2006年国务院发改委等把部门联合发布《关于进一步整顿药品和医疗服务市场价格秩序的意见》的规定：“县及县以上医疗机构销售药品，要严格执行以实际购进价为基础，顺加不超过15%的加价率作价的规定，中药饮片加价率可适当放宽，但原则上应控制在25%以内。药品实际购进价是指扣除各种折扣后的价格。”药品批零差价使得医疗机构可以从销售西药、中成药和中草药的收入中分别获得15%、16%和20%的利润，医院鼓励医生多开药。这个规定迫使医院采购进价高的药，不再使用降价多的药。

通过以药品的高利润拉动医院的经济效益，维持医院的正常运转。据卫生部统计，在医院收入中药费的比重平均约为60%以上，少数中小医院达到70%-80%。

20世纪50年代，在经济十分困难的情况下，为了维持公立医院生存发展，国家明确公立医院可以将药品加价15%后向群众提供。 1981年3月，为扭转卫生机构不善于经营核算的局面，卫生部下发了《医院经济管理暂行办法》和《关于加强卫生机构经济管理的意见》，在此基础上，1985年中国正式启动医疗改革，核心思想是放权让利，扩大医院自主权。以“只给政策不给钱”为主导思想，和以“建设靠国家，吃饭靠自己”为主要精神的第一次医改，在刺激医院创收，弥补收入不足的同时，也影响了医疗机构公益性的发挥，酿成“看病问题”突出，群众反映强烈的后患。

这一时期，医药代表出现，他们成为医药企业与医生之间的重要纽带角色。在这个逐步推高药品价格的利益链条中，药品零售价格的40%~60%留在了医生和医药代表环节。药价的虚高也随之出现。

2005年国务院发展研究中心发布的医改研究报告称，中国的医疗卫生体制改革基本上是不成功的，这份报告让2005年成为新一轮医疗体制改革的起点。

2006年9月，成立了由11个有关部委组成的医改协调小组，国家发改委主任和卫生部部长共同出任组长，新一轮的医改正式启动。2009年，卫生部等五部委联合发布《关于公立医院改革试点的指导意见》。指导意见指出，试点要坚持公立医院的公益性质，把维护人民健康权益放在第一位，实行政事分开、管办分开、医药分开、营利性和非营利性分开，推进体制机制创新，调动医务人员积极性，提高公立医院运行效率，努力让群众看好病，切实缓解群众看病贵、看病难问题。

2009年10月，发改委出台《国家基本药物零售指导价格表》控制基本药物价格。

2010年9月安徽省首次按照新的模式集中采购时，由于让中标企业自选配送商，导致配送企业过多，市场分散成本增加配送滞后，后来不得不重新调整。

2011年10月20日，北京启动解决“以药养医”现状的大医院改革，拟推出一系列具体政策，包括在各医院减少药品数量，适度提高市民医药费中诊疗价格所占比重，并试点进行医院药房“托管”的举措，以此切断“以药养医”。

2011年11月21日，国家发改委副主任兼国务院医改办主任孙志刚表示，国家基本药物制度正在酝酿完善，安徽模式的一些做法经完善后，可能向更大范围推广。据消息人士透露，基层用药应可得到更大自主权；另一方面，基本药物集中招标采购的安徽基药采购模式中，借鉴国外的“双信封”制度有可能稍作改动，移植到大医院的药品招标采购中。

2012年1月，卫生部部长陈竺表示，“十二五”医改需要突破八个关键问题，取消以药补医是其中之一。陈竺在2012年全国卫生工作会议上，为取消“以药补医”列出时间表：2012年先行在300个县试点推开，力争2013年在县级医院普遍推行，2015年在所有公立医院全面推开。

2015年6月1日，国家发改委取消中国绝大部分药品政府定价，其中除了对麻醉、第一类精神药品仍暂时保留最高出厂价格和最高零售价格管理外，对其他药品政府定价均予以取消。

根据此次取消药品定价方案，对大部分药品政府定价予以取消，不再实行最高零售限价管理后，将按照分类管理原则，通过不同的方式由市场形成价格。

其中，对于2000多种医保基金支付的药品，将通过制定医保支付标准管理；对于200多种专利药品和独家生产药品，建立公开透明、多方参与的谈判机制形成价格；对于医保目录外的血液制品、国家统一采购的预防免疫药品、国家免费艾滋病抗病毒治疗药品和避孕药具，通过招标采购或谈判形成价格。

首先，中国今天的经济体制总体上是市场经济体制，医疗行业显然不能把自身孤立在这样一个市场化环境之外。

医生这种人力资本已经在很大程度上是市场化配置了，医生已经是按市场价格获得报酬，公立医院所面对的已经是一个市场化的人力资本供求环境。如果政府不允许公开、规范地按市场化方式支付价格，就无法保证医疗资源的供给能够满足市场需求，抑或医疗机构只能暗箱操作，以扭曲的方式支付市场化的价格。

