亚历山大·齐克勒的职业生涯从德累斯顿迪那摩足球俱乐部起步，他认为正是这家俱乐部出色的青训体系为他此后的辉煌奠定了基础。在这座美丽的东德城市，亚历山大·齐克勒在自己的处子赛季（1992-93）便崭露头角，他在18场德甲联赛打入3个进球，并凭借其出众的身体素质和勇猛作风得到了“德累斯顿公牛”的绰号。他的表现也引起了拜仁球探的密切关注。赛季结束后，19岁的齐克勒就被拜仁纳入帐中，从此开始了在“南部之星”漫长的职业生涯。从1993年到2005年，齐克勒在拜仁几乎收获到俱乐部荣誉的大满贯——7次德甲冠军，4次德国杯冠军，5次联赛杯冠军以及冠军杯、联盟杯和丰田杯……然而他始终无法改变的，是在球队中只能充当配角或是超级替补的尴尬角色，他的年薪甚至只有卡恩的十分之一。效力拜仁的12年中，齐克勒代表拜仁在德甲出场214次，其中竟然有150次是替补出场，还有30次被提前换下，只有34次打满全场。尽管如此，齐克勒还是奉献了51个进球，并且以18个替补上场后的进球排在德甲替补射手排行榜首位。到了2004-05赛季，由于和主教练马加特关系恶化，齐克勒在拜仁的地位变得更加尴尬。虽然一直随一队训练，但却只能代表拜仁业余队获得上场机会。一个赛季下来，齐克勒在德甲竟然只得到了8分钟的出场时间。这位曾经代表国家队出场12次的前锋可以接受替补的角色，却不能忍受马加特的怀疑和排挤，最终在2005年夏天，他决定离开慕尼黑，前往只有两小时车程以外的奥地利萨尔茨堡踢球。