企业理论是新制度经济学的重要理论之一。科斯最早建立了新制度经济学的企业理论，他认为，企业是价格机制的替代物。阿尔奇安和德姆塞茨则不同意科斯的看法，他们认为企业是一种团队生产。沿着科斯的思路，张五常提出，企业是合约选择的一种形式；威廉姆逊则认为，企业是一种科层组织。20世纪70-80年代以后，经济学家们进一步分析了影响交易成本的具体因素，他们认为，企业是不完全合约的产物。这些研究使企业理论渐臻完善。

在信息不完备的条件下，受主客观因素的影响，欲使交易符合双方当事人的利益，交易合同就变得十分复杂，为追求一个完备合约，势必增加相应的费用。于是，由于市场合同的高费用而使一些交易采用企业内部交易方式。市场和企业是资源配置的两种可互相替代的手段。它们之间的不同表现在：在市场上，资源的配置由价格机制调节；在企业内，资源的配置则通过企业管理当局的管理协调完成。从资源配置的效率出发，为了节约交易成本，有些交易通过市场完成，有些交易在企业内完成，选择在哪里完成，依赖于市场定价的成本与企业的组织成本之间的平衡关系。