1990年，担任艾伦戴蒙德艾滋病研究中心科研主任和总裁。

1996年，被美国《时代》周刊评选为年度风云人物。同年担任美国洛克菲勒大学教授和医生。

2000年2月18日，出席在北京人民大会堂举行的迈向新世纪中华青年研讨会，并在大会上作代表发言。

2001年1月，美国时任总统克林顿向他颁发了“总统国民勋章”。

2003年，当选中国工程院外籍院士。2004年，何大一邀请了篮球明星姚明和NBA球星约翰逊，一起合拍了预防艾滋病的公益广告。

2006年9月，被授予清华大学名誉博士学位。同年，由美国加州时任州长阿诺德·施瓦辛格等推荐，入选首届加州名人堂。

2007年11月，香港大学艾滋病研究所成立，何大一出任研究所荣誉所长及科学督导委员会主任；同月，清华大学艾滋病综合研究中心成立，何大一出任主任。

2008年11月6日，香港大学授予名誉科学博士。

2015年4月，获颁影响世界华人大奖。

2023年12月，发起成立大流行病学研究联盟。

何大一一直走在艾滋病研究的最前沿，1981年，在洛杉矶Cedars-Sinai医学中心当见习医生时接触到了最早发现的一批艾滋病病例，1994年开始研究“鸡尾酒疗法”治疗艾滋病，自此开始细致研究，揭开了艾滋病病毒在体内复制的动态性，从而革命性地改变了人们对这一可怕疾病的基本认识（《自然》1995；《科学》1996）。这一认识让何大一倡导抗逆转录病毒联合疗法（《新英格兰医学期刊》；《科学》1996）实现了对人体内艾滋病病毒前所未有的控制（《自然》1997）。1996年以来，发达国家的艾滋病死亡率已经下降了6倍多，同时国际社会采取巨大努力，将这一拯救生命的疗法提供给发展中国家几百万名艾滋病患者，这项攻克人类历史上最严重瘟疫的主要医学重大突破得益于何大一的贡献。

1999年，何大一及其同事又发现人体免疫系统T细胞中的CD8可以有效对抗艾滋病毒。2000年，又研制出C型艾滋病疫苗，已进入临床实验阶段。何大一的研究团队致力开发疫苗，阻止艾滋病这一传染病的传播。此外，他还领导中美机构的合作，研究解决中国所面临的艾滋病病毒危机问题。

2014年3月，何大一在《Science》杂志发表了其实验室的研究成果——长效型抗艾滋病药物GSK 744LA的研究。这种药物注射进人体后，可维持3至4个月药效，能有效帮助高风险人士降低感染艾滋病机率。

何大一总结了自己的人生经历，他认为：一、要追寻自己所感兴趣的东西。当你追寻你所感兴趣的东西的时候，你就会付出努力。二、要敢于有限度的冒险。三、要知道你能做什么和你应该做什么。四、没有行动的愿景只是梦想，没有愿景的行动则是噩梦。五、学习去解决问题。一味地死记硬背知识是没有用的，这一点不仅仅中国教育体制中存在，在美国和其他很多国家的教育体制中都存在，我们更应该去培养有效地问题解决能力。六、要会区别教条和真理。

何大一也是中国协和医科大学，中国医学科学院，中国科学院，香港大学，武汉大学和复旦大学的荣誉教授。他曾任哈佛大学监察委员会委员，加州理工学院董事会成员，同时担任麻省理工学院公司董事会成员。

何大一家中有父亲何步基（Paul Ho），母亲何江雙如（Sonia Ho），两个弟弟：何弘一（Phillip Ho）和何纯一（Sidney Ho）。在何大一7岁的时候，其父亲何步基赴美国谋生。12岁时他移民美国加利福尼亚州洛杉矶市，与其父亲团聚。

何大一，黄文和他们的儿子，何進仁一家三口住在纽约Bedford。何大一的三个成年子女，何楷玲，何將仁，何杰玲均生活和工作在加州。

何大一是世界上最早认识到艾滋病是由病毒引起的科学家之一，也是首先阐明艾滋病病毒复制多样性的科学家之一，对艾滋病的研究治疗做出了突出贡献。（人民网评）