据考古发现，早在新石器时期，会理县境内就有人类繁衍生息。西汉武帝元鼎六年（公元前111年），这里就设官建制，称会无县，属越嶲郡（今西昌），辖今会理县北部及会东、宁南、米易等地；西晋惠帝元康二年（292年），越嶲郡治移至会无县；唐高宗上元二年（675年）改称会川县，其意为“川原并会，诸酋听会之所”；唐肃宗至德元年（756年）属南诏所据，置会川都督府，设会川都督，不久，南诏归附唐朝；唐穆宗长庆三年（823年）南诏复叛唐，会理仍属南诏；后蜀孟昶明德四年（937年）属大理国，置会川府；南宋理宗宝祐六年（1258年），会川归附忽必烈；元世祖至元九年（1272年），会川隶于四川行中书省；元世祖至元十四年（1277年），置会川路，领武安、永昌、黎溪、会理、麻龙、通安、姜州等7州；明太祖洪武十五年（1382年），复立会川为府，领武安、永昌、黎溪3州，划会理、麻龙、通安、姜州4州归云南东川府，同时，置会川军民千户所，在原黄土城（今会理城北之“古城”）立守御所；明太祖洪武二十五年（1392年）平定月鲁帖木尔之乱，升会川军民千户所为会川卫军民指挥使司；清圣祖康熙元年（1662年），改会川卫军民指挥使司为军民守备，隶属于建昌监理厅；清世宗雍正七年（1729年），裁会川卫军民守备，置会理州，移属东川之会理州于卫所（今县政府所在地），属四川宁远府；民国2年（1913年4月1日），改州为县；民国28年（1939年1月），西康省成立，会理改隶西康，属第三行政督察区；1950年5月1日，会理县人民政府成立，仍属西康省；1955年10月，西康省撤销，会理县改属四川省西昌地区；1978年10月，经国务院批准，撤销西昌地区建制，会理县并入凉山彝族自治州。