亨利埃塔·玛丽亚从未完全融入英国社会，她结婚前不会说英语，迟至十七世纪四十年代，写或讲英语对她来说还有困难。这一点，再加上她是个天主教徒，使她在当时的英国社会中被视为异类和潜在危险，英国民众害怕天主教徒会颠覆政府和实施类似火药密谋案这样的恐怖行为，导致她成为一个不得人心的王后。在十七世纪三十年代期间，亨利埃塔·玛丽亚被诟病是个“从本质上讲不关心政治、受教育程度低且轻浮”的人；另一些人则指出，亨利埃塔·玛丽亚通过将她的虔诚、女性气质和艺术赞助结合起来发挥了一定程度的个人力量。

亨利埃塔·玛丽亚笃信天主教，这对她的王后生涯影响巨大，尤其是她结婚后的最初几年。查理喜欢把亨利埃塔·玛丽亚简单地称为“玛丽亚”，英国人则称她为“玛丽王后”，暗指查尔斯的天主教祖母苏格兰女王玛丽·斯图亚特。亨利埃塔·玛丽亚毫不掩饰她的天主教信仰，到了“明目张胆”且“毫无歉意”的地步。亨利埃塔·玛丽亚阻挠了把所有天主教家庭的长子强行送进教养院，以把他们培养成新教徒的计划，她还支持天主教婚姻，根据英国当时的法律这属于刑事犯罪行为。1626年7月，亨利埃塔·玛丽亚停下来为在绞刑架上死去的天主教徒祈祷，此举引起了巨大的争议——在十七世纪二十年代期间天主教徒在英国依旧要被处决，但亨利埃塔·玛丽亚却对她的信仰抱有强烈的情感。在适当的时候，当亨利埃塔·玛丽亚的外甥鲁普雷希特王子在英国逗留期间，她还曾试图让这位加尔文教徒改变信仰，但未成功。

亨利埃塔·玛丽亚从法国带来了一大批高价随从，他们全部都是天主教徒，主要有她的首席女侍兼心腹朋友让娜·德·阿尔莱。查理把他婚姻开始时的不幸归咎于这个法国随从，他最终于1626年6月26日把他们解雇。亨利埃塔·玛丽亚极为难过，起初，包括门德斯主教在内的一些人以法国国王的命令为由拒绝离开。最后，查理不得不调度武装警卫将他们驱逐出宫。查理之所以驱逐法国随从很大程度上是为了控制亨利埃塔·玛丽亚的开支。起初，亨利埃塔·玛丽亚以一种惊人的速度消费，导致数年后仍在偿还的债务。她的新任首席财务主管是让·卡耶，后由乔治·卡鲁接替，1629年，理查德·温又接管了这份工作。即使在王后的宫室重组后，开销依旧居高不下，虽有国王的礼物，亨利埃塔·玛丽亚不得不在1627年偷偷借钱，王后的账目显示，在战争爆发前几年，有大量昂贵的礼裙被购买。在接下来的几年里，新宫室逐渐在王后的周围形成。亨利·杰明成为了王后的宠臣，并于1628年被任命为副宫务大臣。登比伯爵夫人苏珊·费尔丁成为了王后的首席宫廷女侍和知己。亨利埃塔·玛丽亚得到了几个宫廷侏儒，包括杰弗里·哈德森和“小萨拉”。

亨利埃塔·玛丽亚和查理的婚姻并不融洽，在查理解雇了她的法国随从后也没有得到改善。起初，两人关系冷淡且好争吵，亨利埃塔·玛丽亚马上就开始不喜欢查理的宠臣白金汉公爵。露西·海是亨利埃塔·玛丽亚结婚初期最亲近的伙伴之一。露西的丈夫詹姆斯·海曾是詹姆斯国王的宠臣，如今，詹姆斯·海成为了查理国王的侍寝官。露西是一个虔诚的新教徒，她既是个著名的美女，也是个具有坚强个性的人。许多同时代的人认为露西是白金汉公爵的情妇，亨丽埃塔·玛丽亚已经觉察到了这个传言，并且，有人认为露西试图通过控制新王后为白金汉公爵谋利。虽然如此，到1628年夏天，露西是王后的侍女之一，两人还是非常亲密的朋友。

