1961年和1962年组建了城市抵抗支部和桑地诺革命青年团，再次被捕。

1962年，他入读于马那瓜的中美洲大学法律系，但因追求民主和进步被迫辍学。

1963年，丹尼尔·奥尔特加加入尼加拉瓜桑地诺民族解放阵线（桑解阵），负责领导中学生运动，并立即干了件“大事”——和伙伴持枪抢劫了美洲银行的一家分行，为桑解阵拿到第一笔“启动资金”。

1964年当选为桑解阵执行委员会委员，同年在被派往危地马拉执行革命任务时再次被捕，后被引渡回国继续关押。

1965年出狱后创办革命青年阵线机关报《学生报》并担任主编，同时领导马那瓜市区民众爱国委员会。1965年参加桑地诺民族解放阵线全国领导委员会。

1966年任国内军事战线负责人。

1967年11月，丹尼尔·奥尔特加因袭击银行再次被捕入狱，并被判处三十年徒刑，关押在首都马那瓜荒凉的郊区。

奥尔特加是一名诗人，在狱中，他写下了一首诗篇《我从未见过迷你裙流行时的马那瓜》。由这首诗牵线，正在坐牢的奥尔特加迎来了一名从未谋面的来访者——同为诗人的罗萨里奥·穆里略，两人迅速坠入爱河结为伉俪。

1960-1974年间，他4次被当局逮捕入狱，最长的一次被囚禁了7年，才通过人质交换获释。独裁统治当局常秘密处决政治犯，以制造恐惧。奥尔特加在狱中受尽折磨，常被单独关押，忍饥挨饿。据曾担任他执政时副总统的拉米雷斯说，奥尔特加具有一种“孤独、寂寞、缺乏信任感、坚忍”的“囚犯性格”。

1974年12月，桑解阵游击队袭击马那瓜国民宫，绑架政府高官，通过交换人质促使奥尔特加等政治犯被营救出来。出狱后他前往古巴，得到菲德尔·卡斯特罗的支持。

1975年，他回国参加桑解阵的领导工作，任桑解阵北部战线司令员。桑解阵内部因战略和战术分歧分裂为三派，即“无产者派”、“持久战争派”和“第三派”，丹尼尔·奥尔特加是“第三派”领袖，该派主张与资产阶级建立广泛的统一战线，通过城乡武装起义相结合的道路，推翻索摩查独裁政权，建立革命民主政府。

1977年反索摩查武装力量开始反攻，奥尔特加任南部战线司令员。

1978年转移到哥斯达黎加，在那里策动国内的反索摩查运动。

1979年3月，桑解阵三派实现联合，奥尔特加作为“第三派”的代表参加9人组成的桑地诺民族解放阵线全国领导委员会，成为九大军事战线司令之一。

1979年4月，革命胜利前夕，桑解阵发表了《桑地诺民族解放阵线基本纲领》，声称自己的主张是建立在广泛的社会主义原则之上，反对索摩查家族的腐败独裁，反对美国对尼加拉瓜的政策。纲领集中反映了革命时期奥尔特加的政治主张。

1979年7月，在美国扶持下的索摩查家族独裁统治终于被桑解阵推翻，革命胜利后，丹尼尔·奥尔特加参加民族复兴政府执政委员会。

1981年3月，奥尔特加出任民族复兴政府执政委员会协调员（相当于国家元首）。

1984年被桑解阵提名为总统候选人，参加于同年11月举行的总统大选，以63%的多数票获胜。

1985年1月10日-1990年4月25日，任尼加拉瓜共和国总统兼全国计划委员会主席。

1985年8月任桑地诺民族解放阵线执行委员会协调员。

1989年11月再次被桑解阵提名为总统候选人，在1990年2月25日举行的全国大选中，丹尼尔·奥尔特加取得40.82%的选票，败给了全国反对派联盟的候选人比奥莱塔·巴里奥斯·德·查莫罗夫人。

在1979年-1990年执政的11年间，奥尔特加执行了桑解阵的基本路线，对内实行政治多元化、混合经济政策，对外推行不结盟政策，在恢复国民经济，改善人民生活方面取得了良好的成绩。政治上，奥尔特加政府初期曾吸收党外人士入阁，允许政党活动，但不久开始排挤他党，限制反对党活动，取消新闻自由。后来迫于内外压力，他又恢复政治集会权利、新闻自由、释放政治犯。在经济上，政府没收了索摩查家族财产，实行国有化，部分行业实行国家垄断，全面土改，农民分地，实行农业合作社等，取得一定成绩。那时的奥尔特加以为新生政权诞生后，就可以改变尼加拉瓜的面貌，老百姓也可以从此不再有衣食之虞。桑解阵政府在这个不发达国家实施了一系列得到平民支持的社会经济政策，包括矿产资源国有化，土地改革，改善工人工作条件，广泛建立工会，大力推广教育和扫盲等。但这些全面倾向穷人的政策也得罪了国内的有产者，其偏左的宗教政策与天主教会关系恶化。

