人体生活于自然界，时刻与自然环境相接触。古人在长期生活和医疗实践中，逐渐认识到人与外界自然环境有着不可分割的密切关系，从而确立了“天人相应”的整体观。《素问》宝命全行论说：“天复地载，万物悉备，莫贵于人。人以天地之气生，四时之法成。”《灵枢》岁露篇说：“人与天地相参也，与日月相应也。”都说明“人与天地相参”的整体观思想，在《内经》成书时已基本形成。

人与自然的同构，是指人与天地自然有着相同或相似的结构。在此方面，《黄帝内经》受天人相应思想的影响，虽然亦有“天圆地方，人头圆足方以应之。天有日月，人有两目。地有九州，人有九窍。天有风雨，人有喜怒。天有雷电，人有音声。天有四时，人有四肢。天有五音，人有五藏。天有六律，人有六府。……天有十日，人有手十指” （《灵枢·邪客》）等论述，但《黄帝内经》主要论述的是指人与天地自然共同具有阴阳五行之结构。如《素问·金匮真言论》说；“故曰：阴中有阴，阳中有阳。平旦至日中，天之阳，阳中之阳也；日中至黄昏，天之阳，阳中之阴也；合夜至鸡鸣，天之阴，阴中之阴也；鸡鸣至平旦，天之阴，阴中之阳也。故人亦应之。”说明人体具有与自然相同的阴阳时空结构。同时，该篇又提出“五藏应四时，各有收受乎”的问题，具体阐述了人与自然具有相同的五行时空结构。正如《灵枢·通天》所说：“天地之间，六合之内，不离于五，人亦应之，非徒一阴一阳而已也。”因此，人与自然界万物以阴阳五行之同构为中介而相通相应，五脏的阴阳属性反映了五时之气的盛衰消长，由此构成“四时五脏阴阳”的理论。