过了一年多，到光绪三十四年（一九○八年），是年秋季，杨仁山居士在南京创办只洹精舍，对外招生。求知若渴的仁山得知，当然不错过这个机会，就赶到南京入学。同时入学的，除了扬州僧普通学堂的同学智光外，还有栖云、了悟、善亮等学僧。开学未久，时年二十一岁的太虚也中途入学。学堂中，由杨仁山老居士讲《楞严经》，苏曼殊授英文，谛闲法师担任学监。本来是难得的求学机会，无奈这个学堂寿命也不长久，到了宣统元年的下半年，只洹精舍因经费困难，在无力为继的情形下也停办了。仁山、智光等又失了学。

不久，江苏省僧教育会，在南京开办「江苏僧师范学堂」，学堂设在南京三藏殿，月霞法师担任学堂监督（後来由谛闲继任）。仁山自然不肯错过机会，到南京请求入学就读，而智光、开悟、惠敏等，也都转入僧师范学堂。学堂有学僧百馀人，分为戒、定、慧三班。在众多同学中，仍以仁山的表现最为突出，一直名列前茅。宣统三年（一九一一年）辛亥，中秋节过後革命党在武昌起义，全国响应。继之革命军攻打南京，受到战争影响，僧师范学堂又停办了，仁山与智光等第三度失学。

辛亥革命成功，民国肇建（一九一二年）。这时一再中途失学的仁山，为青年学僧的教育前途感到十分气恼。他以为，佛教决不是没有钱办僧教育，而是诸山长老观念保守，不肯拿出钱来办僧教育。那时是民国元年（一九一二年），临时政府在南京成立，仁山想上书教育部，请求把金山寺改为僧学堂，为佛教培育人才。他听说太虚到了南京，就到南京找太虚商议。太虚这时在南京组织「佛教协进会」，二人见面，太虚告诉他说∶佛教的改革，不是办一所僧学堂就可解决，如果能把佛教协进会办起来，则办僧学堂的事也就迎刃而解了。仁山听了十分赞成，放弃上书教育部的主张，协助太虚筹办佛教协进会。太虚曾以协进会之事谒见孙大总统，孙命秘书马君武接见太虚。一席交谈，马君武对成立佛教协进会的主张颇为赞许。太虚积极筹备佛教协进会的成立大会，仁山力邀太虚在金山寺开会，且谓南京附近有僧师范学堂的数十位同学，如智光、观同、宏模等都在镇江，可以协助。太虚以为成立大会可以在金山召开，但会址以设在南京为宜。

太虚、仁山到了镇江金山寺，向方丈青权、监院荫屏、知客霜亭等，说明借金山寺开会的意愿。青权老和看太虚所撰的会章尚属平和，也就坦然应允。惟对仁山，以其系金山寺房头观音阁的剃度弟子，金山寺与房头僧之间相处不洽，故对之深抱疑忌，所以特别约了扬州的寂山和尚，带些人到寺中戒备。太虚、仁山等在寺布置会场，印发会章宣言、寄发开会通知等，通告镇江、扬州、南京、上海等处寺院，及镇江的军、政、商、学各界。

开会那一天，僧众到了二、三百人，各界来宾则到了三、四百位。发起人推太虚为主席，太虚致词，说明设立佛教协进会的宗旨，宣读会章，经过尚称顺利。等到仁山登台演讲的时候，他多年求学挫折的怨气发　出来，以致辞情激昂，称各寺僧把持寺产，不知培育僧材。他提议金山寺应率先倡导，兴办学堂，以金山寺的寺产，拨充经费。来宾听他说的有理，一致鼓掌赞成。

这时扬州来的寂山登台讲话，他以老僧训诫小和尚的口吻，对仁山的意见一一驳斥。这时激发了仁山的怒火，他再度登台，历述青权、寂山向来专制，压迫诸山，把持寺产，实行愚民政策。说到激昂处，他当众赌誓说∶

金山寺内的寺众（金山寺常住寺众三、四百人），傥有人能写出三百个字通达的书信，我仁山愿把头剁下来。

如此激烈的措辞，实是伤了保守派人士的颜面。寂山指著仁山，向他带来的僧众高声喊「给我打」，他带来的人一拥而上，包围了仁山。这时来宾中有赞成仁山主张的，看寂山专制蛮横，不由大怒，持手杖上去猛击寂山的头部，其他来宾亦鼓操响应。在这种众怒难犯的情况下，青权、寂山等人慑伏，遂通过仁山的提议，并推出太虚、仁山等接收金山寺，作为佛教协进会的会所，并筹备开办僧学堂。

当日会议开完，太虚以南京方面立案的事尚待进行，遂以镇江的事委付仁山主持，他先回南京。当日晚间，仁山率了二十多位僧师范学堂的同学，到金山寺画定会所的房屋，次日开始办公，清点库房帐簿财产，并向禅堂宣布常课依旧进行。但这时青权、荫屏、寂山、霜亭等人避不见面，并在外面登报及呈报官厅，声称会议无效，以图推翻决议。某日晚间，霜亭率领工役数十人，打入会所，棍棒齐下，把仁山等几个人殴打成伤。

後来这件事闹到法院，青权、霜亭等五、六个首从分子，都被判了数年或数月的徒刑。经此一闹，佛教协进会和佛教改革的事也就无疾而终了。天童寺住持寄禅和尚闻知太虚、仁山等「大闹金山寺」，颇愤年轻人卤莽行事，乃由宁波到上海，联合十七省僧侣，安排在上海留云寺开会，筹组「中华佛教总会」，他函召太虚，仁山二人到上海，要二人协助他组织佛教总会的事务。民国元年（一九一二年）四月，各地僧侣在上海开会，决定成立「中华佛教总会」，将各省县原有的僧教育会，改组为地方分支机构。会中推举寄禅和尚为会长，同时太虚、仁山筹备的「佛教协进会」，也与佛教总会合并，不另成立。佛教总会是全国佛教社团的最高组织，会址设於上海静安寺。仁山驻会办公，对於这初成立的佛教总会，立下了章程制度，及处理日常会务。并以佛教总会立案之事向北京政府申请。

