现有普通外科、康复医学科2个国家临床重点建设专科。眼科在国家医疗大数据评估的全国最佳临床学科专业中位列第13位。是国家药物临床试验机构，有4个国家级培训基地（国家住院医师规范化培训基地、国家全科医师临床培训基地、内镜与微创医学消化科培训基地、冠心病介入诊疗技术培训基地）；6个云南省临床重点建设专科（眼科、内分泌科、重症医学科、骨科〈创伤外科〉、神经外科、产科）；2个云南省省院共建临床重点专科（消化内镜专业、血管外科）；2个云南省省级重点培育专科（疼痛科、口腔正畸科）；4个云南省医疗质量控制中心（云南省眼科疾病诊疗质量控制中心、云南省康复医疗质量控制中心、云南省疼痛医疗质量控制中心、云南省健康体检质量控制中心）；2个云南省专家工作站(超声医学专家工作站、干细胞研究专家工作站)；8个省级临床中心和基地（云南省干部体检中心、云南省远程医疗会诊中心、云南省中毒临床救治基地、云南省中西医结合第二临床研究基地、云南省腹部外科中心、云南省消化超声内镜中心、云南省血管外科中心、云南省创伤救治中心）。