关、高嶢、梁家河、普坪等村寨。

1868年2月28日，南路军攻陷易门。

1868年3月9日、10日，在杨振鹏、田庆余等配合下，南路回民军袭占了晋宁、呈贡，随后即进占昆明城南的西岳庙、五华寺等处。至此，回民军从北、西、南三面包围了省城昆明。

清廷令云南巡抚刘岳昭率领所部湘军火速由黔入滇，以解昆明之围。在刘岳昭到达之前，防守昆明的署提督马如龙因在城外作战屡败，退入城内，采劝以防为剿”的方针，坚守不出，等待援军。他以“谋叛”的罪名捕杀了总兵合国安等数名回族将领，设立巡防总局，强迫军民日夜登城防守，并以自己和劝捐得来的资财充当军饷，以安定军心。

1868年3月6日，岑毓英督率三万余清军，由曲靖赴援昆明：游击杨玉科率兵一部绕道四川会理，出奇兵抄袭回民军后路；岑毓英自率主力，进攻昆明城外的回民军。

1868年5月上旬，新任云贵总督刘岳昭率二万余清军由贵州毕节到达曲靖，亲率所部湘军往攻寻甸，令新任云南巡抚岑毓英配合马如龙解昆明之围。8月，岑毓英率其主力亲赴呈贡前线，指挥清军作战。清军在昆明外围东、南、北三个战场上，与回民军展开了激烈的争夺战。

1868年3月，杨玉科联络当地的团练武装，采取声东击西的手法，相继袭占了大姚县的苴却（今永仁县城）、元谋等地。

1868年4月，又占领了武定、禄劝。

1868年5月，驻守罗次的征南大将军张遇泰不战而降。随后，杨玉科率清军向富民进攻。杜文秀派大司卫姚得胜等率军数万由大理东援。

1868年6月中，回民军由大姚、禄丰、富民三路齐进，分攻元谋、罗次、武定。在11月1日占领了武定州城和禄劝县城。

1868年3月，当滇西回民军进至昆明城郊时，马如龙部将杨先芝、马天顺、马文成等率部倒戈响应，随即东进占领了寻甸和嵩明州城。

1869年3月，回民军一举攻占省城东北重镇杨林，清军守将何秀林率部退守宜良。

1869年6月20日，留守寻甸的大司理马天顺等动摇妥协，于6月20日率军投降，寻甸、果马等地遂为清军占领。至此，清军完全控制了昆明以东地区。

1869年7月，清军首先进攻城南回民军阵地。至8月初，李家地、老鸦营、大营寺等地均为清军占领。

1869年9月18日，段成功遂向清军投降，将城南西岳庙一带二十余处营垒全部献给清军。

1869年9月20日，岑毓英、马如龙指挥清军合攻江右馆，回民军总理内阁大监军杨崇章被俘，扬威大都督蔡廷栋、大司徒安文义退守棉花行。

1869年9月21日夜，驻守马村的大司勋米映山率五千名回民军冒雨突围，转移到城西土堆，与大司政刘诚率领的二千名回民军共同坚守。昆明东、南、北三面起义军阵地完全丢失，元谋、易门、大姚、广通、安宁等地也已失守，尽管城西土堆仍由回民军坚守（12月17日失守）。

1869年10月初，清军相继占领了南安、楚雄、定远等地，进一步稳定了省城的局势。岑毓英即指挥清军分三路向滇西大举进攻。

1869年10月，杨玉科占领定远后，即率徐联魁、段瑞梅、蒋宗汉、冯长寿等分数路包围了姚州。

1870年初，南路占领了缅宁，北路占领了丽江、剑川。中路的刘兴、王钟祥、丁跃龙、段瑞梅、钱大川、陈定邦等部清军（本为牵制回民兵力的助攻部队）不顾主力受阻于姚州、镇南等情况，突出冒进，先后占领了弥渡、浪穹、邓川、红岩、云南驿和宾川等地，逼近了大理。为了保卫大理，杜文秀派大司衡杨荣率领一支机动部队赴援云南县，并分兵进攻宾川、浪穹、邓川等地清军。回民军收复了邓川、浪穹、弥渡、红岩、云南驿等地。

1870年4月初，杨玉科部清军占领姚州城。

1870年9月3日，北路清军黄世昌、刘昌笏部占领了永北厅城。

1870年9月15日，杨玉科联合北路清军攻占鹤庆，接着率军南下，于10月底11月初夺占浪穹、邓川，进攻上关。至此，大理以北各州县尽为清军占领。

1870年9月21日，李维述部占领了镇南，随后向云南县进攻。弥渡等地数次为清军占领，回民军又几次夺了回来。

1871年5月，回民军败清军，击毙都司陈定邦，又一次收复弥渡。

1871年6月25日，清军占领永平，对于援救永昌并不积极。永昌城于9月7日失守。

1871年秋，岑毓英复令各部清军同时向回民军发起进攻，于是杨玉科部围攻水平，李维述、杨国发部急攻云南县，企图进而东西夹攻下关。

1871年11月，清军在攻占云南驿之后，李维述令参将李栋材率部进攻弥底（蜜滴）、瓦录、天生营等处。

1872年春，杜文秀派杨荣、蔡廷栋率援军由南涧、古郎一带攻云南驿等地，欲截断清军后路，但在小桥一带作战失利退回。

1872年5月初，清军攻占弥渡、红岩、南涧等地之后，李维述、杨国发遂率清军合攻云南县。

1872年5月22日占领县城。杨玉科部清军已于3月4日攻占曲硐（永平南）。

1872年4月21日占领漾濞，继而进攻下关。当得知李维述等已占领云南县城时，杨玉科立即赶至云南县，部署向赵州进攻。6月1日，杨玉科督率徐联魁等部由云南县、都司周作祥部由洱海东向阳堡南下，两路夹攻赵州。

1872年6月4日，杜文秀亲率杨荣、蔡廷栋等万余人由大理下关援赵州，遭清军截击败回。

1872年6月8日，赵州陷落，清军进逼下关。

1872年6月9日，杨玉科即指挥清军同时向上下两关发起进攻。下关遂为清军占领。同日，上关也被段瑞梅、李应举等部清军攻占。

1872年6月12日，清军乘胜从南北两面向大理发起进攻。当南路清军进至离大理城仅一里左右、北路清军经喜洲进至湾桥时，杜文秀命杨荣等率回民军主动出战，清军大败，蒋宗汉等率南路退至太和村，段瑞梅等率北路退至喜洲。

1872年6月22日，清军攻占蒙化城，李维述率所部向蒙化厅属大小围埂进攻，杨玉科则回到下关，继续部署进攻大理。11月初，清军进至城下，包围了大理城。

1872年12月10日，清军地道挖成，炸开东南角城墙攻入城内。至17日，清军终于占领了城内校尝莲花池一带，回民军退至西北半城。

1872年12月27日，杜文秀服毒后出城与清军议和，被清军杀害。清军统帅岑毓英背弃诺言，纵兵血洗大理城回民军。

1873年3月，清军攻陷顺宁，4月又占领云州。

1873年5月，回民军最后一座城市腾越失守。