更新时间：2024-04-02 12:03
交通运输部水运科学研究院成立于1956年，是综合性水路交通运输科研机构。
1956年6月，交通部部务会议决定成立水运科学研究院筹备处，办公地点定于北京市交道口南大街交通部大楼后附楼（北兵马司一号）。
1957年，交通部水运科学研究院船型和船舶动力、船舶驾驶两专业迁往上海，港工专业迁往南京，办公地点迁至北京东四前炒面胡同33号。
1958年，交通部水运科学研究院更名为交通部水运科学研究所。
1959年3月，交通部水运科学研究所办公地点迁至国子监特54号。
1960年，交通部水运科学研究所与公路研究所合并成立交通部科学研究院，办公地点迁至学院东路5号院内北楼和东楼。
1972年，交通部科学研究院与铁道部科学研究院合并成立大交研员，办公地点迁至西直门外大柳树北原铁道部科学研究院内。
1980年12月，主体办公地点迁回西土城路8号院临时建筑木板房内。
1981年，交通部水运科学研究所从交通部科学研究院分离，独立为局级单位。
1983年，交通部批准设立经济管理研究室等12个科室，定员400人。
1985年，交通部批准设立交通部环境监测总站。
1986年，交通部批准设立18个单位科室，定员450人。
1987年，交通部同意将北京交通管理干部培训学院在大兴县安定镇原址的土地和设施划归交通部水运科学研究所，用于建设试验场。7月，搬入西土城路8号院新建科研楼部分楼层。
1993年，交通部批准设立20个科室和3个直属单位，定员535人。
1996年，交通部决定将交通部环境监测总站从水运所划出，成立交通部环境保护中心。
2005年，水运所更名为交通部水运科学研究院。
2009年，交通部水运科学研究院更名为交通运输部水运科学研究院
2010年1月，研究院自建的科研楼扩建工程竣工，原科研大楼进行改造，8月，科研楼改造工程竣工。
2011年，交通运输部批准设立7个内设机构和14个院属机构，定员490人。
2015年，交通安全质量管理体系审核中心、交通运输部环境保护中心和中国海事服务中心由部海事局管理成建制调整为交通运输部水运科学研究院管理。
据2017年12月研究院官网显示，全院在职职工1022人，院本部408名编制内职工中，科研人员372人，占91%；硕士以上学历281人，占69%；副研究员和高级工程师以上179人，占44%；拥有一批行业知名专家，其中部长决策咨询组成员1人，部专家委员会委员2人，国家有突出贡献的中青年专家1人，新世纪百千万人才工程国家级人选3人，交通运输部“十百千人才工程”第一层次人选4人，交通运输部青年科技英才10人，享受国务院政府特殊津贴47人次，入选国家和部级专家库153人次。
国家有突出贡献的中青年专家：苏国萃
国务院特殊政府津贴专家：李扬、乔冰、彭传圣、苏国萃、史世武、张鹭
交通部新世纪十百千人才第一层次人选：李扬、贾大山、乔冰
全国优秀科技工作者：贾大山
全国杰出专业技术人才：贾大山
据2017年12月研究院官网显示，研究院设有7个机关职能部门、7个院属支持机构、3个院管单位、13个院属企业、5个专门工作机构、挂靠8个学术组织。
办公室、党群办公室、人事处、财务处、科研处、开发处、发展建设处
信息中心、交流培训中心、博士后科研工作站、《水运科技》编辑部、后勤服务中心、试验工厂、实验基地管理中心
交通安全质量管理体系审核中心、交通运输部环境保护中心、中国海事服务中心
院管企业：中交网科技有限公司、水科运达交通科技开发有限公司、水科远大交通设计院有限公司、北京交运安全卫生技术咨询中心
部门代管企业：北京运达交通技术开发公司、北京准星工程监理有限责任公司、北京宏联工程机械制造中心、北京水运利泽技贸公司、水运所大兴劳动服务公司、北京市越洋航运技术开发公司、北京奥特康机电工程技术中心、北京市海陆信息工程公司、华洋海事中心
专门工作机构：交通运输部水运安全评审中心、交通运输部港口设施保安研究资讯中心、内河船型标准化工作领导小组办公室秘书处、交通运输部港口设施保安工作组秘书处、亚太港口服务组织秘书处
非独立法人：港口劳动安全卫生工程试验检测中心、港口机械质量检测中心、水运行业能源检测中心
学术组织：全国起重机械标准化技术委员会臂架起重机分委会、全国集装箱标准化技术委员会、全国港口标准化技术委员会、中国航海学会船舶防污染专业委员会、中国航海学会集装箱运输专业委员会、中国海航学会危险品运输专业委员会、中国工程建设标准化协会水运专业委员会、郑和研究会
据2017年12月研究院官网显示，研究院是亚太港口服务组织（APSN）秘书长单位、国际内河电子航道图标准协调组副主席单位，依托这些国际组织平台，举办了多次国际研讨会，承担了多个国际合作项目；持续参与中日韩、中美、中德、中加、东北亚等交通运输双边多边合作机制；与马士基集团、美国贸易发展署、韩国水产研究院等多个国际知名机构签订了合作协议或备忘录。
据2017年12月研究院官网显示，研究院建立了水运经济形势分析预测平台、内河航道网运行监测平台、溢油及危化品事故应急决策技术支持平台三个平台，设有2个交通运输行业重点实验室、5个院级实验室、10个院级研究中心。
交通运输行业重点实验室：港口物流装备与控制工工程交通运输行业重点实验室、集装箱运输智能化交通运输行业重点实验室
院级实验室：水运安全与应急技术重点实验室、水运职业健康 技术重点实验室、交通节能环保技术重点实验室、智能航运重点实验室、海上溢油应急处置重点实验室
院级研究中心：经济政策与发展战略研究中心、法律研究中心、安全和应急技术研究中心、环境保护与节能技术研究中心、电气与信息通讯技术研究中心、港口工艺与装备技术研究中心、水运工程技术研究中心、船舶运输技术研究中心、物流工程技术研究中心、航海保障技术研究中心
据2017年12月研究院官网显示，交通运输部水运科学研究院共完成各类科研项目7000余项，获国家级科技奖励27项，省部级科技奖励269项，专利178项，软件著作权62项。研究院规划了中国第一条国际集装箱运输航线，设计了中国第一套集装箱码头管理信息系统，研发了中国第一只国际集装箱和第一台岸边集装箱装卸桥等。
据2017年12月研究院官网显示，研究院资产总额19.4亿元，其中流动资产10.6亿元；在大兴拥有一座占地208亩的大型综合性实验基地。
据2017年12月研究院官网显示，研究院创立出版《水运科技》、《水运科学研究》、《集装箱运输》、《船舶防污染》等内部刊物，按期向行业提供《水路交通决策参考》。
据2017年12月中国知网显示，《水运科学研究》是由中华人民共和国交通运输部主管，交通部水运科学研究院主办的内部学术期刊，被CNKI中国期刊全文数据库网络出版，已停刊。
据2017年12月研究院官网显示，研究院拥有工程咨询资质甲级资格证书、工程设计资质甲级资质证书、建设项目环境影响评价甲级资质证书、安全评价机构资质甲级资质证书、安全生产标准化证书港口运营一级资质证书、安全生产标准化证书水路运输一级资质证书、交通建设工程监理企业水运机电工程专项证书、检测中心计量认证证书、港口机械专项工程试验检测机构证书、通信建设工程企业安全生产合格证、质量管理体系证书等资质证书。
研究院标识是一个由船锚演变的的艺术图案。
愿景：建设中国交通运输行业的高端智库和世界一流的交通科研院所