而且，新生的尼加拉瓜政权遭到了美国的嫉恨。在美苏争霸的大背景下，奥尔特加当时得到了苏联和古巴的支持，奥尔特加政权的社会主义色彩为美国里根政府所不容，1982年以后，美国公开资助尼加拉瓜反政府武装在国内进行破坏活动，从而挑起尼加拉瓜内战。在国际上孤立尼加拉瓜，实施经济封锁，在邻国建立军事基地、举行大规模军事演习，把矛头对准尼加拉瓜，并公然破坏国际法准则，策动其他中美洲国家的右翼军人独裁政权对尼进行武装干涉。桑解阵政府在国内外的强大压力下，不得不把大量的人力物力财力用来抗击美帝国主义的侵略和颠覆（里根的低烈度战争政策）。内战在这个中美洲国家持续多年，造成5万多人死亡，战争加重了人民的负担，国内经济情况日益恶化，人民群众的不满情绪日益加深。1987年8月，奥尔特加总统在中美洲5国首脑会议通过的和平文件上签字，开始同反政府武装谈判，同时与国内反对党谈判，最后达成协议，提前举行大选，遣散反政府武装。1990年4月25日，尼加拉瓜政权实现和平更迭。

1991年7月，在桑地诺民族解放阵线第一次全国代表大会上，奥尔特加当选为桑解阵全国领导委员会委员、全国协调员（第一把手、总书记）。

1994年9月当选尼加拉瓜国民议会桑地诺派议会党团主席，1998年5月和2002年3月连续当选桑解阵总书记。

1996年11月、2001年11月，他以反对党的身份参加总统选举，但分别以37.75%和42.3%的得票率败北。

2006年11月举行的总统选举中，他以37.99%的得票率胜出，时隔16年重新入主总统府，2007年1月10日正式就任尼加拉瓜总统。2011年11月获得连任，2012年1月10日宣誓就职。

2016年11月7日，尼加拉瓜最高选举委员会公布的总统选举最终计票结果显示，执政党桑地诺民族解放阵线（桑解阵）候选人、现任总统奥尔特加赢得连任。奥尔特加本次当选将开始其第四个总统任期，任期5年。根据2014年新修订的宪法，尼加拉瓜对总统连选连任没有限制。

2021年11月7日，尼加拉瓜举行总统选举，丹尼尔·奥尔特加获得了约76%的选票，以压倒性优势获胜，得以继续连任总统。奥尔特加所代表的执政党桑地诺民族解放阵线赢得2053342张选票，占总票数的75.92%。

2022年1月10日下午，丹尼尔·奥尔特加在首都马那瓜的革命广场举行总统新任期就职仪式，宣誓就任尼加拉瓜新一届总统。奥尔特加宣誓就职并从国民议会议长古斯塔沃·爱德华多·波拉斯手中接过总统绶带。奥尔特加在就职演说中感谢尼加拉瓜人民的信任，表示将致力于捍卫人权事业、发展多边主义，并感谢中国等国家提供的抗疫支持。

奥尔特加的夫人是罗萨里奥·穆里略，家中共有8名子女。

2021年11月16日，美国总统约瑟夫·拜登发表声明，禁止尼加拉瓜总统丹尼尔·奥尔特加、其妻子副总统罗萨丽奥·穆里略以及数名部长和高级官员进入美国。

1986年9月，奥尔特加曾以总统身份对中国进行国事访问。

2021年12月14日，在古巴参加召开的第二十届美洲玻利瓦尔联盟-人民贸易协定峰会期间，奥尔特加就中尼两国恢复建交等问题接受了中央广播电视总台记者的独家采访。他高度评价中国在国际社会上发挥的积极作用，并表示“愿与中国一道携手前行”。奥尔特加在接受总台记者采访时说，中国在国际社会上已享有属于自己的一席之地，不容忽视。他称赞中国的发展道路为其他国家树立榜样，并表示中国特色社会主义道路不仅为中国人民谋福祉，也为世界其他国家人民谋福祉。

2021年12月10日，中尼双方恢复外交关系。

2022年1月10日，习近平主席特使、全国人大常委会副委员长曹建明在尼加拉瓜首都马那瓜出席尼加拉瓜总统奥尔特加新任期就职仪式，并在下榻酒店会见专程前来的奥尔特加总统。

2023年2月6日，奥尔特加在接受中国新任驻尼加拉瓜大使陈曦递交国书时说，尼加拉瓜同中国复交以来，在双方共同努力下，两国政治互信不断巩固，务实合作稳步推进，为两国人民带来实实在在的利益。奥尔特加表示，尼中关系源远流长，尼方愿同中方进一步携手努力，加强各领域交流合作，造福两国和两国人民。

2023年4月15日，国家国际发展合作署署长罗照辉在访问尼加拉瓜期间，拜会尼总统奥尔特加、副总统穆里略。双方就中尼关系、发展援助领域合作以及国际地区形势交换意见。

2023年10月13日，尼加拉瓜《新闻百分百》报道，尼现任总统丹尼尔·奥尔特加就中尼关系表示：“尼加拉瓜与中华人民共和国恢复外交关系已经22个月了。中国和其他资本主义大国完全不同，他们尊重我们，不对我们施加任何条件。”奥尔特加强调称：“台湾只是中国的一个省份，不是一个独立的国家，这是全球范围内的共识，同时也是受到联合国承认的。”

2023年12月20日上午，中国国家主席习近平同尼加拉瓜总统奥尔特加通电话。两国元首宣布中国和尼加拉瓜正式建立战略伙伴关系。