亚历山大三世参与宗教传统的改革，并主持1179年召开的拉特兰会议，旨在进一步清除原受皇帝支持的敌对势力，并要求动员全部西欧教会正式日益发展的异端运动。他宣布对阿尔比派极其追随者、同情者都革除教籍。教皇还在1181年组织十字军准备讨伐，但未成功。

1179年会议制定了《新教皇选举法》，规定教皇选举只能由枢机主教才具有当选为教皇的资格，凡是获得主教团三分之二多数即为教皇，无需经过皇帝批准，当选教皇任职终身，这个原则至今通用。这次会议同时规定主教人选必须是满30岁的非私生子基督徒。

出席拉特兰会议的有里昂的华尔多，他在教皇亚历山大三世主持下发神贫愿。后来华尔多派受到里昂主教的谴责，下任教皇卢西乌斯三世也主张把他们革除教籍。这股力量后来发展成华尔多异端。