1628年8月，白金汉公爵被暗杀，亨利埃塔·玛丽亚和丈夫的关系迅速得到改善。亨利埃塔·玛丽亚于1628年首次怀孕，她在分娩时遭遇难产，这个孩子也在出生后不久夭折。1630年，未来的英国国王查理二世顺利出生。事到如今，亨利埃塔·玛丽亚实际上已经取代白金汉公爵成为了国王的密友兼顾问。尽管查理于1626年解雇了法国随从，但他的宫廷依旧受到法国社会的严重影响；法语被认为是一种更礼貌的语言，通常优先于英语使用。此外，查理经常给亨利埃塔·玛丽亚写信，称她为“亲爱的心肝儿”。随着与丈夫的感情逐年加深，亨利埃塔·玛丽亚于1634与露西·海断绝关系。

在十七世纪四十年代，英格兰王国、苏格兰王国和爱尔兰王国受制于一系列的冲突，即英国内战。在英格兰，冲突集中在保皇派和议会派之间。作为查理的王后，亨利埃塔·玛丽亚在这场导致其丈夫被公开处决并让她流亡法国的冲突中涉足较深。关于亨利埃塔·玛丽亚在内战时期扮演的角色和她对最终保皇派的失败应负多少责任，产生过众多流派。传统观点认为亨利埃塔·玛丽亚是个意志坚强的女性，在最糟的情况下支配着意志薄弱的丈夫。历史学家韦奇伍德强调查理越来越受亨利埃塔·玛丽亚的支配，他指出，“他在除宗教以外的每一个问题上都征求她的意见”，并确实抱怨过他无法让她成为他的政务委员会的正式成员。二十世纪七十年代的重新解释认为，亨利埃塔·玛丽亚的政治作用更加有限，这暗示国王亲自做了很多的决定。博恩总结说，尽管亨利埃塔·玛丽亚和查理有非常亲密的私人关系，但他很少听她谈论国家政治问题。

随着十七世纪三十年代落下帷幕，英国社会各派系的关系日趋紧张。在战争爆发前的最后几年，围绕宗教、社会、道德和政权的争论变得越来越明显。亨利埃塔·玛丽亚在宗教问题上观点很鲜明，到1642年，她已经成为一个“非常不受欢迎的女王，看样子她从未成功获得大多数臣民的尊重和忠诚。”亨利埃塔·玛丽亚依旧支持她的天主教徒同胞，并于1632年开始在萨默塞特府兴建一座新的天主教教堂。之前的老教堂在新教徒中就非常不受欢迎，伦敦的新教徒们也曾多次谈到要把它拆除，以表明他们的反天主教立场。亨利埃塔·玛丽亚的新教堂于1636年在一个特别隆重的仪式上揭幕，虽然外观简朴，但其内部装潢却极其精致。此事在许多新教团体中引起了极大的惊慌。亨利埃塔·玛丽亚的宗教活动似乎侧重于将17世纪欧洲的新式天主教教义带入英格兰。在某种程度上，这一招奏效了，亨利埃塔·玛丽亚的圈子中有许人改变了宗教信仰。历史学家凯文·夏普认为，到十七世纪三十年代末，英格兰的天主教徒人数可能多达30万——这些天主教徒在宫廷内肯定更加开放。

