罗德里戈·博尔贾的财产为他日后购买教皇职位的行动大开方便之门。同时，他把自己当做教廷的统治者，和情妇瓦诺莎·卡塔内（Vannozza de Catanei）过起了骄奢淫逸的生活。他先前的艳史已经给他留下了不少孩子，而瓦诺莎在此后的20年里又给他添了4个私生宝贝。其中的切萨雷·博尔贾（Cesare Borgia）和卢克雷齐娅·博尔贾（Lucrezia Borgia）和他们的父亲一样成为了闻名遐迩的小黑手党。

虽然罗德里戈对瓦诺扎情深意切，但他对一夫一妻制还是退避三舍，一如他对禁欲主义的态度。他的叔叔加里斯都三世对他的丑事睁一只眼闭一只眼，但在加里斯都三世1458年去世以后，下任教皇庇护二世就觉得看不过去了。虽然庇护二世本人也在床上勤为耕种，并生了两个孩子，但他仍然为红衣主教博尔贾的行为感到震惊。

锡耶纳的女人聚集在乔万尼·迪·比齐斯（Giovanni di Bichis）的花园里。她们简直是人间放荡的极品，而你则忘了自己的身份与地位，和她们从下午一直厮混到晚上。像你这般年岁的神职人员应该时刻把自己的尊严和职责铭记在心。我还听说那天艳舞不断，浪语声声，而你对这一切则相当驾轻就熟。提到这些事情都让我觉得羞耻，不但因为这种行为本身性质恶劣，而且它和你的地位极为不相称。你为了满足自己的色欲，把那些女子的丈夫、父亲、兄弟和其他亲戚拦在了门外……整个锡耶纳城都在谈论那个荒唐之夜……我的不快已经无法用语言形容……红衣主教

提起教皇亚历山大六世的腐化生活，那是罗马街头人人皆知的。他们称该教皇身材魁梧，浓黑的眉毛、鼓鼓的眼睛、肥厚的嘴唇，微微隆起的长鼻子，仿佛用刀切削过的，向里缩了进去的短下巴，使他从侧面来看，活像一头公绵羊。

博尔贾的财产除了可以为自己搞到教皇的职位之外还绰绰有余。虽然教皇不再由罗马的望族或天主教国家的君主们提拔上任了，但选举教皇的主教们会收取大量贿赂。在1484年西克斯特四世去世以后举行的教皇选举会议上，博尔贾败给了著名的巫师杀手英诺森八世。然而，1492年英诺森八世作古以后，博尔贾卷土重来，这次他说什么也不想再和皇位擦肩而过了。结果这次参选差点儿让他破产。

竞争十分激烈，但博尔贾财大气粗。他曾吹牛说他家的金子能堆满整个西斯廷教堂。虽然他是个不讨人喜欢的外国佬（博尔贾和他的叔叔卡利斯图斯三世都是西班牙人），但是他开出的价格却让不少冷酷的罗马主教们感觉良好。

可是他也碰上了一个十分顽固的对手。红衣主教阿斯卡利奥·斯福尔扎（Ascario Sforza）同样家财万贯，而且他来自米兰公国的统治家族（斯福尔扎家族），所以他的靠山更硬。博尔贾把斯福尔扎叫到一旁，直白地问他需要多少钱才愿意退出。斯福尔扎最后同意在教廷担任副大法官，并接受一笔巨款。第二天，满载金条的骡子队一路向斯福尔扎的豪宅进发。博尔贾还需要一张选票，不过这一张他也从威尼斯主教手中买到了。虽然威尼斯主教拿的钱和博尔贾付给别人的比起来不过是个零头，但对那个96岁的老主教来说，他这辈子也没几天可以享乐了，所以他也挺知足。

