1787年彰化县民林爽文起事，翌年奉命至鹿港平乱，不料福建水师提督黄仕简亦从厦门放洋至鹿耳门登陆平乱，形成二提督共勦一匪，但福建无人坐镇的窘况而被传旨申斥。5月7日任、黄以「不相统率、互相观望、临阵畏葸」被解除军职。按律承恩贻误军务，应行正法；但高宗念其功臣之後，加恩免其一死仍置于囹圄。隔年2月以台湾事渐平，再加恩释放，但勒令回籍闭门思过，并纳罚银。1790年11月因恭祝经坛，由兵部带领引见，奉旨以京师巡捕营参将调用。