生发中心微环境中进入中央母细胞阶段的活化B细胞，重链和轻链的V区基因可发生高频率的点突变，称为体细胞高频突变(somatic hypermutation)或体细胞超突变。突变后产生的各种B细胞克隆，BCR亲和力各不相同。然后在中央细胞阶段，经过FDC捕获抗原的选择，使表达高亲和力的B细胞免于凋亡。其总体结果是，后代B细胞及其产生的抗体对抗原的平均亲和力得到了提升，称为抗体的亲和力成熟(affinity maturation)，使所分泌的抗体可更有效地保护机体免受外来抗原的再次侵袭。

点突变的位置并非完全随机分布，主要发生于重排后的可变区基因3'和5'端300个左右的碱基内，其突变频率较细胞中正常基因突变频率高100000倍，这样既能产生最大序列的多样性，又不会破坏蛋白质的结构。突变后有些Ig分子的亲和力会远高于原先的分子。抗体亲和力成熟(antibody affinity maturation)就是在生发中心中B细胞发生高频突变，并经抗原选择的结果。