1957年12月，作为武大铁路（今武九铁路组成部分）的中间站之一的何刘站竣工开站。1975年铁路建成武汉铁路枢纽武九铁路南环线，经由本站出岔、接入京广铁路的武昌南站，1980年6月20日建成通车。当时所有客车走武九铁路北环线、大部分货车走武九铁路南环线进出武汉铁路枢纽以减少货车经沙湖站上下武汉长江大桥对京广铁路正线的影响。

1990年起，车站由武昌东站管辖。

2005年车站经流芳、南湖至武昌站的南环线进行复线化改造，改造后武九线进出武汉的列车改走南环线。

2006年3月17日改由新成立的武昌东车务段管辖。

2008年作为武汉铁路枢纽武汉货车外绕线工程的一部分，铁路部门对车站进行改造工程。工程包括改造车站布局、对既有何刘站至流芳线路所间南环上行线改线以及新建何刘站至武昌东站到发场的上行疏解线。车站改造工程及南环上行线改线工程于2009年12月7日建成投用。