弗朗西亚首先是取得民众的支持。1813年9月30日，洪达召开代表大会，1100名来自农民、市民和上层人士的代表参加了会议，讨论是否支持弗朗西亚执政。在这次大会上，弗朗西亚赢得了包括军官在内的大部分代表的支持。同时议会通过了巴拉圭第一部宪法，根据这项法案，弗朗西亚和富尔亨西奥·耶格罗斯共同担任共和国执政官，行使政府职权。会议的1100名代表组成议会，行使立法职责。由于当时的巴拉圭处于敌人的四面包围之中，军队对国家至关重要，宪法授予每一个执政官准将军衔，并把武装部队和兵工厂平均分配给他们。之后，弗朗西亚采取了一系列有力措施：重组政府，任命忠于自己并有能力的人担当重任；改组军队，清除图谋不轨的军官；设立边防哨所，监视外敌动态，加强威慑力量；改革财政制度，清理收人支出；抑制教会势力，建立情报机构。

在1814年10月召开的议会代表大会上，弗朗西亚迫使耶格罗斯辞职，并被议会推举为最高独裁者，获得了为期3年的绝对统治权。到了1816年，弗朗西亚逼迫议会取消了对其任期的限制，这便使弗朗西亚成为终身独裁者。从这时起，弗朗西亚一手控制了议会，议会实际上成立摆设，成为弗朗西亚手中的玩物，何时开会，通过什么决议都是他一个人说了算。不久弗朗西亚便解散了议会。部长、省长和法官也都成为了傀儡，没有弗朗西亚的命令，什么都不敢做。此后，弗朗西亚深居简出，并独揽政治、经济和军事大权，一直将他的独裁统治延续到1840年。

弗朗西亚当政后，确实显示出了过人的才干。当时，巴西帝国一直对巴拉圭北部的领土垂涎欲滴，而拉普拉塔也对失去曾为其一部分的巴拉圭而耿耿于怀。布宜诺斯艾利斯的执政者和巴西的王族都在千方百计的寻找机会，特别是当巴拉圭国内出现阴谋叛乱时，他们总是试图乱中得利。阿根廷还采取了限制和封锁巴拉圭货物出口的措施。弗朗西亚对来自外部的威胁有清醒的认识，从不抱幻想，他认为邻国对弱小的巴拉圭都怀有虎狼之心。历史也证明了他的判断是正确的。因此，弗朗西亚长期奉行闭关自守的“中国政策”，限制与外界的交通通讯和贸易往来。虽然1811年10月11日巴拉圭和布宜诺斯艾利斯签订条约，清除了阻碍两国进行贸易的障碍。但是，此后弗朗西亚还是以支持联邦和联盟的含糊说辞换取了布宜诺斯艾利斯对巴拉圭独立的承认。然而，巴拉圭实际上结束了与其他国家的来往。1820年，乌拉圭独立之父何塞·赫瓦西奥·阿蒂加斯流亡至巴拉圭，弗朗西亚给予其庇护，1825年，伟大的南美解放者西蒙·玻利瓦尔亲自督促弗朗西亚与新建立的共和国发展友好关系，但弗朗西亚还是坚持认为巴拉圭应该坚持走独立发展的道路。1838年12月，乌拉圭临时总统派特使求见弗朗西亚，要求与巴拉圭建立反布宜诺斯艾利斯的联盟，弗朗西亚却根本没有让他跨过国界。应该说，弗朗西亚的政策对保持巴拉圭的独立起到了重要作用，这对当时四面楚歌的巴拉圭至关重要。但客观上，弗朗西亚的闭关自守政策也在很大程度上限制了巴拉圭的发展。在闭关自守的情况下，巴拉圭作为一个内陆国，只能走以农业为主的道路，除了畜牧养殖规模很大以外，巴拉圭在闭关自守期间只有一些低效率的船舶制造业和纺织工业。

