后金立国后，为统治当地蒙古人，在这里设立官军队站，亦称兵站。因后金是女真族的政权（女真族系由勿吉—靺鞨七部中的黑水部发展而来），所以为这里起名时，便联系到其先族之一部勿吉—靺鞨的伯咄部曾最早入据此地，遂以“伯咄”之名，命名兵站为伯都讷站。

据考，此后各朝汉文典籍中所记的“伯都讷”、“部渚泺”、“白都讷”等，均为对勿吉（即后来的靺鞨）语 “伯咄”的不同汉译（参见《扶余县志》1983年版第一篇第一章），这也是此后从明末开始长期一直以伯咄（伯都讷）作为地名称谓的最早的根据。

清康熙朝在此设立驿站，仍名伯都讷站；三十一年设治，置副都统，称伯都讷副都统；后来，对这里的地名汉文记法便固定为“伯都讷”，一直被沿用下来。