其作用是将UQH2的电子经FP传给O2生成H2O。其P/O为1。该酶不为氰化物等所抑制，易被所水杨基羟肟酸（水杨羟肟酸）抑制。交替氧化酶的分子量为27×10^3～37×10^3，是一种双铁羧基蛋白(di-iron carboxylate protein)，Fe2+是其活性中心的金属。它不仅具有其它双铁羧基蛋白共有的结构特点以及去除分子氧的功能，更重要的是它还可以通过改变自身结构等方式来主动调节抗氰呼吸途径的运行程度，进而调节细胞多方面的代谢和功能，以适应环境条件的改变，增强植物适应各种逆境的能力，调节植物生长速率，并与细胞凋亡和光合作用相关。