在东汉末年中原大乱时，交州在士燮的统治下，成为相对而言和平安定的地区，包括广东、广西及越南北部。许多中原人士移入当地，如许靖、袁沛、邓子孝、徐元贤、张子云、许慈、刘巴、刘熙、程秉、薛琮、袁忠、桓邵等。这对于中原文化传入交州有很大的助益。这些交州的人才之后很多到三国各政权中位居高官。交州作为益州、荆州、扬州的南邻而被曹操、刘表、刘备、孙权等势力争夺。

东汉末，赤壁之战后逐渐形成魏、蜀、吴三国鼎立的局面。

，治龙编（今越南北宁），辖今两广及越南中北部。

210年（汉献帝建安十五年），吴国的孙权任命步骘为交州刺史，率兵抵番禺(今广州)。

211年（汉献帝建安十六年），趁刘备西征益州之际，东吴派遣大将步骘为交州刺史。交州成了东吴的势力范围。士燮将儿子收至东吴为人质，并每年贡献当地宝物以维持其政权。孙权加封其为左将军。

217年（建安二十二年），步骘把交州州治从广信东迁番禺。

西晋王范《交广春秋》曰：交州治赢娄县，元封五年移治苍梧广信县，建安十五年移治番禺县，诏书以州边远，使持节并七郡皆授鼓吹，以重威镇。

220年（汉献帝延康元年）吕岱代步骘为交州刺史。

223年刘备死后，士燮诱导益州豪姓雍闿反叛归附东吴。诸葛亮平叛继而占领南中之后派李恢领交州刺史，企图染指交州。

226年士燮去世后，吴国将南岭以南诸郡以今广西北海市合浦为界，交州辖今越南北部和两广的雷州半岛和钦州地区。以北广州，以南为交州，广州治番禺，交州治龙编（在今越南河内东）。

令吕岱、戴良分别为广州、交州刺史，士燮的儿子士徽为九真太守。士徽不服反叛，吕岱带兵攻入交州、九真，之后重新把广州和交州合并。

263年，蜀汉灭亡之后，次年（魏元帝咸熙元年）交州吕兴等造反，试图得到曹魏的支持，但被很快镇压。西晋继承曹魏之后，通过益州、南中派杨稷等领兵到交州，大破吴军。东吴大都督薛珝、苍梧太守陶磺等率兵击败西晋，重新掌握交州。

264年（吴景帝永安七年），东吴为便于治理，又把南海、苍梧、郁林、高梁4个郡（今两广大部）从交州划出，另设广州，州治番禺，交州治桂州。东吴时期，今广东省境除广州辖下的4郡外，还包括荆州始兴郡和海南岛。

280年晋朝统一中国，交州官吏陶磺等降晋。之后交州依附于南朝各朝代。542年龙兴（今越南太平省）人李贲叛乱。544年建国号为“万春”，即越南前李朝。次年，梁朝大将陈霸先将起义镇压。之后陈霸先班师回朝篡位，建立陈朝。西晋时，今广东省腹地属当时的广州，粤北属荆州，雷州半岛和海南岛属交州。晋代岭南移民被称之为“流人”，北方士族和黎民百姓纷纷迁徙东南沿海。

571年李贲的哥哥李天宝手下李佛子占领交州。后来因李佛子不愿去朝觐隋朝被隋朝军队几百人俘虏，押解回朝。交州归隋朝统治。

唐初地方设州、县。岭南45州分属广州、桂州、容州、邕州、安南5个都督府（又称岭南五管）。655年（高宗永徽六年）以后，五府皆隶于广州，长官称为五府（管）经略使，由广州刺史兼任。756年（肃宗至德元年），升五府经略使为岭南节度使。862年（懿宗咸通三年），岭南道划分为东、西道，东道治广州，广东属岭南东道，这是广东省名中“东”字的由来，也是两广分为东西的开始。

