该陨坑西侧毗邻丹宁陨石坑；西北偏北坐落着马可尼环形山；拜耶林克环形山位于它的东北；东侧则靠近格雷夫陨石坑，伊萨耶夫环形山的东南为科斯贝克陨石坑，西南分别矗立着安德罗诺夫陨石坑、列维-齐维塔环形山和皮尔凯环形山。该环形山的中心月面坐标为17.57°S 147.49°E，直径94.1公里，深度2.8公里。

伊萨耶夫环形山外观呈圆形，西侧壁因相邻陨坑的撞击而略有变形。虽然它较加加林环形山年轻，但也已受到侵蚀和磨损，陨坑内外侧壁上布满了众多的小撞击坑，其中：南侧内壁上坐落着卫星坑伊萨耶夫 N，而西侧内壁上凿刻有一串小链坑。环形山坑壁平均高出周边地形1420米，内部容积约7778立方千米。碗状的坑底较为平坦，大部分区域被较低反照率的玄武质熔岩所覆盖，这种地表并非月球背面的典型特征，月背的地层厚度远高于其正面。坑底东部坐落着一座醒目的小陨坑。