伊斯蒂克罗尔足球俱乐部创建于2007年11月。2008年，在球队在正式参赛的首个赛季中，他们便以27场连胜，147粒净胜球的绝对优势晋级塔吉克斯坦足球甲级联赛。

2009赛季，球队以第四名的成绩结束联赛。2010赛季，球队引入了众多塔吉克斯坦国脚球员，最终球队获得了超级杯、塔吉克斯坦杯、国家杯以及塔吉克斯坦足球甲级联赛的四冠王，获得了参加亚足联主席杯的资格。

随后的赛季中，球队又多次获得塔吉克斯坦足球甲级联赛以及塔吉克斯坦杯的冠军，成为了塔吉克斯坦名副其实的霸主。

2015赛季，球队第一次晋级亚足联杯的决赛，最终以0-1不敌马来西亚联赛冠军柔佛DT，但同时也创下了塔吉克斯坦球队在亚足联杯中的最好成绩。