是年冬，湖南发生攘夺寺产、销毁佛像事件，当地僧侣联名具状内务部，请求答复，而礼俗司长杜某抗不行文。寄禅应湘僧之请，约请各省僧界代表在上海开会，共商对策。众人共推寄禅以会长身份晋京请愿，他夏历十月中旬首途，十一月一日抵北京，寓宣武门外法源寺。旋与法源寺方丈道阶赴内务部陈情，该礼俗司长杜某态度蛮横，争辩有顷，未获结果，寄禅愤而返回法源寺。下车後即感胸部不适，乃就榻休息，侍者亦各归寝。翌日凌晨往视，寄禅和尚已经示寂了。时为民国二年（一九一三年）元月八日，壬子岁十一月初二，世寿六十有二。寄禅死得太突然，社会上颇有流言。这时寄禅和尚的诗友时任热河都统的熊希龄（民国元年，即一九一二年曾任北京政府财政总长），以此事闻於大总统袁世凯。北京政府以此始核准了佛教总会立案的章程，佛教的寺产稍为获得保障。

民国二年（一九一三年）三月，佛教总会在上海开会，选出常州天宁寺的冶开禅师，和护法居士熊希龄二人为会长，静权（清波）和尚为副会长。後来仁山以二位会长不过问会务，副会长静权在会中弄权，以致会务无法推展，乃离开佛教总会。受请到扬州担任天女寺住持，不再过问佛教总会的事。

民国七年（一九一八年），北京护法居士，时任交通总长叶恭绰、铁路监办蒯若木，以及蒋维乔、江味农、黄幼希、徐蔚如等名流居士，发起「戊午讲经会」，礼请宁波四明山观宗讲寺的谛闲法师晋京讲经，并推举北京刻经会会长徐蔚如居士南下迎请。是年三月，年逾花甲的谛闲老和尚晋京之前，想找一位能讲能写的人，陪同他前去，如遇到自己不适的时候，可以有人代座，这样谛老想到了仁山。宣统三年，谛老在南京担任江苏僧师范学堂监督的时候，仁山在学堂受学，是品学兼优的好学生。乃写信约仁山同赴北京，并约定在上海净土庵聚齐。仁山法师接信，立刻赶到上海，陪同谛老北上，同去的还有後来弘化东北的　虚法师。谛老带　虚同去，为的是他是北方人，必要时要　虚把浙江话翻译成北方话。

谛闲老和尚到北京後，在江西会馆讲《圆觉经》，其间果然病了一次，由仁山代座。是年七月讲经圆满，返回宁波时，叶恭绰、蒯若木二人各致送一千银圆供养，其他居士也各有馈赠，谛老说这钱带回去办佛学院用。原来观宗讲寺中设有「观宗研究社」，对寺内常住施以天台教义。谛老回到观宗寺後，把原来的研究社改为「观宗学社」，开始对外招生。至此仁山也入社就读，当时同班受学的，有常惺、宝静、显荫等，都是一时俊彦。还有两位年岁大的学生，一位是上海留云寺退居方丈禅定法师，是年已四十六岁；另一位中年出家的　虚法师，是年四十四岁，不过在正科班的二十位同学中，後来以他的成就最大。谛闲老和尚以仁山法师精通法义，上了一学期後，请他在学社中任监学。

仁师在学社受学二年，民国九年（一九二○年），他在苏北的高邮放生寺，创办了一所「天台学院」，培育僧青年。民国十一年（一九二二年），他继任放生寺住持，改天台学院为「四弘学院」，专弘天台教义。苏北一地没有佛学院，高邮为苏北大县，地理位置适中，并且由仁山法师主讲的号召，各地僧青年相继入学，学院办得很有成绩，与江南设在常熟兴福寺的法界学院，两院南北相望，一弘华严，一弘天台，同为当时颇负时望的僧教育学府。

民国十七年（一九二八年），南京国民政府的内政部，有寺产兴学的拟议，仁山与时任金山寺监院的智光，运用地方士绅关系，联名呈请政府保护寺产，寺产兴学之议始渐平息。民国二十年（一九三五年）四月，上海举行全国佛教徒会议及中国佛教会第三届会员大会，改选执行委员及监察委员。是时佛教中新旧两派对立，新派以太虚法师为领袖，旧派以圆瑛法师为领袖，而仁山属于新派。改选结果，新派胜利，一向操纵佛教会的沪杭名流失败，太虚一系的仁山、台源、谢健、黄忏华等都当选执行委员，仁山并当选常务委员。太虚与仁山、谢健等接收佛教会，把原在上海的佛教会迁至国都所在地的南京办公。

未几旧派翻案，在上海另行开会，决议佛教会会所设在南京，由太虚、仁山主持，上海另设办事处，常会开会可即在上海举行。这无异是把南京的佛教会架空。太虚、仁山等宣告退职，而太虚与圆瑛间的裂痕乃至不可复合了。仁山辞去中国佛教会常务委员後，仍回高邮放生寺。以後多年，他除在学院讲学外，曾遍礼各地名山，随缘弘法，受到大江南北缁素的尊敬，与太虚大师同被视为当时佛教改革派的领袖。

晚年退居後，仍回金山观音阁，一九五一年在观音阁圆寂。世寿六十五岁，僧腊四十七年。他生前著有《华严新疏》、《法华析疑》、《瑜伽师地论注释》、《法海波澜》等书行世。