除大量装备欧式枪炮的步兵与海军，还有用波斯战马武装的骑兵和训练有素的战象部队。他还用直属官员压制地方贵族，从而确保军中从不缺乏足够的动员能力。此外，还将首要的战略目标放在马六甲周边，先后攻克了柔佛素丹国等土著王国。志得意满之余，更是不忘以亚历山大大帝自居。巧的是，其名字伊斯坎达本身，就是亚历山大在波斯以东的发音。

然而，只要马六甲城没有征服，亚齐的马来大帝国就永远无法完成构建。虽然从理论上来说，他们已经完全可以将贸易线路转移到周边港口。但葡萄牙大帆船的实力和马来半岛土著的抵制，都让封锁变得极不可行。加上曾发生过整个舰队不敌1艘欧式大帆船的丑事（亚齐海战），更让苏丹下定了夺取马六甲的决心。当盎格鲁-波斯联军占领霍尔木兹岛（霍尔木兹围攻战）的消息传到南洋，伊斯坎达也开始准备自己的下一步伟业。

1628年，抵达城市北部的登陆舰队，在停泊的兰加特河口遭到葡萄牙小型战舰突袭。最后在混乱中大败而归。促使亚齐人准备在来年发起规模更为浩大的攻坚作战。

1629年5月，重整旗鼓的亚齐军队，开始横渡眼前的马六甲海峡。由于担心自己因长期不在国内而遭到反叛，伊斯坎达在最后时刻决定不亲自领兵出征。他交给大将兰卡曼的部队据称包括19400名海陆军士兵，还有一支多达236艘船组成的庞大舰队，但这个数据其实颇有夸大，亚齐人的陆军战兵也只有3000余人。

这年7月，亚齐军队开始在马来亚半岛登陆，并同时从海上封锁了马六甲港。此时，城中的葡萄牙守备队仅有260名士兵，且没有足够的战船突破封锁。通过武装120名欧洲定居者和400名本地天主教徒，才勉强凑出能坚守城池的陆战部队。要塞指挥官平托，在最后时刻派出1艘加利奥特快船突围，赶往果阿向印度总督求援。但由于处在不适合航海的季节，求救信在抵达次大陆东岸后，被迫走陆路继续传递。因此，在之后的2个月内，整个马六甲城都需要靠自己孤军奋战。

不过，兰卡曼也有自己的担忧。他非常害怕舰队突然遭遇来自印度的增援部队袭击，所以选择在城市以南的较远区域扎营。他们发现那里的杜勇河，已经因泥沙堆积而变得难以轻松出入。于是认定这是一个安全的防御阵地，并将大部分人马都部署在河道两岸。通过拆卸部分船只，构筑起庞大的防御工事，并以登陆部队向着西北面的马六甲城推进。一路上，他们必须在丛林中披荆斩棘，从而无法让全部士兵同步抵达目标所在位置。

半途中，亚齐人遭到梅洛队长指挥的200名葡萄牙步兵拦截，并在对方的预设阵地前损失了300多兵力。但随着越来越多的亚齐部队跟上，守军也就只能选择后退。

此后，葡萄牙士兵以马六甲城市外围的教堂作为据点，与追击而来的亚齐人展开第二场较量。双方都在阵地上构筑栅栏，并以火炮相互轰击。守军依然在初期占据优势，但进攻方的不断增援还是让他们感到力不从心。最终，他们在8月4日放火焚毁阵地，并带着全部装备退入马六甲城要塞。兰卡曼则将这座教堂的废墟作为指挥部，有条不紊地策动大军封堵城市。更多船只被拆卸成木板，用于建造围城所需的胸墙。各类火炮被逐步搬上炮位射击。

