台湾光复后，各界为庆祝蒋介石60岁生日，1946年捐款修复，1948年完工后，正式命名为“介寿馆”。1949年国民政府迁都台北，并于迁台后首次召开的行政院院会中决议总统府与行政院以“介寿馆”为办公地址，确立为国家正、副元首办公处所，行政院后于1957年搬迁至现址办公。

2006年，原本挂在正门上的“介寿馆”牌匾，在陈水扁指示下被动工拆卸，并将代之以“总统府”三字的衔牌。泛蓝阵营批评当局此举是“花尽心思做没有意义的事”。