选举如期进行，罗德里戈·博尔贾不出所料地获得了胜利。新当选的教皇亚历山大六世无法抑制内心的喜悦，他在法衣加身的时候激动地喊着：“我是教皇啦！我是教皇啦！”乔瓦尼·德·美第奇（Giovanni di Medici）（后来的教皇利奥十世）曾评论道：“我们被世界上最野蛮的恶狼抓住了，我们或者逃跑，或者被他生吞活剥。”

亚历山大六世举行过奢华荒淫的加冕仪式之后，便开始在新职位上施展拳脚。他把长期厮守的情妇瓦诺莎·卡塔内换成了更年轻、更水灵的茱莉娅·法尔内塞（Giulia Farnese）。那姑娘16岁，而教皇已经是奔60的人了。罗马百姓们立刻给吉茱莉娅起了“教皇的婊子”和“基督的新娘”之类的绰号，但是她的地位为她积累了一定的势力，让她哥哥谋了个薪水颇丰的主教职位，她的哥哥后来成了教皇保罗三世。

要想在教廷里任职就得大花血本，亚历山大六世利用任命新主教的方式攫取钱财。据说一旦对方付了钱，教皇就会使用“博尔贾毒药”把他毒死，好空出位子再让别人购买（亚历山大六世的儿子切萨雷·博尔贾是个例外，他一分没花就当上了主教）。在1502年4月21日，一位名叫费拉里的红衣主教突然去世了，这使亚历山大六世家族得到了50万杜卡特。次年4月，死神又突然带走了红衣主教米基耶基，教皇的人马冲进了他的庭院抢夺他约15万杜卡特的财产时，死者的身体还未僵冷呢。谋杀案与教皇及其儿子凯撒有关。

教皇什么事情都干得出来，其为人还可以从他对女儿的婚姻的态度中看出。他有一个最宠爱的女儿，名卢克雷齐娅。为了侵占某世俗公爵的领地，教皇采用联姻的办法，等时机成熟就设法兼并，如遭到反抗就采用谋害手段解决，然后把他的女儿转嫁另一个猎取的目标。这位女儿为此订过2次婚，结过3次婚。

教皇亚历山大六世出身于西班牙著名的博尔贾家族，他的伯父阿方索·德·博尔贾（Alfonso Borgia 1378-1458）于1455年当选为教皇加里斯都三世（1455-1458年在位），于是倚仗其伯父的地位，他得到了意大利几处富庶的封地。1457年，他在罗马教廷掌管财政，深知教廷中出售一个大主教或红衣主教职位能获得巨额款项。这与后来出现的“博尔贾毒药”（Cantarella，译“坎特雷拉”）直接相关。

“博尔贾毒药”就是教皇亚历山大六世利用设宴之机把毒药放在客人的酒中，毒死对方。这是该教皇的一种计谋，为了把教廷一些红衣主教的财产攫为己有，为了出售空出的教职而大发其财，为了把各公爵最富有的教堂和他们的财产依法转归己有，所有这一切，目的都在于满足自己奢侈的生活和放荡淫逸的纵欲，以及醉心于教皇国的军事扩张。

讽刺的是，亚历山大六世本人也是被毒死的，那很可能是他想毒杀别人的时候失手了。1503年，73岁的教皇离奇地死去，他的助手约翰·伯查德生动地记下了当时的情景。

“教皇在床上来回翻腾，吞咽困难，他的脸涨成了桑葚的颜色，周身的皮肤开始脱落，肚子上的脂肪化成了水，肠子涌了出来。亚历山大六世挣扎了好几个钟头才断气，但他需要面对的羞辱才刚开始。就在他乌黑的尸体开始流汤儿的时候，他的舌头突然肿大起来，并把嘴顶开了。”

据伯查德回忆，他的嘴就像炉子上的水壶一样冒着白沫。他的尸体像气吹的一样鼓了起来，宽度很快就和长度一样了。最后，它爆裂了，每一个孔洞都散发出硫磺一般的恶臭。威尼斯大使写道：“那是人们见过的最丑陋、最怪异、最恐怖的尸体了，怎么看怎么不像人。”这番话同样可以用来形容亟待改革的罗马教廷。