五代十国时期，岭南为南汉王朝（公元917年至971年）统治，行政区划基本上继承唐朝建制。

南汉升广州为兴王府，在州县稀疏的粤东和粤北，增置1府4州。南汉后期，全境共辖60州、214县。

交州或交趾的名称在此之后又出现了几次。后唐覆灭，刘岩统治南汉国时期，南汉于930年将安南收归为南汉领土。刘岩是个非常迷信的皇帝，他非常经常算卦，根据《周易》里的“飞龙在天”，自己造了个字-龑，上龙下天，定发音为岩，以此为自己的名字。公元937年，南汉的交州发生兵变，越南本地贵族吴权叛乱占据交州自立为节度使。后来，刘龑封儿子刘洪操为交王领兵攻打，结果刘洪操不敌阵亡。刘龑认为“不祥”，便放弃了收复交州，为日后的安南独立留下了隐患。939年当地军人吴权起兵，击败中国五代十国时期比较弱小的南汉军队。968年新兴势力领袖丁部领建立“大瞿越国”，两年后自称皇帝并使用年号，取得事实上的独立。

宋代在岭南先设置广南路，太宗末，分广南路为广南东路 和广南西路，这是广东、广西名称之来历。广南东路治所在广州，有14州；广南西路治所在桂林，有7州。广南东西之划分，以西江流域的封州之间梧州为界，贺 江、云开大山以东属于广东、以西属于广西，从此基本奠定今两广的分界线。宋以后，越南北部分离出去。北宋灭亡和南宋末年，两度形成士族豪门、平民百姓和抗元将士南逃，两宋时期的移民潮从规模上远远超出了两晋。

元朝，将原广南东路 辖区归江西行省管辖；原广南西路划归湖广行省管辖，今海南省和广东省雷州半岛，都归湖广行省统辖。这种局面的出现主要是由于元代通岭南的主要交通线，是沿 赣水和湘水分东西两路而下。自赣水逾大庾岭，进入北江流域，连接的地区多在广南东路范围内；沿湘水上溯，经全州、灵渠、桂州（今桂林），进入西江的支流漓 水，便于联系的地区是原广南西路的范围。

明朝朱元璋开国之际，陆续分兵平定广西、广东。直到此时，明朝又将岭南两广与江西、湖广分开。而这个时期，由于广西壮、黎、瑶三个民族反明起义猛烈，朱元璋 采用分而治之的办法，把黎族聚居的海南，广西的门户钦、廉地区划归广东，以便加强控制。这个地缘政治格局一直延续到新中国成立后。1952年1月起，钦廉地区正式划归广西，改为钦州专区。1988年，海南独立建省。

距今约12.9万年以前，岭南出现了早期古人（马坝人）。商与西周时代，便与中原商、周王朝有了经济文化往来。春秋战国时代，岭南与吴、越、楚国关系密切，交往频繁。历史上楚庭、南武城的传说，反映出这一时期岭南与楚、越的关系。《国语楚语上》也有“抚征南海”的记载，可见当时岭南与楚国有军事、政治关系。交州属于岭南地区，西汉设交趾郡，其中设在苍梧郡广信县（今封开）的交趾部，专门负责纠核岭南九郡。东汉末，交趾部改为交州，210年（汉献帝建安十五年），吴国步骘为交州刺史，217年，步骘把交州州治从广信东迁番禺。264年，东吴为便于治理，又把南海、苍梧、郁林、高梁4个郡（今两广大部）从交州划出，另设广州，西晋时，今广东省腹地属当时的广州，粤北属荆州，雷州半岛和海南岛属交州。唐初地方设州、县。岭南45州分属广州、桂州、容州、邕州、安南5个都督府（又称岭南五管）。655年以后，五府皆隶于广州，长官称为五府（管）经略使，由广州刺史兼任。756年（肃宗至德六年），升五府经略使为岭南节度使。862年（懿宗咸通三年），岭南道划分为东、西道，东道治广州，也是两广分为东西的开始，五代十国时期，岭南为南汉王刘氏占据，行政区划基本上继承唐朝的建制。宋代地方行政制度分路、州（府、军）、县三级。997年（宋太宗至道三年），广南路分为广南东路和广南西路，东路治所在广州，西路治所在桂州。