1608年2月22日，她在都灵嫁给了摩德纳的阿方索（切萨雷·德斯特和维尔吉尼娅·德·美第奇的儿子），这是一段幸福的婚姻，阿方索对妻子充满了爱和忠诚。不到两年，伊莎贝拉就给阿方索生了一个儿子弗朗切斯科，他有朝一日将接替父亲成为摩德纳和雷吉奥公爵。1626年8月28日伊莎贝拉去世时，阿方索十分心碎，再也没有再婚，于1644年去世。她在她的丈夫成为公爵之前便死于分娩，所以她从来不是摩德纳公爵夫人。