其次，市场化改革带来了城乡居民收入水平的提高。收入水平的提高导致医疗需求急剧提高，同时医疗需求呈现个性化和多样化特征。由于行政配置资源必然具有反应迟钝、配置扭曲和效率低下的特点，因此政府主导加公立垄断体制远远不能满足这种急剧扩大，同时又具有显著个性化和多样化特征的医疗需求。

一方面，在控制市场准入的情况下，控制医疗服务价格成为必然。控制市场准入意味着现有公立医疗机构获得垄断地位，若允许自由定价，则形成的垄断价格必然高于平均成本，医疗机构获得垄断租。这是政府不愿看到的。所以，不改变公立医院的行政垄断地位，就很难放开对医药价格的管制。

另一方面，在我们所有的公立机构中，包括像医院和高校这种以专业人员为员工主体的机构，占据主导地位，通俗讲就是当家作主的阶层不是专业人员，而是行政人员。

医疗行业的自身特征，决定了有效的制度安排应该是医生集团——而非官僚集团——主导医疗机构。其中的道理并不复杂。首先，最优激励机制的基本要求是，在生产经营活动中拥有私人信息从而难以有效监督的一方，应该成为剩余索取者和剩余控制者，这样做才能提供最优的激励。显然，医疗活动中最难监督和考核的是医生(团队)，因此让医生团队拥有这一生产活动的剩余索取权和剩余控制权可以提供最优的激励。其次，由于医患之间存在着严重的信息不对称，加之社会的基本信念是医疗健康事关基本人权，所以医疗机构不应仅仅是追求利润最大化的营利性机构，必须要同时兼顾社会公益。

公立医院实施的是由政府来“定岗定编定工资标准”的人事制度，这是标准的国有事业单位体制，也是上节所提到的行政主导体制的一种典型体现。这意味着公立医院没有用人自主权和收入分配自主权。与此同时，为适应市场经济体制的要求，公立医院又形成了自谋收入、自收自支、自付薪酬的收入分配制度。

三地改革所谓的“医药分开”均指取消15%的药品加成，三地也各自以不同幅度提高了医疗服务价格，其中，以北京友谊医院提高幅度最大，将普通挂号费由5元提高到42元。按照北京相关部门的说法，医疗服务价格上涨部分带来的医院收入增加，基本弥补取消15%药品加成导致的医院药品收益损失。通过提高医疗服务价格来降低药品费用，这个改革方向是正确的。但是仅仅取消药品加成，并没有触及药品返利和回扣，因此并没有真正破除“以药养医”体制，也不可能实现医药分开。

显然，改革不能就此止步，否则破除“以药养医”就成为一句空话。若要真正破除“以药养医”，还需要进一步提高医疗服务价格，同时继续挤压医院的买药收益，最终一方面消除药品返利和回扣，一方面达到医疗服务收费足以养医的水平。大致说来，医院的药品收入(患者的药品费用)大致还应挤压掉40%左右(15%+返利+回扣)的水平，这才能真正做到破除“以药养医”。与此同时，总体上医院的医疗服务收费大致要翻一番，从而保证医院和医生的收入水平不会下降，真正实现“以医养医”。

(1)消除回扣现象、破除“以药养医”。这是这轮公立医院改革的第一个目标。显然，废除“以药养医”，就只能“以医养医”，就必须提高医疗服务价格。问题是医疗服务价格提高到多高合适。

(2)要留住好医生、保证积极性，就必须要建立规范透明的“多劳多得、优绩优酬”制度。这意味着一方面医生应该合法获得显著高于公务员和教师等其他国有单位职工以及公立医院内部行政人员的收入，问题是高出多少是合理的；另一个方面医生之间也应该形成公开透明的收入差距，问题是这个差距在什么范围内是合理的。

(3)医院应该拥有用人自主权和收入分配自主权，问题是国有事业单位体制能否赋予其收入分配自主权和用人自主权。

(4)上述改革对公立医院院长的能力和工作提出了很高的要求，什么样的院长选拨机制和激励约束能够保证选任到称职的院长，并且他能够努力工作、规范管理？或者说如何才能建立完善的公立医院法人治理机制？

上述第一个和第二个问题，实质是如何给医生(医疗服务)定价的问题，也是如何让医生获得具有强激励特征的规范化、透明化收入的问题。显然，只有以自由执业人制度为基础的医生人力资源市场才能给医生(医疗服务)准确定价。因此，医改首先必须恢复医生自由执业人身份，以建立规范透明的医生人力资源市场，从而形成受医患双方认可的、规范透明的医生服务价格决定机制，即医生的收入水平决定机制。

前述第三和第四个问题是公立医院的法人治理机制问题。当医生成为自由执业者后，当我们建成了以民营为主体、竞争充分的医疗服务市场后，也就自然形成了规范的医院职业经理人市场，民营医院也形成了清晰的市场标杆，选任和激励约束公立医院院长的工作就变得简单多了，所谓完善的公立医院法人治理机制也就自然水到渠成。