1865年，日本庆广元年。

这是个仿佛不属于人类的世界，拥有最高权力的组织贵族院，不仅培养杀人如麻的杀人机器，甚至还可以控制时空。

武士冈田以藏（中山一也饰）就是一个杀人机器，他被土佐勤皇党首领武市半平太所操纵，以“替天行道”的名义暗杀了不少幕府的要人，从而被世人赠送了一个恐怖的绰号——“刽子手以藏”。

而现在以藏被押上了绞刑架，在一枪又一枪的痛苦极刑中，以藏充满绝望地离开了人世，享年28岁。

但是，以藏的肉体虽然死去了，灵魂却穿越了时空，来到了现代的东京，并且借着一个流浪汉的身体复活了。复活后的以藏虽然忘记了前世的记忆，但是杀人的本能却没有改变，他作为杀人机器IZO在现代活跃着。直到有一天，以藏回忆起了生前的种种——对把自己当作狗一样对待的当权者的愤怒，自己作为刽子手的记忆。于是以藏在夜里疯狂飞奔，居然再次突破了时间空间的限制，回到了那个年代。