亚公髻属古代加里东运动隆起云雾山脉，境内海拔在1500米以上的山峰有29座，其中棉被顶（1628米）、炉塘顶(1681米)、大田顶（1704米）、大雾岭顶（1423米）等多座千米以上高山，形成大雾岭大山，因山系高大壮丽，与西部云开山脉的东面余脉结联，故常被误为云开山脉。

亚公髻山上热带与南亚热带交汇区，自然条件优越，资源丰富。目前初步查明野生维管束植物189科567属974种，其中国家重点保护植物6种；陆生野生脊椎动物4纲23目45科87种，其中国家重点保护动物21种。即金毛狗、桫椤、黑桫椤、福建柏、樟树、红椿等国家二级保护植物；拥有野生陆栖脊椎动物4纲23目45科87种，其中国家重点保护动物达22种，如巨晰虫、蟒蛇、金雕、白肩雕、穿山甲等，是粤西地区不可多得的生物资源基因库。同时，区内气候温暖而湿润，地理环境复杂，生态系统复杂多样：有原始次生林和灌木林，还有阔叶林、针阔混交林、杉木林、柳杉林等，森林景观丰富。