查尔斯因未能遏制大批群众高姿态地皈依天主教而受到越来越多的批评。1638年，当亨利埃塔·玛丽亚的天主教神父理查德·布朗特去世后，她甚至在自己的私人教堂内为其举行天主教安魂弥撒仪式。她也继续在整个十七世纪三十年代参演假面剧，这遭到了英国社会中清教徒派的批评。在大多数假面剧中，亨利埃塔·玛丽亚都选择了旨在发扬普世教会精神、天主教义和膜拜柏拉图式恋爱的角色。结果，英格兰新教社会对亨利埃塔·玛丽亚越来越无法容忍，对她的态度逐渐转向仇恨。1630年，苏格兰大夫亚历山大·莱顿因在小册子上批评亨利埃塔·玛丽亚而被鞭笞、打上烙印和残害，之后被终身监禁。十七世纪三十年代末，在清教徒中颇受欢迎的律师威廉·普林也因写了女演员是臭名昭著的妓女而被砍掉双耳，这显然是对亨利埃塔·玛丽亚的侮辱。伦敦社会将1641年爱尔兰叛乱归咎于亨利埃塔·玛丽亚，据信这场叛乱是由耶稣会教士精心策划，而她在公众的想象中与耶稣会有联系。

亨利埃塔·玛丽亚本人很少在伦敦出现，因为查理和她在十七世纪三十年代基本上退出了公众社会。到1641年，由约翰·皮姆领地的国会议员联盟开始向查理施加越来越大的压力，查理本人在几次战败后四面楚歌。议会派成功地逮捕并处决了国王的顾问威廉·劳德大主教和斯特拉福德伯爵托马斯·温特沃斯。随后皮姆把注意力转向了亨利埃塔·玛丽亚，以此对查理施加进一步压力。亨利埃塔·玛丽亚鼓励查理对皮姆一众采取断然措施。人们普遍认为亨利埃塔·玛丽亚鼓励查理在1642年1月逮捕他的政敌，不过还没有确凿的证据能证明这一点。但此事搞砸了，皮姆和他的同僚躲过了查理的士兵，可能是由于亨利埃塔·玛丽亚的前朋友露西·海泄密。随着反保皇主义者的强烈抵制达到高潮，亨利埃塔·玛丽亚和查理从白厅退至汉普顿宫。局势正稳步朝着全面开战的方向发展，为了保障自身安全和试图缓解社会的紧张气氛，亨利埃塔·玛丽亚于2月前往海牙。海牙也是一个主要的银行和金融中心；她打算在那里为她的丈夫筹集资金。

1642年8月，当内战最终爆发时，亨利埃塔·玛丽亚正在海牙为保皇党筹集资金，并试图说服奥兰治亲王和丹麦国王支持查理的事业。在此期间，她身体欠佳，患有牙痛、头痛、感冒和咳嗽。亨利埃塔·玛丽亚主要通过抵押御宝来获取资金，但协商过程困难重重，较大件的珠宝因太贵而不易出售，而且还要冒政治风险——许多买家都被吓退，免得将来英国议会以亨利埃塔·玛丽亚非法出售为由将御宝收回。亨利埃塔·玛丽亚最终在谈判中获得了部分成功，尤其是一些较小件的珠宝，但她被英国媒体描述为通过向外国人出售御宝为宗教冲突购买枪支，这增加了她在国内不受欢迎的程度。亨利埃塔·玛丽亚对拖拖拉拉的查理大为恼火，她催促身处约克郡的丈夫采取强硬措施并尽快确保具有战略意义的赫尔河畔金斯顿港口的安全。

1643年初，亨利埃塔·玛丽亚试图返回英国，由于遭到暴风雨的袭击，她的船只几近沉没，被迫返港。亨利埃塔·玛丽亚以行程被耽搁为由，说服荷兰人把应议会要求扣押的一船武器还给查理。她不顾占星家的预言（占星家预言会发生海难），坚持于2月底再次出海。她避开了反抗查理一世的议员派出的海军，带着军队和武器成功在约克郡的布里德灵顿登陆。一路追捕的海军舰艇随后轰炸了该镇，王室成员被迫躲到附近地区，不过，亨利埃塔·玛丽亚却在战火中返回，以寻找被职员遗忘在该地的宠物狗米特。亨利埃塔·玛丽亚在约克郡停留了一段时间，并受到了纽卡斯尔伯爵威廉·卡文迪许的款待。她利用这个机会与苏格兰保皇党商讨边境北部的局势，推动蒙特罗斯侯爵詹姆斯·格雷厄姆和其他人的起义计划。