对于他的死因，史家有两种说法。一种是传统说法，认为是教皇不慎饮下为客人准备的毒酒，送了性命。这种说法主要是由反对教皇权力的史学家提出的。另一种意见认为教皇死于暴病，此说以近代德国教皇史学家巴斯托尔为代表。

巴斯托尔在其《教皇史》第四卷中写道：1503年8月6日，教皇亚历山大六世偕同他的大儿子凯撒在一位红衣主教的别墅中设宴，他们与别墅的主人开怀畅饮，这时在罗马城的居民中正流行着瘟疫。教皇在正午12时突然倒在床上，不省人事，整个下午未苏醒过来，傍晚断了气，其尸体迅速腐烂，呈现肿胀，以致使他的家族怀疑他中毒致死。

巴斯托尔接着写道：后来罗马街头流传他错饮了一杯原为这位红衣主教准备的毒酒，应该说，害死教皇亚历山大六世的是一种“毒品”，但这种毒品不是别的，是罗马瘟疫的“毒菌”。这里，巴斯托尔承认教皇具有中毒的现象：全身浮肿，尸体迅速腐烂。

地理大发现时，哥伦布和达·伽马的地理发现提出了关于新发现地区的主权归属问题。早在1454年，教皇尼古拉五世就颁布一道敕书，把葡萄牙人在非洲海岸发现的领土送给葡萄牙人。当哥伦布在第一次探险中发现美洲后回到西班牙时（当时他相信他所到达的地方就是印度），西班牙宫廷害怕葡萄牙和它争夺这个新发现的“印度”，便要求教皇亚历山大六世承认西班牙对于这块土地的主权。

为缓和西班牙和葡萄牙日益尖锐的矛盾，1494年6月7日，由教皇亚历山大六世仲裁，两国在西班牙卡斯蒂利亚的托尔德西里亚斯小镇签订了的一份瓜分新世界的协议，称托尔德西里亚斯条约（Treaty of Tordesillas）。协议规定两国将共同垄断欧洲之外的世界，并特别将位于佛得角群岛以西300里格(约合1770公里或1100英里)，大约位于西经46°37'的南北经线，为两国的势力分界线：分界线以西归西班牙，以东归葡萄牙。西、葡两国分别于该年的7月2日和9月5日批准了该条约。这条分割线，也被称为教皇子午线。

1500年葡萄牙探险家佩德罗·卡布拉尔意外越过子午线，并发现了巴西。1512年葡萄牙在太平洋发现了极有经济价值的香料群岛摩鹿加。这引起了西班牙的垂涎。1521年环球航行的西班牙探险家麦哲伦，也在摩鹿加登陆。西班牙与葡萄牙在这里遭遇。葡西两国从1523年开始谈判，至1529年达成萨拉戈萨条约（Treaty of Saragossa），修订势力范围界线，并明确这一分割线在太平洋上的位置。太平洋分界线划在摩鹿加群岛以东，西班牙退出摩鹿加群岛，葡萄牙为此赔偿西班牙35万金Ducat。而太平洋分界线以西的菲律宾则继续被西班牙统治。

哥白尼在1506～1515年间已经写成“太阳中心学说”的提纲——《试论天体运行的假设》，可是《运行》一书却直到1543年他临终时才出版。他在《运行》一书的“序言”里提到这种情况时说：“在漫长的岁月里，我曾经迟疑不决。”

哥白尼对于这本著作的出版，为什么要“迟疑不决”呢？原因就在于他害怕教会对这一新兴科学理论的迫害。

早在哥白尼旅居意大利的时候，教皇亚历山大六世就重新颂布“圣谕”，禁止印行未经教会审查的书籍，可疑的书籍一律焚毁。

在育碧软件开发的动作游戏《刺客信条2》中，亚历山大六世是游戏中最大的反派角色。