在国内，弗朗西亚在农业和工业方面实行多样化政策，以保证最大限度的自给自足；大力发展农业和民族工业，同时严厉打击土生白人贵族，禁止土生白人与克里奥尔人通婚，实行与宗教分离的义务教育，规定瓜拉尼语为官方语言，为教育提供大量的经费，规定所有男性都要接受教育，同时建立大量的图书馆和学校，在弗朗西亚统治期间，巴拉圭国内几乎没有文盲。

弗朗西亚在促进巴拉圭发展的同时，也实行专制独裁统治，为此，他需要有一支全力支持自己的军队。首先，他建立了一支短小精干的军队，这支常备军的人数不到6000人，却是在30万人口中精心挑选的，它精悍有效，既有能力镇压国内的叛乱，也能够抵御虎视眈眈的阿根廷人和贪婪的巴西人的入侵；其次，弗朗西亚对军队进行了重新改组，实行层次分明的军阶制度和严格的纪律，要求军队保证绝对忠诚于他个人，使军队完全在他的控制之下；他制定了征兵计划，扩大军队规模，创建了一支拥有11艘战舰的海军，并把从反对派手中没收的土地交给军队支配，使军队可以通过耕种土地或土地出租的方式满足自身的需求。弗朗西亚还为军队设计军服，经常训练和检阅军队，尽全力为军队配备良好装备；特许向阿根廷出口木材以换取武器和军需品，同时，弗朗西亚也采取措施鼓励本国自行研制和制造各种武器装备，在1815年巴拉圭成功制造了第一艘军舰，弗朗西亚还建立了一支拥有15000人的民兵和禁卫队，禁卫队全部由精明强干而又可靠的人组成，是一支政治警察部队，主要用于镇压反对派。在弗朗西亚的领导下，陆军和海军不但发展成为一支重要的军事力量，而且成为其实现独裁统治的基础和支撑。

弗朗西亚统揽政府的一切权力，除他之外，任何人都没有决策权。财政部长只负责管账本，警察厅长的权力只在于维护公共秩序，外交部长和司法部长由其秘书兼任，一切听命于他本人。省长和区长也必须对弗朗西亚唯命是从。为维持他的专制统治，弗朗西亚不惜采用恐怖手段，凡是反对他的人，都没有好下场。弗朗西亚在镇压1820年~1821年的反叛密谋后，削弱教会势力并没收其财产，取消什一税，封闭所有的修道院和神学院，并将巴拉圭独立运动的领导人之一佩德罗·胡安·卡瓦列罗投入监狱，将其迫害致死。

弗朗西亚禁止对外移民，迫使人民在国内从事各项事业；对外贸易仅限于一两个港口，贸易需要得到苛刻的批准，最高元首从货单里选出他所需要的，按他所决定的价格付款，然后才允许商人买卖；通过强制捐款、重罚金、重税、没收教会收入和外国侨民财产增加岁入；进入巴拉圭的外国人，必须有特别的批准才能离开。

弗朗西亚于1840年7月因暴雨染病，但弗朗西亚不听医生的忠告，继续高强度处理国家事务，导致健康状况不断恶化，同年9月20日，弗朗西亚因病情恶化逝世，享年74岁。弗朗西亚去世后，巴拉圭为其举行了国葬。数年后，弗朗西亚的反对者掘开其坟墓，抛尸于巴拉圭河。

弗朗西亚终生没有结婚，但却有7个非婚生子。同时弗朗西亚规定妓女必须头戴金色梳子，以此来进行羞辱，弗朗西亚保持一个斯巴达式的生活方式，个人财产支出并不是很多。他的私人图书室收藏了两三百卷几何、法律、科学和文学著作。

弗朗西亚的支持者认为他作为革命领袖和国家领导，为国家殚精竭虑；他的政府廉洁；他的政治思想来自“社会契约论”，相信人通过契约为社会安全放弃其天赋的独立性。他的闭关锁国保障了国家独立，他在国内的高压政策保证了政治稳定。相对于当时的邻国，巴拉圭最可贵、最无可否认的就是和平与稳定，而阿根廷陷入了联邦制派和单一制派之争，乌拉圭有红党和白党之争，政局动荡，战乱频繁。巴拉圭式牺牲了物质财富和自由，获得了自立和团结。

