亨利·艾林1901年出生于墨西哥奇瓦瓦州小镇科洛尼亚华雷斯的一个牧场并在那里度过了他11年的童年。1912年7月，艾林全家因墨西哥革命中的骚乱而随其他4200余人一起迁移到美国得克萨斯州艾尔帕索，一年后艾林家又搬迁到亚利桑那州的皮玛。在皮玛，艾林完成了自己的高中学业，在校期间表现出了他在数学和自然科学方面的天赋。

1919年，艾林获得亚利桑那州奖学金就读亚利桑那大学，1923年获得矿业工程、冶金学及化学学士学位，次年获得硕士学位。随后他又就读柏克莱加州大学并获得化学博士学位。1927年毕业后即受聘于威斯康星大学麦迪逊分校，1931年到普林斯顿大学任讲师。1946年，艾林转任犹他大学研究生院院长至1967年，犹他大学化学系系馆就是以亨利·艾林的名字命名的。