与此同时，要塞指挥官平托派出部分小艇出城，在夜里偷偷为守军输入口粮补给。尽管有19艘被先后抓获，但余下的幸存者还是帮守军渡过难关。更让人意想不到的是，原本处于中立位置的彭亨（柔佛素丹国的封国），在这个时候出手相助。虽然柔佛素丹国也曾数次兵临马六甲城下，却不愿意看到更为可怕的亚齐人得势。于是就出动60多艘大小船只进入海峡，使得兰卡曼的舰队不再有能力从水面保持封锁。

虽然有人建议立刻集中兵力进行海战，但他却不愿意因此舍弃陆上包围圈。当发现马来亚军队不敢与其正面冲突，更是决心维持现状到葡萄牙人投降为止。但他并不清楚，位于果阿的葡萄牙总督已下令对城市进行全面增援。大量分散在印度和锡兰海岸的巡逻船队，正分头朝着马六甲海峡急速开来。

1629年9月30日，首批援军从印度赶到马六甲城下。然而，由于只是5艘小型的福斯塔桨帆船和100名风餐露宿的士兵，所以被亚齐方面所轻视。兰卡曼更是判定，这是对手仅能获得的全部支援力量。但在之后的1个月内，又有至少4艘中型的加利奥特快船和超过10艘福斯特小型战舰抵达战场。当整支舰队出现于海峡中部，亚齐军队被迫从围攻阵地后撤，退往杜勇河畔的老营地据守。城内的守军则以炮击和教堂的钟声为其送行。

此后，战争的天秤已完全倒向联军一边。依靠彭亨的马来亚军队帮助，葡萄牙人得以将全部船只开到杜勇河外，对亚齐军队施行反包围。由于河口的泥沙淤积从未得到解决，困在其中的大船就只能在涨潮时进入大海。但葡萄牙人却找来1艘满载石块和泥土的旧船，故意凿沉在出海口位置，并在周围插上大量木桩。这让亚齐舰队更加难以摆脱封锁。只能在河道两边继续加固防御工事，以防对手从侧翼登陆后实施钳形攻势。

不过，海上的葡萄牙舰队却完全没有这个意思。相反，他们继续从马六甲城找来小型驳船，用加装在上面的大口径火炮轰击杜勇河，对停泊在原地的亚齐战舰造成巨大杀伤。到10月底，兰卡曼已向对方表达了休兵讲和意愿。只是由于觉得条件过于苛刻，才让可怕的战争被继续进行下去。

1629年11月8日，亚齐军队尝试进行自己的最后一搏。海军司令马拉贾调用1艘大型加莱赛战舰，用更多火炮和700名士兵加以武装，准备趁着涨潮突破河口封锁。然而，由于航道过于狭窄和大量葡萄牙小船的堵截，这次突围很快失败。亚齐舰队的最强船只，也被火炮打断了桅杆，在熊熊烈焰中举起白旗。尽管他们在稍后仍旧拒绝投降，但海军司令自己也因为受伤或患病而死在营地内。

经历了数月激战，亚齐人已经损失惨重。相反，更多马来亚战舰还在源源不断的从彭亨赶来围堵他们。就连远在泰国南部的北大年苏丹国，都出兵跑来落井下石。

失去信心的兰卡曼，只能让部下在12月3日发射完手里的全部炮弹，然后开始秘密向内陆地方撤退。利用夜幕的掩护，终于在12月9日离开杜勇河两岸，硬着头皮跑去向内陆的彭亨苏丹投降，后被移交给葡军。至此，这场持续近半年的大战才宣告结束。

由于杜勇河战役的胜利，葡属马六甲城得以再坚持二十多年时间。原本期望建立马来大帝国的亚齐，也因一蹶不振而陷入漫长的低谷。

以暴虐和武功著称的伊斯坎达苏丹，在1636年病死，他的继任者也对继续进攻马六甲丧失了兴趣。当荷兰人在1640年代向其发出邀请，就被后者干脆地予以回绝。而那些当初反对他们的马来亚人，却会在关键时刻帮助东印度公司获得大胜。在南洋地区完全得势的荷兰人，也终将把战火烧到亚齐本土。