皮姆请求亨利埃塔·玛丽亚利用她对国王的影响力促使国王缔结和平协议。但拒不妥协的亨利埃塔·玛丽亚回绝了此事，并在不久后被议会弹劾。1643年夏，亨利埃塔·玛丽亚南下前往牛津郡，并和查理在那里度过了秋天。然而，到1644年初，国王的军情开始恶化。保皇党在北方面临着巨大的压力，继3月保皇党在奥尔斯福德战役中战败后，牛津也受到了威胁。身怀有孕的亨利埃塔·玛丽亚决定安全地向西撤退到巴斯。查理和儿子们在返回牛津之前一直将亨利埃塔·玛丽亚护送至阿宾顿——这是这对夫妇最后一次见面。亨利埃塔·玛丽亚最终继续向西南方向行进，越过巴斯来到埃克塞特，她在那里停了下来，等待即将到来的分娩。

与此同时，议会派将军埃塞克斯伯爵和威廉·沃勒制定了一个计划。沃勒会继续追捕并压制国王及其军队，而埃塞克斯伯爵则会向南攻击埃克塞特，旨在俘获亨利埃塔·玛丽亚，从而获得一个有价值的筹码来对付查理。埃塞克斯伯爵的军队于6月抵达埃克塞特。亨利埃塔·玛丽亚再度遭遇难产，查理不得不冒险离开伦敦去照顾她，并亲自去向他们平日里的医生西奥多·德·梅耶恩求救。1644年6月16日，亨利埃塔·玛丽亚生下了她和查理的最后一个孩子——亨利埃塔·安妮·斯图亚特。亨利埃塔·玛丽亚认为待在埃克塞特太过危险，并于7月14日从法尔茅斯乘荷兰船只前往法国。由于旅途凶险，她把小女儿留在埃克塞特。尽管遭到议会派船只的攻击，但她还是命令船长继续航行。抵达法国布雷斯特后，亨利埃塔·玛丽亚得到了母国的保护。

到1644年底，查理的地位越来越弱，他迫切需要亨利埃塔·玛丽亚从欧洲大陆筹集更多的资金和军队。保皇党在1645年的战役中接连失利。同年，纳西比战役爆发后，亨利埃塔·玛丽亚和查理的往来书信被截获，随后又被发表，这对王室事业造成了巨大的破坏。在两次决战中（6月的纳西比战役和7月的兰波特战役），议会派有效地摧毁了查理的军队。最后，1646年5月，查理在诺丁汉郡的索斯韦尔向苏格兰长老会的军队寻求庇护。

在法国政府的支持下，亨利埃塔·玛丽亚在巴黎定居下来，并在圣日耳曼昂莱建立了保皇派流亡宫廷。在1646年期间，有消息说查理王子要到巴黎与母亲会合，亨利埃塔·玛丽亚和国王都热切地盼望着。但最初人们建议王子不要去巴黎，因为他会被描述成法国的天主教朋友，但在英国保皇派接连失利后，他最终同意在1646年7月和母亲会合。亨利埃塔·玛丽亚在法国日渐消沉，变得越来越焦虑不安，她试图说服查理在英格兰接受长老会政府，以此作为动员苏格兰支持英格兰再入侵并击败议会派的一种手段。1647年12月，当查理拒绝接受议会提出的“四项法案（Four Bills）”作为和解方案时，亨利埃塔·玛丽亚无比震惊。

然而，查理已经秘密地与苏格兰人签订了“协议”，承诺在英格兰建立长老会政府，查理自己的宫室除外。第二次内战由此爆发，尽管亨利埃塔·玛丽亚努力向查理提供一些有限的军事援助，但随着苏格兰人战败和查理被议会军俘虏，战争于1648年结束。与此同时，在法国，圣日耳曼昂莱城堡的流亡宫廷成了保皇派们的温床。亨利埃塔·玛丽亚与流亡在外的保皇派走到了一起，其中包括亨利·威尔莫特、乔治·迪格比、亨利·佩尔叙、约翰·科尔佩珀和查尔斯·杰勒德,，她的宫廷内充斥着派系冲突、较量和决斗。