何南凤于明万历三十四年(1606)中举。后来，他决意出家，历游齐、鲁、吴、越等地名山寺庙，曾住持平远文殊、龙川石岭、兴宁曹源和祥云等地寺庙；晚年住持江西豫章普济寺。他博采各家，创立了亦佛亦儒、亦僧亦俗的新流派，以“劝人行善”为主要教义。由于其学说适应了当时客家地区群众的需要，在粤东、赣南、闽西一带以及东南亚都有其门徒，其学说颇有影响。

南凤世家书香，父疑吾，字心吾，明代万历年间岁贡生，母刘氏。

南凤生而颖悟，过目成诵，每试辄冠军，年十五，入秀才，博览群书。早年，偶阅佛教《坛经》，恍然有悟，决计出家。他的父亲得知后，把他从佛寺带回来，仍叫他专心研究儒家经籍，年二十八中举（明万历四十年己卯），第二年入京会试，在途中遇见了黄山的普门禅师，相与谈禅，志趣相投，便又决定出家，再当和尚，远游山东、浙江、江苏、江西、福建。近至平远、龙川、潮州等地名寺。也曾在神光山佛寺住持多年，并在神光山麓亲建曹源寺一座。晚年定居江西南昌普济山，在寺内坐而逝。

南凤逝世后，他的门徒印致在普济山建塔一座，在塔内安葬南凤的骨骸。当年神光山南凤的僧徒也在曹源寺右边修建南凤的衣冠冢，安葬南凤的的发爪、法器遗物。

南凤有子二人，长名先甲，次名先庚，都入了秀才，一说先甲早年曾参加反清复明起事。

南凤信佛参禅，当了和尚，却不拘形式上的仪节和禁戒，仍饮酒食肉。娶妻生子，“成婚后，妻亦和，得子后，子亦孝”。

南凤性至孝，自谓“会元及第之念，幼长怀之，参禅看破。只因会试欠债，思得一薄宦以偿，再以慰老母殷望”。但他终未做官，晚年思念“老母在堂，杖履归省，依依亲舍者数年。”

南凤出家后，虽参禅弃儒，但终不忘儒。他认为儒释本无二致，僧和俗也是可通的。他以儒家的“格物、致和、平天下”与释氏之“明心见性度众生”为宗旨，时而出家，时而还俗，毫无拘束。作《半僧先生传》以自况。自谓“一言半语，本诸先圣之要，出诸自得之真。信得及者，依而行之，直可超凡入圣，度生死苦。则谓之半僧先生而己矣。”所著诗文不少，但他不愿集而成书，每数月，即取手稿投之于水火。今仅存他的门徒辑录的诗六十四首，歌吟赞偈十一首，尽牍八篇，文十二篇，名曰《初堂余稿》。前人有评：“疾没世而名不称，非先生志也。独怪今来，实学真才，脱然名利如先生者。回不多觏。”

何南风平生遍读佛、道、儒各派学说，异同相参，认为儒家与佛教在好些方面表里相关，联系密切，于是创立了“横山堂”学说，独成一个亦佛亦儒、亦僧亦俗的新流派。用他自己的话来说：“时而僧帽，时而儒冠，时而斋素，时而荤酒，时而僧寺，时而亲家，怡然乐之”。(均见何南凤《半僧先生传》)。

佛教“横山堂”流派的教义主要是劝人行善，并为一些亡灵做佛事。出家须具备好嗓音来诵经并要打得一手好铙钹花。这一派流传甚广，在广东、江西、福建以及东南亚一带都有其门徒。距今一百多年前，有梅县湾下一侯姓门徒将“横山堂”教义传到泰国，创建了龙福寺。泰皇常偕后与公主到该寺巡烛礼佛。如今已六传至原籍兴宁的彰慈大师(即石善光，兴宁黄陂人)。彰慈大师住持后，将其教义又进一步发展。何南风一直被其门徒奉为祖师。

何南凤所著诗文颇多，除自撰《半僧先生传》外，有其门徒辑录的《切堂余稿》一集，罗香林教授将它编入《兴宁先贤丛书》。

他仿照陶渊明《五柳先生传》而撰写的《半僧先生传》，是一篇极有个性的绝妙文章。从该文可知，南凤的名号很多：字道见，又名熄三、觉从、海圣、雷山释子、梦观居士、知非、跛者道人等等，最后取号牧原。“牧原者卑以自牧，牧一条水牯于广平之原，自治生平虚矫褊侧之习气云尔!”从这一连串的名号中，已透露出其不同凡俗的品格。

该文开篇先对自己的生平作一概括：“半僧先生者何人’?知非和尚是也。何以称半僧?以其时而僧，时而俗，又时而僧，则谓之半僧云尔!”行文叙述，处处显现其个性。“读周程及阳明白沙之书，便以道学自任，欲弃举子业，青山绿树，不以易紫绶金章。”、“屡弃笔砚，绝交际，即显者名人文字相赠，一切焚却。然参禅得力之后，辄旁通儒典之奥，诗文之妙，恨见地及之，而机候不及，故常拈举业示门人，谓门人不能传其禅，奈何并举业亦不能传耶!”这种独特怪异的心情，事实上是何南凤的理想追求与现实生活的巨大反差所造成的。明末社会在风雨飘摇之中，既不能“处为真儒”，又不能“出为王佐”，干一番经国济世的大业。于是，他由儒入佛，希望在虚无中得到解脱，然而又未能忘记现实：一方面“修齐治平”的思想在他的潜意识中常常出现，慈母妻女的形象亦使他难于释怀；另一方面，现实又不容许他有所作为。这种无可奈何而又不能追求解脱的矛盾心态，在文中描写得入木三分。

过去，客家地区僧尼做佛事时所唱的小调词曲，如《劝亡魂》、《打关灯》、《打莲池》、《血盆经》等多出自何南凤之手，它脍炙入口，经久传诵。

何南凤从儒入释，以释证儒，虽弃儒而终不忘儒，虽出家而终想家，认为儒与佛有许多相通的道理。他创立的“横山堂”学派，主要是参禅不必拘于形式和禁戒，参禅与习儒相通，而且“ 自信即佛”，“无事外求”，“说法以度众 生，修身以平天下”，积极救助众生与自立精神至今为佛门所称颂。他创立的佛教流派广传国内外。泰国龙福寺住持彰慈大师(石善光)，就是他的六传弟子。

何南凤的对联和诗很有哲理。其一联是“念佛是谁?不点开这只眼睛，切忌摸风捉影；参禅无别，但讨得那边口鼻，自然动地惊天!”； “戒律道根基，澄练一心，直令冰清玉洁；慈悲佛种子，包涵万品，须同海阔天空”。他写的戊子再往神光：“青山绿树透神光，多少游人堕渺茫。几度挂瓢图远况，这回凭几梦幽 香。闲名未谢为身累，往事全忘得趣长。何必赵州年百二，但知住处免奔忙”。至今仍在人们中流传。

有一次，何南凤风尘仆仆来到河源灯塔祥云庵，看到宝殿庄严，耳旁传来阵阵钟鼓之声，不觉凡心大动，诗兴大发，顺口吟出了一首脍炙人口的上联“南凤飞来，两翼东西朝北殿”，不料，前脚刚踏进山门便被一位小徒弟发现，思路突然被一声“师父……”打断，再也没法续出下联。讫今400多年来，至今无人对上下联。

现兴宁神光山下，原有一座建于明朝的“曹源禅院”，重修后改称为“曹源寺”，寺之右侧，有一座归寂塔，内葬有牧原和尚的头发、法器、指甲，后改为牧原塔。