加盟葡萄牙马夫拉俱乐部B队，征战里斯本大区乙级联赛。2015年2月22日，第15轮马夫拉B队在客场1-0力克多明戈斯萨维奥，取得两连胜。本场比赛，中国球员蔡芯宇、何亚奇分别首发出任左、右前卫，王栋出任后腰，而上轮联赛首秀的陈毅则在第70分钟替补登场。

2017年，回归辽宁宏运足球俱乐部。

2018年，云南飞虎宣布与何亚奇签约。

2019年7月11日，何亚奇加盟湖南湘涛足球俱乐部。