弗朗西亚的反对者认为，他冷酷、有计谋、有报复心，没有人知道他的内心有没有一点怜悯和人情的温暖。而巴拉圭的爱国主义者相信弗朗西亚如同圣保罗般纯洁，而对相反的论据置若罔闻。巴拉圭学者胡斯托·帕斯托尔·贝尼特斯写道：“他的生活像山巅的白雪一样洁白而冷峻。”反对者还认为，弗朗西亚留下了一个封闭、短视、排外、缺乏行政人才和知识分子的国家。正是因为有了这些弊病，他的继承者卡洛斯·安东尼奥·洛佩斯才决定在某些领域寻求突破，采取了一些新政策。他营造的绝对权力和绝对服从的政治文化将继续延续下去，最终使巴拉圭人如飞蛾扑火般心甘情愿地走向巴拉圭战争这场民族悲剧。

在私德方面，弗朗西亚的诚实、简朴有口皆碑；他对国家鞠躬尽瘁，无可挑剔。但是，他统治巴拉圭的种种政策，却极具争议性。

弗朗西亚似乎对巴拉圭人的性格了如指掌。哈·盖·沃伦的《巴拉圭简史》如此总结弗朗西亚的想法：“政治的组织形式、美国和法国革命的思想以及政治权术对于人民群众都是无所谓的，他们没有文化，无大志，只满足于粗茶淡饭的生活。只要人民惧怕他，他们是否轻视他，弗朗西亚是不在意的。反过来，他对人民，作为一个个人来看，他轻视他们；而作为巴拉圭整体来看他又爱他们，同时他对谁也不畏惧。他惯常说巴拉圭人的颈上有一根特殊的骨头，因为他从来未见过一个人是昂着头的。果真他要碰到这样一个大胆的人，他的骑马卫兵早就用剑一下把他（指“大胆的人”）打得低下头了。”

在许多巴拉圭人看来，弗朗西亚拥有超自然的力量。尽管他们都很害怕他，但还是很尊敬的称他为“最高元首”。在弗朗西亚执政期间，巴拉圭只是保持了共和政体的名称，实际上，巴拉圭连民主共和的形式也不存在，巴拉圭既没有国会，也没有真正意义上的宪法，甚至连内阁都没有。弗朗西亚曾经说过，人们有权通过民主程序建立一个自由的政府，但他当政后认为这一切都没有必要存在，同时巴拉圭也不具备实行人民主权的基础，为了国家的安定，可以牺牲民主共和政体的真实内容。弗朗西亚执政的近30年期间，巴拉圭的独立没有受到外敌的挑战，国内反动势力的多次颠覆阴谋都以失败告终，到1840年弗朗西亚逝世时，他留下的是一个稳定、和平的巴拉圭。巴拉圭也成为南美洲少数的自给自足的国家。与之相反，巴拉圭的邻国一个个都处在动荡不安之中，经过弗朗西亚近30年的治理，巴拉圭的独立得到发展和巩固。

弗朗西亚博士的评价在史学界从来没有达成过共识，传统派认为他闭关锁国，统治手法残酷；而修正派则认为相对于其他拉美国家，弗朗西亚博士能够保护民族工业的发展，保持种族间的和睦和人民的支持，让巴拉圭在近代化的进程中处于领先地位，直到几十年后的三国同盟战争（1864~1870）。在巴拉圭国内，弗朗西亚博士仍然被认为是一位民族英雄。巴拉圭作家奥古斯托·罗亚·巴斯托斯曾写过以弗朗西亚的统治为主题的小说《我，至高无上者》。

弗朗西亚至今在巴拉圭依旧被广泛的纪念，巴拉圭货币瓜拉尼上印有弗朗西亚的肖像，首都亚松森有为弗朗西亚修建的公园。