为发展天然橡胶产业，1951年9月成立云南省林垦处。1953年1月成立中央人民政府林业部云南垦殖局。同年10月，垦殖局及所属机构撤销，成立云南特种林试验指导所。1955年3月，特林所改为云南热带作物试验指导所。1956年1月，成立云南省林业厅热带作物局。1957年3月，热作局改为云南省农垦局，接受中央农垦部和省人委的双重领导。1958年6月,省农垦局下放云南省领导。1970年2月，组建云南生产建设兵团。1974年10月，兵团撤销，改为云南省农垦总局。1983年，成立云南省农垦农工商联合企业总公司，保留省农垦总局的行政职能，实行省部双重领导，基本建设投资和统配物资由农牧渔业部直供。1994年1月，组建云南农垦总公司，加挂云南省农垦总局牌子，实行两块牌子，一套人马。1996年2月,组建云南农垦集团，成立云南农垦集团有限责任公司，加挂省农垦总局牌子。2014年9月，云南省农垦总局与云南农垦集团有限责任公司实行政企分开，省农垦总局为省政府直属参照公务员法管理的正厅级事业单位。2016年6月，省农垦总局更名为云南省农垦局，为参照公务员法管理的正厅级事业单位。